| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 2,351,422 | A→C | pseudogene (140/198 nt) | BW25113_RS11725 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 2,351,422 | 0 | A | C | 98.0% | 177.2 / ‑3.7 | 50 | pseudogene (140/198 nt) | BW25113_RS11725 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base C (25/24); total (25/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.41e-01 | |||||||||||
TATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGATCCCCATGGGCCTTTGATATCAATAACTACCTTTTATGCGTGGCCCATTTTTGCCTGAT > NZ_CP009273/2351300‑2351560 | tATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGCCCAGGTGCTCGCGGc > 2:59490/1‑138 (MQ=255) ttGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGCCCAGGTGCTCGCGGCCa < 1:1178115/138‑1 (MQ=255) ttGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGGcc < 1:921807/137‑1 (MQ=255) aaCGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGCCCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGc > 1:1100305/1‑138 (MQ=255) cTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGCCCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCg < 1:946268/139‑1 (MQ=255) cTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGCCCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCg < 1:1158019/139‑1 (MQ=255) gaCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGCCCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGc < 2:242734/139‑1 (MQ=255) cATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGCCCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAg < 2:1100305/139‑1 (MQ=255) cATCAAATGGGCGGGCCGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGCCCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAg < 2:683205/139‑1 (MQ=255) aTTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGCCCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAAt > 1:96270/1‑138 (MQ=255) ggctggcAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGCCCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAAc > 2:137141/1‑138 (MQ=255) ggctggcAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGCCCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAAc < 2:396532/138‑1 (MQ=255) gctggcAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGCCCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCa < 1:833514/139‑1 (MQ=255) ggaaaaTTAGAAGTTTTGCATTAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGCCCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAacac < 2:521846/136‑1 (MQ=255) ggTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGCCCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAacac < 1:49690/139‑1 (MQ=255) ggTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGCCCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGcc > 2:167117/1‑139 (MQ=255) tttGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGCCCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGa < 1:117506/139‑1 (MQ=255) tGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGCCCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAg > 2:612463/1‑102 (MQ=255) tGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGCCCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAg < 1:612463/102‑1 (MQ=255) tGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGCCCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCa > 1:755414/1‑112 (MQ=255) tGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGCCCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCa < 2:755414/112‑1 (MQ=255) tGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGCCCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGATc > 2:925030/1‑139 (MQ=255) 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ggCTTTGATCGTGCCCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCa < 2:1067946/68‑1 (MQ=255) ggCTTTGATCGTGCCCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCa > 1:1067946/1‑68 (MQ=255) ggCTTTGATCGTGCCCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAacac > 2:50089/1‑79 (MQ=255) ggCTTTGATCGTGCCCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAacac < 1:50089/79‑1 (MQ=255) ggCTTTGATCGTGCCCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGAt < 1:498734/94‑1 (MQ=255) ggCTTTGATCGTGCCCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGAt > 2:498734/1‑94 (MQ=255) ggCTTTGATCGTGCCCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGATCCCCATGGGCCTTTGATATCAATAACTACCTTTTATGCGTGGcc > 2:408035/1‑138 (MQ=255) ggCTTTGATCGTGCCCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGATCCCCATGGGCCTTTGATATCAATAACTACCTTTTATGCGTGGcc > 2:272352/1‑138 (MQ=255) ggCTTTGATCGTGCCCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGATCCCCATGGGCCTTTGATATCAATAACTACCTTTTATGCGTGGcc > 2:586262/1‑138 (MQ=255) ggCTTTGATCGTGCCCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGATCCCCATGGGCCTTTGATATCAATAACTACCTTTTATGCGTGGcc > 1:21144/1‑138 (MQ=255) ggCTTTGATCGTGCCCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGATCCCCATGGGCCTTTGATATCAATAACTACCTTTTATGCGTGGcc > 1:874976/1‑138 (MQ=255) gCTTTGATCGTGCCCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGATCCCCATGGGCCTTTGATATCAATAACTACCTTTTATGCGTGGCCCa > 1:1149307/1‑139 (MQ=255) cTTTGATCGTGCCCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAAt > 1:1133757/1‑61 (MQ=255) cTTTGATCGTGCCCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAAt < 2:1133757/61‑1 (MQ=255) tCGTGCCCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGATCCCCATGGGCCTTTGATATCAATAACTACCTTTTATGCGTGGCCCATTTTTGc < 2:379575/139‑1 (MQ=255) tCGTGCCCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGATCCCCATGGGCCTTTGATATCAATAACTACCTTTTATGCGTGGCCCATTTTTGc < 1:272352/139‑1 (MQ=255) aCCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGATCCCCATGGGCCTTTGATATCAATAACTACCTTTTATGCGTGGCCCATTTTTGCCTGAt > 2:256664/1‑139 (MQ=255) | TATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGATCCCCATGGGCCTTTGATATCAATAACTACCTTTTATGCGTGGCCCATTTTTGCCTGAT > NZ_CP009273/2351300‑2351560 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |