Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 2,575,962 | T→C | S59G (AGC→GGC) | ypfG ← | DUF1176 domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 2,575,962 | 0 | T | C | 89.2% | 175.8 / 14.7 | 65 | S59G (AGC→GGC) | ypfG | DUF1176 domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/4); new base C (20/38); total (23/42) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.91e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 |
CTTGTCACCACTTAACGCCAACGGCTCGCCATCTAACAGCAGCCGTGGCGCTATCTCCCCTTCTGACGCCTCCGGCGACTTCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCTGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCATTATGATCGCCCGTATTACGCGCCACGCAGAAATTTTGGTTATTACAGGTGACCTGCCAGTCGGAAAACGCCCGTTGCGCTGGTGCCGCCCACACCAAAGACGTCGG > NZ_CP009273/2575831‑2576094 | cTTGTCACCACTTAACGCCAACGGCTCGCCATCTAACAGCAGCCGTGGCGCTATCTCCCCTTCTGACGCCTCCGGCGACTTCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCt > 1:1252339/1‑138 (MQ=255) cTTGTCACCACTTAACGCCAACGGCTCGCCATCTAACAGCAGCCGTGGCGCTATCTCCCCTTCTGACGCCTCCGGCGACTTCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTc < 1:707213/139‑1 (MQ=255) cTTGTCACCACTTAACGCCAACGGCTCGCCATCTAACAGCAGCCGTGGCGCTATCTCCCCTTCTGACGCCTCCGGCGACTTCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTc < 2:217148/139‑1 (MQ=255) gTCACCACTTAACGCCAACGGCTCGCCATCTAACAGCAGCCGTGGCGCTATCTCCCCTTCTGACGCCTCCGGCGACTTCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCa < 2:664849/137‑1 (MQ=255) cacTTAACGCCAACGGCTCGCCATCTAACAGCAGCCGTGGCGCTATCTCCCCTTCTGACGCCTCCGGCGACTTCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGtcat < 2:15587/139‑1 (MQ=255) cTTAACGCCAACGGCTCGCCATCTAACAGCAGCCGTGGCGCTATCTCCCCTTCTGACGCCTCCGGCGACTTCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGtcatca < 2:465487/139‑1 (MQ=255) cTTAACGCCAACGGCTCGCCATCTAACAGCAGCCGTGGCGCTATCTCCCCTTCTGACGCCTCCGGCGACTTCAATCCGCAGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGtcatca < 1:9401/139‑1 (MQ=255) cTTAACGCCAACGGCTCGCCATCTAACAGCAACCGTGGCGCTATCTCCCCTTCTGACGCCTCCGGCGACTTCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGtcatca > 1:414381/1‑139 (MQ=255) aaCGCCAACGGCTCGCCATCTAACAGCAGCCGTGGCGCTATCTCCCCTTCTGACGCCTCCGGCGACTTCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCTGCGGCTCAGGGTCATCAcc < 1:586774/138‑1 (MQ=255) aaCGCCAACGGCTCGCCATCTAACAGCAGCCGTGGCGCTATCTCCCCTTCTGACGCCTCCGGCGACTTCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCAcc < 1:635612/138‑1 (MQ=255) aaCGCCAACGGCTCGCCATCTAACAGCAGCCGTGGCGCTATCTCCCCTTCTGACGCCTCCGGCGACTTCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCAc < 2:422044/137‑1 (MQ=255) aaCGCCAACGGCTCGCCATCTAACAGCAGCCGTGGCGCTATCTCCCCTTCTGACGCCTCCGGCGACTTCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCAc < 2:403953/137‑1 (MQ=255) aCGCCAACGGCTCGCCATCTAACAGCAGCCGTGGCGCTATCTCCCCTTCTGACGCCTCCGGCGACTTCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCACCAg < 1:956780/139‑1 (MQ=255) aCGGCTCGCCATCTAACAGCAGCCGTGGCGCTATCTCCCCTTCTGACGCCTCCGGCGACTTCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCAt > 1:949798/1‑138 (MQ=255) cGGCTCGCCATCTAACAGCAGCCGTGGCGCTATCTCCCCTTCTGACGCCTCCGGCGACTTCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCa < 1:1210541/119‑1 (MQ=255) cGGCTCGCCATCTAACAGCAGCCGTGGCGCTATCTCCCCTTCTGACGCCTCCGGCGACTTCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCa > 2:1210541/1‑119 (MQ=255) cGGCTCGCCATCTAACAGCAGCCGTGGCGCTATCTCCCCTTCTGACGCCTCCGGCGACTTCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCATTa > 1:398786/1‑139 (MQ=255) gCCATCTAACAGCAGCCGTGGCGCTATCTCCCCTTCTGACGCCTCCGGCGACTTCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCATTATGAt < 1:251605/137‑1 (MQ=255) ccATCTAACAGCAGCCGTGGCGCTATCTCCCCTTCTGACGCCTCCGGCGACTTCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCATTATGATCGc < 2:398786/139‑1 (MQ=255) ccATCTAACAGCAGCCGTGGCGCTATCTCCCCTTCTGACGCCTCCGGCGACTTCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCATTATGATCGc < 1:1100069/139‑1 (MQ=255) ggcgcCGTGGCGCTATCTCCCCTTCTGACGCCTCCGGCGACTTCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCATTATGATCGCCCGTATTAcg > 2:1048222/4‑139 (MQ=255) gcCGTGGCGCTATCTCCCCTTCTGACGCCTCCGGCGACTTCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCa > 1:1010259/1‑116 (MQ=255) gcCGTGGCGCTATCTCCCCTTCTGACGCCTCCGGCGACTTCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCa < 2:1010259/116‑1 (MQ=255) ccGTGGCGCTATCTCCCCTTCTGACGCCTCCGGCGACTTCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCTGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCATTATGATCGCCCGTATTACgcgc > 1:254672/1‑138 (MQ=255) tGGCGCTATCTCCCCTTCTGACGCCTCCGGCGACTTCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTc < 1:911788/94‑1 (MQ=255) tGGCGCTATCTCCCCTTCTGACGCCTCCGGCGACTTCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTc > 2:911788/1‑94 (MQ=255) cccTTCTGACGCCTCCGGCGACTTCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCATTATGATCGCCCGTATTACGCGCCACGCAGAAATTTTg < 1:533884/138‑1 (MQ=255) ccTTCTGACGCCTCCGGCGACTTCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCATTATGATCGCCCGTATTACGAGCCACGCAGAAATTTTGGt < 2:949798/139‑1 (MQ=255) tCTGACGCCTCCGGCGACTTCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCATTATGATCGCCCGTATTACGCGCCACGCAGAAATTTTGGttat > 2:223472/1‑139 (MQ=255) cTGACGCCTCCGGCGACTTCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCATTATGATCGCCCGTATTACGCGCCACGCAGAAATTTTGGttat < 2:341226/138‑1 (MQ=255) tGACGCCTCCGGCGACTTCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCATTATGATCGCCCGTATTACGCGCCACGCAGAAATTTTGGttatta > 2:934065/1‑139 (MQ=255) tGACGCCTCCGGCGACTTCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCATTATGATCGCCCGTATTACGCGCCACGCAGAAATTTTGGttatta > 1:1167810/1‑139 (MQ=255) aCGCCTCCGGCGACTTCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCTGCGGCTCAgg > 2:560323/1‑77 (MQ=255) aCGCCTCCGGCGACTTCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCTGCGGCTCAgg > 2:497572/1‑77 (MQ=255) aCGCCTCCGGCGACTTCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCTGCGGCTCAgg < 1:560323/77‑1 (MQ=255) aCGCCTCCGGCGACTTCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCTGCGGCTCAgg < 1:497572/77‑1 (MQ=255) tCCGGCGACTTCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCATTATGATCGCCCGTATTACGCGCCACGCAGAAATTTTGGTTATTACAGGTGa > 2:15418/1‑139 (MQ=255) ccGGCGACTTCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCATTATGATCGCCCGTATTACGCGCCACGCAGAAATTTTGGTTATTACAGGTGAc > 1:573937/1‑139 (MQ=255) ttCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGtc < 1:1139069/66‑1 (MQ=255) ttCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGtc > 2:1139069/1‑66 (MQ=255) cAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCATTATGATCGCCCGTATTACGCGCCACGCAGAAATTTTGGTTATTACAGGTGACCTGCCAGt < 1:1001743/137‑1 (MQ=255) cAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGCTCATCACCAGTCCATTATGATCGCCCGTATTACGCGCCACGCAGAAATTTTGGTTATTACAGGTGACCTGCCAGt < 1:1056992/137‑1 (MQ=255) cgccgcGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCATTATGATCGCCCGTATTACGCGCCACGCAGAAATTTTGGTTATTACAGGTGACCTGCCAGTCGGaaaa < 2:174738/139‑1 (MQ=255) gccgcGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCATTATGATCGCCCGTATTACGCGCCACGCAGAAATTTTGGTTATTACAGGTGACCTGCCAGTCGGAAAAc < 2:1167810/139‑1 (MQ=255) tACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCATTATGATCGCCCGTATTACGCGCCACGCAGAAATTTTGGTTATTACAGGTGACCTGCCAGTCGGAAAACGCCCGTTgcgc < 1:984129/139‑1 (MQ=255) tACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCATTATGATCGCCCGTATTACGCGCCACGCAGAAATTTTGGTTATTACAGGTGACCTGCCAGTCGGAAAACGCCCGTTgcgc < 2:573937/139‑1 (MQ=255) tACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCATTATGATCGCCCGTATTACGCGCCACGCAGAAATTTTGGTTATTACAGGTGACCTGCCAGTCGGAAAACGCCCGTTgcgc < 1:941378/139‑1 (MQ=255) tACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCATTATGATCGCCCGTATTACGCGCCACGCAGAAATTTTGGTTATTACAGGTGACCTGCCAGTCGGAAAACGCCCGTTgcgc < 1:184453/139‑1 (MQ=255) tACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCATTATGATCGCCCGTATTACGCGCCACGCAGAAATTTTGGTTATTACAGGTGACCTGCCAGTCGGAAAACGCCCGTTgcgc < 1:278636/139‑1 (MQ=255) aCGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCATTATGATCGCCCGTATTACGCGCCACGCAGAAATTTTGGttat > 1:530878/1‑94 (MQ=255) aCGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCATTATGATCGCCCGTATTACGCGCCACGCAGAAATTTTGGttat < 2:530878/94‑1 (MQ=255) ggCATCGGTATGCGCCCCGGCGCTGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCATTATGATCGCCCGTATTACGCGCCACGCAGAAATTTTGGTTATTACAGGTGACCTGCCAGTCGGAAAACGCCCGTTGCGCTGGTgccgcc < 2:44460/139‑1 (MQ=255) ggCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGtcat < 1:565199/39‑1 (MQ=255) ggCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGtcat > 2:565199/1‑39 (MQ=255) ggCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCCCCAGTCCATTATGATCGCCCGTATTACGCGCCACGCAGAAATTTAGGTTATTACAGGTGACCTGCCAGTCGGAAAACGCCCGTTGCGCTGGTgccgcc < 2:414381/139‑1 (MQ=255) ggCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCATTATGATCGCCCGTATTACGCGCCACGCAGAAATTTTGGTTATTACAGGTGACCTGCCAGTCGGAAAACGCCCGTTGCGCTGGTgccgcc < 1:1241782/139‑1 (MQ=255) ggCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCATTATGATCGCCCGTATTACGCGCCACGCAGAAATTTTGGTTATTACAGGTGACCTGCCAGTCGGAAAACGCCCGTTGCGCTGGTgccgcc < 1:1048222/139‑1 (MQ=255) ggCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCATTATGATCGCCCGTATTACGCGCCACGCAGAAATTTTGGTTATTACAGGTGACCTGCCAGTCGGAAAACGCCCGTTGCGCTGGTgccgcc < 1:223472/139‑1 (MQ=255) ggCATCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCATTATGATCGCCCGTATTACGCGCCACGCAGAAATTTTGGTTATTACAGGTGACCTGCCAGTCGGAAAACGCCCGTTGCGCTGGTgccgcc < 2:663329/139‑1 (MQ=255) aTCGGTATGCGCCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCATTATGATCGCCCGTATTACGCGCCACGCAGAAATTTTGGTTATTACAGGTGACCTGCCAGTCGGAAAACGCCCGTTGCGCTGGTGCCGCCca > 2:123010/1‑138 (MQ=255) cgcCCCGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCATTATGATCGCCCGTATTACGCGCCACGCAGAAATTTTGGTTATTACAGGTGACCTGCCAGTCGGAAAACGCCCGTTGCGCTGGTGCCGCCCACACCAAAGAc < 1:756611/139‑1 (MQ=255) ccccGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCATTATGATCGCCCGTATTACGCGCCACGCAGAAATTTTGGTTATTACAGGTGACCTGCCAGTCGGAAAACGCCCGTTGCGCTGGTGCCGCCCACACCAAAGACGt < 1:580067/139‑1 (MQ=255) cGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCATTATGATCGCCCGTATTACGCGCCACGCAGAAATTTTGGTTATTACAGGTGACCTGCCAGTCGGAAAACGCCCGTTGCGCTGGTGCCGCCCCCACCAAAGACGCCgc > 2:704385/1‑138 (MQ=255) cGGCGCCGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCATTATGATCGCCCGTATTACGCGCCACGCAGAAATTTTGGTTATTACAGGTGACCTGCCAGTCGGAAAACGCCCGTTGCGCTGGTGCCGCCCACACCAAAGACGTCgg > 1:948627/1‑139 (MQ=255) ggCGCCGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCATTATGATCGCCCGTATTACGCGCCACGCAGAAATTTTGGTTATTACAGGTGACCTGCCAGTCGGAAAACGCCCGTTGCGCTGGTGCCGCCCACACCAAAGACGTCgg > 1:486767/1‑138 (MQ=255) | CTTGTCACCACTTAACGCCAACGGCTCGCCATCTAACAGCAGCCGTGGCGCTATCTCCCCTTCTGACGCCTCCGGCGACTTCAATCCGCCGCGCTCAATACGTAAAACGGCATCGGTATGCGCCCCGGCGCTGCGGCTCAGGGTCATCACCAGTCCATTATGATCGCCCGTATTACGCGCCACGCAGAAATTTTGGTTATTACAGGTGACCTGCCAGTCGGAAAACGCCCGTTGCGCTGGTGCCGCCCACACCAAAGACGTCGG > NZ_CP009273/2575831‑2576094 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |