| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 2,761,884 | T→C | R272R (CGT→CGC) | yfjP → | GTPase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 2,761,884 | 0 | T | C | 97.0% | 220.7 / ‑1.7 | 66 | R272R (CGT→CGC) | yfjP | GTPase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); new base C (29/35); total (29/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.07e-02 | |||||||||||
CATCCCTTTCGAACAACGGTAGCCCGGGAGCAGGCACGTGACGATTTCGGTGAAACCGTAGGTGCCATACTCGATACGGTAAGCACCTTTCCCCTTATTCCCGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGTTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTGGGATTTCTTCTTCTGAGTGTTTAATTCTGCCCTATTATTCTCCGAGCCCTGTCGCAAGTGCGGCAGGGCTTTCTTTATTTGTTTTACCCATACTGAGGAGTCT > NZ_CP009273/2761750‑2762019 | cATCCCTTTCGAACAACGGTAGCCCGGGAGCAGGCACGTGACGATTTCGGTGAAACCGTAGGTGCCATACTCGATACGGTAAGCACCTTTCCCCTTATTCCCGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCt < 1:278295/139‑1 (MQ=255) tCCCTTTCGAACAACGGTAGCCCGGGAGCAGGCACGTGACGATTTCGGTGAAACCGTAGGTGCCATACTCGATACGGTAAGCACCTTTCCCCTTATTCCCGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCg > 2:587551/1‑139 (MQ=255) tCCCTTTCGAACAACGGTAGCCCGGGAGCAGGCACGTGACGATTTCGGTGAAACCGTAGGTGCCATACTCGATACGGTAAGCACCTTTCCCCTTATTCCCGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCg > 2:783369/1‑139 (MQ=255) ccTTTCGAACAACGGTAGCCCGGGAGCAGGCACGTGACGATTTCGGTGAAACCGTAGGTGCCATACTCGATACGGTAAGCACCTTTCCCCTTATTCCCGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCggt > 2:1189506/1‑139 (MQ=255) ccTTTCGAACAACGGTAGCCCGGGAGCAGGCACGTGACGATTTCGGTGAAACCGTAGGTGCCATACTCGATACGGTAAGCACCTTTCCCCTTATTCCCGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCggt < 1:252609/139‑1 (MQ=255) tCGAACAACGGTAGCCCGGGAGCAGGCACGTGACGATTTCGGTGAAACCGTAGGTGCCATACTCGATACGGTAAGCACCTTTCCCCTTATTCCCGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCGgtggtg > 1:60667/1‑139 (MQ=255) gCCCGGGAGCAGGCACGTGACGATTTCGGTGAAACCGTAGGTGCCATACTCGATACGGTAAGCACCTTTCCCCTTATTCCCGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGTTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCcgcg < 2:648825/139‑1 (MQ=255) gCCCGGGAGCAGGCACGTGACGATTTCGGTGAAACCGTAGGTGCCATACTCGATACGGTAAGCACCTTTCCCCTTATTCCCGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCcgcg < 2:970988/139‑1 (MQ=255) gCCCGGGAGCAGGCACGTGACGATTTCGGTGAAACCGTAGGTGCCATACTCGATACGGTAAGCACCTTTCCCCTTATTCCCGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCcgcg < 2:631916/139‑1 (MQ=255) aCGTGACGATTTCGGTGAAACCGTAGGTGCCATACTCGATACGGTAAGCACCTTTCCCCTTATTCCCGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGTTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTGGGATttc < 1:1222903/139‑1 (MQ=255) tttCGGTGAAACCGTAGGTGCCATACTCGATACGGTAAGCACCTTTCCCCTTATTCCCGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTGGGATTTCTTCTTCTGa < 2:693238/139‑1 (MQ=255) tttCGGTGAAACCGTAGGTGCCATACTCGATACGGTAAGCACCTTTCCCCTTATTCCCGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTGGGATTTCTTCTTCTGa < 2:1202758/139‑1 (MQ=255) cGGTGAAACCGTAGGTGCCATACTCGATACGGTAAGCACCTTTCCCCTTATTCCCGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTggg < 2:71125/122‑1 (MQ=255) cGGTGAAACCGTAGGTGCCATACTCGATACGGTAAGCACCTTTCCCCTTATTCCCGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTggg > 1:71125/1‑122 (MQ=255) gTGAAACCGTAGGTGCCATACTCGATACGGTAAGCACCTTTCCCCTTATTCCCGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTGGGATTTCTTCTTCTGAGTGtt < 2:1160428/139‑1 (MQ=255) aaaCCGTAGGTGCCATACTCGATACGGTAAGCACCTTTCCCCTTATTCCCGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTGGGATTTCTTCTTCTGAGTGTTTaa < 1:587551/139‑1 (MQ=255) 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cATACTCGATACGGTAAGCACCTTTCCCCTTATTCCCGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTGGGATTTCTTCTTCTGAGTGTTTAATTCTGCCCtatta > 1:807142/1‑139 (MQ=255) cATACTCGATACGGTAAGCACCTTTCCCCTTATTCCCGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTGGGATTTCTTCTTCTGAGTGTTTAATTCTGCCCtatta < 2:327794/139‑1 (MQ=255) aTACGGTAAGCACCTTTCCCCTTATTCCCGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTGGGATTTCTTCTTCTGAGTGTTTAATTCTGCCCTATTATTCTCCGa < 2:546368/139‑1 (MQ=255) tACGGTAAGCACCTTTCCCCTTATTCCCGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCcgcg > 1:795960/1‑86 (MQ=255) tACGGTAAGCACCTTTCCCCTTATTCCCGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCcgcg < 2:795960/86‑1 (MQ=255) tAAGCACCTTTCCCCTTATTCCCGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTggg > 2:1018557/1‑90 (MQ=255) tAAGCACCTTTCCCCTTATTCCCGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTggg < 1:1018557/90‑1 (MQ=255) tAAGCACCTTTCCCCTTATTCCCGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTGGGATTTCTTCTTCTGAGTGTTTAATTCTGCCCTATTATTCTCCGAGCCCTg > 1:348267/1‑139 (MQ=255) tAAGCACCTTTCCCCTTATTCCCGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTGGGATTTCTTCTTCTGAGTGTTTAATTCTGCCCTATTATTCTCCGAGCCCTg > 2:294355/1‑139 (MQ=255) gCACCTTTCCCCTTATTCCCGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCcgcg > 2:1261152/1‑78 (MQ=255) gCACCTTTCCCCTTATTCCCGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCcgcg < 1:1261152/78‑1 (MQ=255) gCACCTTTCCCCTTATTCCCGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTGGGATTTCTTCTTCTGa < 1:1117360/101‑1 (MQ=255) gCACCTTTCCCCTTATTCCCGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTGGGATTTCTTCTTCTGa > 2:1117360/1‑101 (MQ=255) cTTTCCCCTTATTCCCGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTGGGATTTCTTCGTCTGAGTGTTTAATTCTGCCCTATTATTCTCCGAGCCCTGTCGCAAg < 2:51202/139‑1 (MQ=255) tCCCCTTATTCCCGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTGGGATTTCTTCTTCTGAGTGTTTAATTCTGCCCTATTATTCTCCGAGCCCTGTCGCAAGTGc > 2:114179/1‑139 (MQ=255) aTTCCCGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTGGGATTTCTTCTTCTGAGTGTTTAATTCTGCCCTATTATTCTCCGAGc < 1:625428/118‑1 (MQ=255) aTTCCCGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTGGGATTTCTTCTTCTGAGTGTTTAATTCTGCCCTATTATTCTCCGAGc > 2:625428/1‑118 (MQ=255) aTTCCCGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTGGGATTTCTTCTTCTGAGTGTTTAATTCTGCCCTATTATTCTCCGAGCCCTGTCGCAAGTGCGGCAggg > 2:401991/1‑139 (MQ=255) aTTCCCGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTGGGATTTCTTCTTCTGAGTGTTTAATTCTGCCCTATTATTCTCCGAGCCCTGTCGCAAGTGCGGCAggg > 2:430100/1‑139 (MQ=255) aTTCCCGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTGGGATTTCTTCTTCTGAGTGTTTAATTCTGCCCTATTATTCTCCGAGCCCTGTCGCAAGTGCGGCAggg > 2:780820/1‑139 (MQ=255) aTTCCCGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTGGGATTTCTTCTTCTGAGTGTTTAATTCTGCCCTATTATTCTCCGAGCCCTGTCGCAAGTGCGGCAggg > 2:166941/1‑139 (MQ=255) cGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTGGGATTTCTTCTTCTGAGTGTTTAATTCTGCCCTATTATTCTCCGAGCCCTGTCGCAAGTGCGGCAGGGctttc > 1:759918/1‑139 (MQ=255) gCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTGGGAttt > 2:52313/1‑71 (MQ=255) gCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTGGGAttt < 1:52313/71‑1 (MQ=255) cGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTGGGATTTCTTCTTCTGAGTGTTTAATTCTGCCCTATTATTCTCCGAGCCCTGTCGCAAGTGCGGCAGGGCTTTCTTTAt < 1:886868/139‑1 (MQ=255) ggTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCcgcg > 2:666726/1‑53 (MQ=255) ggTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCcgcg < 1:666726/53‑1 (MQ=255) gTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCggtggt > 2:78523/1‑38 (MQ=255) gTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGCTCCTCggtggt < 1:78523/38‑1 (MQ=255) 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ggCCGTGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTGGGATTTCTTCTTCTGAGTGTTTAATTCTGCCCTATTATTCTCCGAGCCCTGTCGCAAGTGCGGCAGGGCTTTCTTTATTTGTTTTACCCATACTgag < 1:166941/139‑1 (MQ=255) gCCGTGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTGGGATTTCTTCTTCTGAGTGTTTAATTCTGCCCTATTATTCTCCGAGCCCTGTCGc < 2:507534/96‑1 (MQ=255) gCCGTGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTGGGATTTCTTCTTCTGAGTGTTTAATTCTGCCCTATTATTCTCCGAGCCCTGTCGc > 1:507534/1‑96 (MQ=255) gCCGTGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTGGGATTTCTTCTTCTGAGTGTTTAATTCTGCCCTATTATTCTCCGAGCCCTGTCGCAAGTGCGGCAGGGCTTTCTTTATTTGTTTTACCCATACTgag > 2:165377/1‑138 (MQ=255) tGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTGGGATTTCTTCTTCTGAGTGTTTAATTCTGCCCTATTATTCTCCGAGCCCTGTCGCAAGTGCGGCAGGGCTTTCTTTATTTGTTTTACCCATACTgagg > 1:610448/1‑135 (MQ=255) tGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTGGGATTTCTTCTTCTGAGTGTTTAATTCTGCCCTATTATTCTCCGAGCCCTGTCGCAAGTGCGGCAGGGCTTTCTTTATTTGTTTTACCCATACTGAGGAGTc > 2:463771/1‑139 (MQ=255) tGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTGGGATTTCTTCTTCTGAGTGTTTAATTCTGCCCTATTATTCTCCGAGCCCTGTCGCAAGTGCGGCAGGGCTTTCTTTATTTGTTTTACCCATACTGAGGAGTc > 2:202341/1‑139 (MQ=255) tGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTGGGATTTCTTCTTCTGAGTGTTTAATTCTGCCCTATTATTCTCCGAGCCCTGTCGCAAGTGCGGCAGGGCTTTCTTTATTTGTTTTACCCATACTGAGGAGTc < 2:1227112/139‑1 (MQ=255) tGCGCTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTGGGATTTCTGCTTCTGAGTGTTTAATTCTGCCCTATTATTCTCCGAGCCCTGTCGCAAGTGCGGCAGGGCTTTCTTTATTTGTTTTACCCATACTgagg < 2:610448/135‑1 (MQ=255) gcgcTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTGGGATTTCTTCTTCTGAGTGTTTAATTCTGCCCTATTATTCTCCGAGCCCTGTCGCAAGTGCGGCAGGGCTTTCTTTATTTGTTTTACCCATACTGAGGAGTCt > 2:709020/1‑139 (MQ=255) gcgcTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTGGGATTTCTTCTTCTGAGTGTTTAATTCTGCCCTATTATTCTCCGAGCCCTGTCGCAAGTGCGGCAGGGCTTTCTTTATTTGTTTTACCCATACTGAGGAGTCt > 2:1060164/1‑139 (MQ=255) | CATCCCTTTCGAACAACGGTAGCCCGGGAGCAGGCACGTGACGATTTCGGTGAAACCGTAGGTGCCATACTCGATACGGTAAGCACCTTTCCCCTTATTCCCGCCCCGGTGCGGACCATTATTCAGGCCGTGCGTTCCTCGGTGGTGTCAGTGGCCCGCGCTGTCTGGGATTTCTTCTTCTGAGTGTTTAATTCTGCCCTATTATTCTCCGAGCCCTGTCGCAAGTGCGGCAGGGCTTTCTTTATTTGTTTTACCCATACTGAGGAGTCT > NZ_CP009273/2761750‑2762019 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |