Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 1,597,630 | G→A | V119I (GTT→ATT) | lsrC → | autoinducer 2 ABC transporter permease LsrC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 1,597,630 | 0 | G | A | 100.0% | 192.0 / NA | 50 | V119I (GTT→ATT) | lsrC | autoinducer 2 ABC transporter permease LsrC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (24/26); total (24/26) |
GCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAGGCATCATGTTGCTGTGGACTGGCGGCAAATGGATTGAAGGGTTACCCGCCGAACTGAAACAGCTCTCCGCCCCGCTGCTGCTTGGCGTTTCAGCAATTGGT > NZ_CP009273/1597496‑1597764 | gcgcGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGc > 1:1029140/1‑139 (MQ=255) cTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTg < 2:1029140/139‑1 (MQ=255) tGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTgg > 1:322619/1‑139 (MQ=255) ttGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTgg < 2:641539/137‑1 (MQ=255) gggATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTGGCACGt < 2:692387/139‑1 (MQ=255) gggATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCGGTTGCTGGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTGGCACGt < 1:329518/139‑1 (MQ=255) gATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTGGCACGt > 1:941760/1‑137 (MQ=255) gATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTGGCACGt > 2:709732/1‑137 (MQ=255) gATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTGGCACGt > 1:382558/1‑137 (MQ=255) gATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGGCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTGGCACGTTa < 1:1080171/139‑1 (MQ=255) gTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTGGCACGTTAggg > 2:902973/1‑139 (MQ=255) ttACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCTTGCCATTATTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGt < 1:1124486/139‑1 (MQ=255) ttACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTGGCACGTTAggg < 1:8128/138‑1 (MQ=255) ttACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTGGCACGTTAggg < 1:463162/138‑1 (MQ=255) tACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGc > 2:438177/1‑118 (MQ=255) tACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGc < 1:438177/118‑1 (MQ=255) tACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGtt > 1:704137/1‑139 (MQ=255) cAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAgg > 2:1179843/1‑139 (MQ=255) aGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAgg > 1:374767/1‑138 (MQ=255) ggATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAGGca < 2:382558/139‑1 (MQ=255) ggATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAGGca < 1:1105837/139‑1 (MQ=255) ttCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAGGCATCATg < 1:709732/139‑1 (MQ=255) tCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAGGCATCATg < 2:704137/138‑1 (MQ=255) tCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAGGCATCATg < 2:1189918/138‑1 (MQ=255) aCTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAGGCATCATg > 2:1081378/1‑136 (MQ=255) aCTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAGGCATCATg < 1:1081378/136‑1 (MQ=255) cTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTGGCACGt > 1:778510/1‑108 (MQ=255) cTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTGGCACGt < 2:778510/108‑1 (MQ=255) gTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGCTCCCTGCCATTATTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAGGCATCATGTTGCTGTGGa > 1:1068435/1‑139 (MQ=255) gTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTgg < 1:841956/101‑1 (MQ=255) gTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTgg > 2:841956/1‑101 (MQ=255) ttGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAGGCATCATGTTGCTGTGGAc > 1:1151467/1‑139 (MQ=255) gCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAGGCATCATGTTGCTGTGGACTg > 1:841687/1‑139 (MQ=255) tgtCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTGGCACGTTAggg < 2:800261/103‑1 (MQ=255) tgtCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTGGCACGTTAggg > 1:800261/1‑103 (MQ=255) tCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAGGCATCATGTTGCTGTGGACTGGCGGCa < 2:755079/138‑1 (MQ=255) tGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTTCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAGGCATCATGTTGCTGTGGACTGGCGGCAAATGGATTGGAGGGTTa > 2:726572/1‑139 (MQ=255) gTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAGGCATCATGTTGCTGTGGACTGGCGGCAAATGGATTGAAGGGTTAc < 2:1151467/138‑1 (MQ=255) cGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAGGCATCATGTTGCTGTGGACTGGCGGCAAATGGATTGAAGGGTTACCCGCCGAACTGAAACAGCTCTcc > 2:1008405/1‑139 (MQ=255) tCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTg < 2:1237162/45‑1 (MQ=255) tCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTg > 1:1237162/1‑45 (MQ=255) cTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAGGCATCATGTTGCTGTGGACTGGCGGCAAATGGATTGAAGGGTTACCCGCCGAACTGAAACAGCTCTCCGCCCCg < 1:314921/138‑1 (MQ=255) gTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTgg > 2:1161861/1‑36 (MQ=255) gTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTgg < 1:1161861/36‑1 (MQ=255) gTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAGGCATCATGTTGCTGTGGACTGGCGGCAAAt > 2:58590/1‑86 (MQ=255) gTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAGGCATCATGTTGCTGTGGACTGGCGGCAAAt < 1:58590/86‑1 (MQ=255) gTGGCTAAAGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAGGCATCATGTTGCTGTGGACTGGCGGCAAATGGATTGAAGGGTTACCCGCCGAACTGAAACAGCTCTCCGCCCCGCTGCTGCtt > 1:1151250/1‑139 (MQ=255) aaGATCCCTGCCATTATTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAGGCATCATGTTGCTGTGGACTGGCGGCAAATGGTTTGAAGGGTTACCCGCCGAACTGAAACAGCTCTCCGCCCCGCTGCTGCTTGGCGttt < 2:374767/139‑1 (MQ=255) cccTGCCATTATTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAGGCATCATGTTGCTGTGGACTGGCGGCAAATGGATTGAAGGGTTACCCGCCGAACTGAAACACCTCTCCGCCCCGCTGCTGCTTGGCGTTTCAGc > 1:1219481/1‑138 (MQ=255) cATTATTGCCCCCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAGGCATCATGTTGCTGTGGACTGGCGGCAAATGGATTGAAGGGTTACCCGCCGAACTGAAACAGCTCTCCGCCCCGCTGCTGCTTGGCGTTTCAGCAAttggt < 2:322619/139‑1 (MQ=255) | GCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAGGCATCATGTTGCTGTGGACTGGCGGCAAATGGATTGAAGGGTTACCCGCCGAACTGAAACAGCTCTCCGCCCCGCTGCTGCTTGGCGTTTCAGCAATTGGT > NZ_CP009273/1597496‑1597764 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |