| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 2,778,322 | T→A | pseudogene (49/1374 nt) | BW25113_RS25705 ← | DUF5507 domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 2,778,322 | 0 | T | A | 93.5% | 162.2 / 2.8 | 46 | pseudogene (49/1374 nt) | BW25113_RS25705 | DUF5507 domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/2); new base A (22/21); total (23/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 | |||||||||||
TCAGACATCATTTTTTGTAAAGTTTCAAGAGCACCGCGATACGTCTCTGATGCAGCTTCCTTACAAATTAATTTTAAAATACTATGAGCTAGTAGCTCCATGTGTTTAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACTACCCAAAACTGCGCTAGCGTTAAATCCGTTGCTTTTACTAACTAACATTGTCTATTCCTCAATTAATGTCTACATGGCTATTTTTAATGTTATTACTGTTTGTCACTATAAAAAAACGCTCATTTGAGACAATTA > NZ_CP009273/2778186‑2778457 | tCAGACATCATTTTTTGTAAAGTTTCAAGAGCACCGCGATACGTCTCTGATGCAGCTTCCTTACAAATTAATTTTAAAATACTATGAGCTAGTAGCTCCATGTGTTTAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACAAc > 1:1006494/1‑139 (MQ=255) cAGACATCATTTTTTGTAAAGTTTCAAGAGCACCGCGATACGTCTCTGATGCAGCTTCCTTACAAATTAATTTTAAAATACTATGAGCTAGTAGCTCCATGTGTTTAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACAAcc > 1:1087754/1‑139 (MQ=255) aCATCATTTTTTGTAAAGTTTCAAGAGCACCGCGATACGTCTCTGATGCAGCTTCCTTACAAATTAATTTTAAAATACTATGAGCTAGTAGCTCCATGTGTTTAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACAACCCa > 1:1049719/1‑138 (MQ=255) catcatTTTTTGTAAAGTTTCAAGAGCACCGCGATACGTCTCTGATGCAGCTTCCTTACAAATTAATTTTAAAATACTATGAGCTAGTAGCTCCATGTGTTTAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACAACCCaa > 1:110267/1‑138 (MQ=255) atcatTTTTTGTAAAGTTTCAAGAGCACCGCGATACGTCTCTGATGCAGCTTCCTTACAAATTAATTTTAAAATACTATGAGCTAGTAGCTCCATGTGTTTAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACTACCCaaaa < 2:1147064/139‑1 (MQ=255) catTTTTTGTAAAGTTTCAAGAGCACCGCGATACGTCTCTGATGCAGCTTCCTTACAAATTAATTTTAAAATACTATGAGCTAGTAGCTCCATGTGTTTAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACAACCCAAAACt > 2:1150638/1‑139 (MQ=255) ttttGTAAAGTTTCAAGAGCACCGCGATACGTCTCTGATGCAGCTTCCTTACAAATTAATTTTAAAATACTATGAGCTAGTAGCTCCATGTGTTTAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACAACCCAAAACTgcg < 2:1087754/138‑1 (MQ=255) ttGTAAAGGTTCAAGAGCACCGCGATACGTCTCTGATGCAGCTTCCTTACAAATTAATTTTAAAATACTATGAGCTAGTAGCTCCATGTGTTTAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACAACCCAAAACTGCGCt < 1:974595/138‑1 (MQ=255) aCCGCGATACGTCTCTGATGCAGCTTCCTTACAAATTAATTTTAAAATACTATGAGCTAGTAGCTCCATGTGTTTAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACAACCCAAAACTGCGCTAGCGTTAAATCCGTTGCtt > 2:518029/1‑139 (MQ=255) ctctGATGCAGCTTCCTTACAAATTAATTTTAAAATACTATGAGCTAGTAGCTCCATGTGTTTAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACTACCCAAAACTGCGCTAGCGTTAAATCCGTTGCTTTTActaactaa > 2:677645/1‑138 (MQ=255) tGATGCAGCTTCCTTACAAATTAATTTTAAAATACTATGAGCTAGTAGCTCCATGTGTTTAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACAACCCAAAACTGCGCTAGCGTTAAATCCGTTGCTTTTACTAACTAACa < 1:415429/137‑1 (MQ=255) aTGCAGCTTCCTTACAAATTAATTTTAAAATACTATGAGCTAGTAGCTCCATGTGTTTAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACAACCCAAAACTGCGCTAGCGTTAAATCCGt > 1:883864/1‑117 (MQ=255) aTGCAGCTTCCTTACAAATTAATTTTAAAATACTATGAGCTAGTAGCTCCATGTGTTTAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACAACCCAAAACTGCGCTAGCGTTAAATCCGt < 2:883864/117‑1 (MQ=255) cTTCCTTACAAATTAATTTTAAAATACTATGAGCTAGTAGCTCCATGTGTTTAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACAACCCAAAACTGCGCTAGCGTTAAATCCGTTGCTTTTACTAACTAACATTGTCTATTc < 1:720460/139‑1 (MQ=255) tCCTTACAAATTAATTTTAAAATACTATGAGCTAGTAGCTCCATGTGTTTAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACAACCCAAAACTGCGCTAGCGTTAAATCCGTTGCTTTTACTAACTAACATTGTCTATTCCt > 1:614914/1‑139 (MQ=255) cAAATTAATTTTAAAATACTATGAGCTAGTAGCTCCATGTGTTTAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACAACCCAAAACTGCGCTAGCGTTAAATCCGTTGCTTTTACTAACTAACATTGTCTATTCCTCAAtt < 2:614914/138‑1 (MQ=255) aaTACTATGAGCTAGTAGCTCCATGTGTTTAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACAACCCAAAACTGCGCTAGCGTTAAATCCGTTGCTTTTACTAACTAACATTGTCTATTCCTCAATTAATGTCTACATGGCt < 1:518029/139‑1 (MQ=255) tATGAGCTAGTAGCTCCATGTGTTTAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACAACCCAAAACTGCGCTAGCGTTAAATCCGTTGCTTTTactaac > 2:321067/1‑97 (MQ=255) tATGAGCTAGTAGCTCCATGTGTTTAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACAACCCAAAACTGCGCTAGCGTTAAATCCGTTGCTTTTactaac < 1:321067/97‑1 (MQ=255) tGAGCTAGTAGCTCCATGTGTTTAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACAACCCAAAACTGCGCTAGCGTTAAATCCGTTGCTTTTACTAACTAACATTGTCTATTCCTCAATTAATGTCTACATGGCTAttttt > 2:164125/1‑138 (MQ=255) aGCTAGTAGCTCCATGTGTTTAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACTACCCAAAACTGCGCTAGCGTTAAATCCGTTGCTTTTACTAACTAACATTGTCTATTCCTCAATTAATGTCTACATGGCTATTTTTaa < 1:677645/138‑1 (MQ=255) aGCTAGTAGCTCCATGTGTTTAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACAACCCAAAACTGCGCTAGCGTTAAATCCGTTGCTTTTACTAACTAACATTGTCTATTCCTCAATTAATGTCTACATGGCTATTTTTaa < 2:110267/138‑1 (MQ=255) aGCTAGTAGCTCCATGTGTTTAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACAACCCAAAACTGCGCTAGCGTTAAATCCGTTGCTTTTACTAACTAACATTGTCTATTCCTCAATTAATGTCTACATGGCTATTTTTaa < 1:32953/138‑1 (MQ=255) gCTAGTAGCTCCATGTGTTTAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACAACCCAAAACTGCGCTAGCGTTAAATCCGTTGCTTTTACTAACTAACATTGTCTATTCCTCAATTAATGTCTACATGGCTATTTTTAATg > 1:444206/1‑139 (MQ=255) gtagCTCCATGTGTTTAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACAACCCAAAACTGCGCTAGCGTTAAATCCGTTGCTTTTACTAACTAACATTGTCTATTCCTCAATTAATGTCTACATGGCTATTTTTAATGttat < 1:48960/139‑1 (MQ=255) gtagCTCCATGTGTTTAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACAACCCAAAACTGCGCTAGCGTTAAATCCGTTGCTTTTACTAACTAACATTGTCTATTCCTCAATTAATGTCTACATGGCTATTTTTAATGttat > 1:377142/1‑139 (MQ=255) tCCATGTGTTTAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACAACCCAAAACTGCGCTAGCGTTAAATCCGTTGCTTTTa < 1:1285335/78‑1 (MQ=255) tCCATGTGTTTAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACAACCCAAAACTGCGCTAGCGTTAAATCCGTTGCTTTTa > 2:1285335/1‑78 (MQ=255) cATGTGTTTAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACAACCCAAAACTGCGCTAGCGTTAAATCCGTTGCTTTTa > 2:114590/1‑76 (MQ=255) cATGTGTTTAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACAACCCAAAACTGCGCTAGCGTTAAATCCGTTGCTTTTa < 1:114590/76‑1 (MQ=255) gtgtTTAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACAACCCAACACTGCGCTAGCGTTAAATCCGTTACTTTTACTAACTAACATTGTCTATTCGTCAATTAATGTCTACATGGCTATTTTTAAGGTTATTACTGTTTGt > 2:682752/1‑139 (MQ=255) gtgtTTAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACAACCCAAAACTGCGCt < 2:809306/51‑1 (MQ=255) gtgtTTAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACAACCCAAAACTGCGCt > 1:809306/1‑51 (MQ=255) gtgtTTAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACAACCCAAAACTGCGCTAGCGTTAAATCCGTTGCTTTTACTAACTAACATTGTCTATTCCTCAATTAATGTCTACATGGc < 1:519325/114‑1 (MQ=255) gtgtTTAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACAACCCAAAACTGCGCTAGCGTTAAATCCGTTGCTTTTACTAACTAACATTGTCTATTCCTCAATTAATGTCTACATGGc > 2:519325/1‑114 (MQ=255) gtgtTTAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACAACCCAAAACTGCGCTAGCGTTAAATCCGTTGCTTTTACTAACTAACATTGTCTATTCCTCAATTAATGTCTACATGGCTATTTTTAATGTTATTACTGTTTGt > 2:687749/1‑139 (MQ=255) tttAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACAACCCAAAACTGCGCTAGCGTTAAATCCGTTGCTTTTACTAACTAACATTGTCTATTCCTCAATTAATGTCTACATGGCTATTTTTAATGTTATTACTGTTTGTCa < 1:687749/138‑1 (MQ=255) ttAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACAACCCAAAACTGCGCTAGCGTTAAATCCGTTGCTTTTACTAACTAACATTGTCTATTCCTCAATTAATGTCTACATGGCTATTTTTAATGTTATTACTGTTTGTCAc > 1:524391/1‑138 (MQ=255) tAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACAACCCAAAACTGCGCTAGCGTTAAATcc > 1:544602/1‑58 (MQ=255) tAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACAACCCAAAACTGCGCTAGCGTTAAATcc < 2:544602/58‑1 (MQ=255) tAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACAACCCAAAACTGCGCTAGCGTTAAATCCGTTGCTTTTACTAACTAACATTGTCTATTCCTCAATTAATGTCTACATGGCTATTTTTAATGTTATTACTGTTTGTCACta > 2:543547/1‑139 (MQ=255) ttttCATTATAACTTCCACAACCCAAAACTGCGCTAGCGTTAAATCCGTTGCTTTTACTAACTAACATTGTCTATTCCTCAATTAATGTCTACATGGCTATTTTTAATGTTATTACTGTTTGTCACTATAAAAAAACg < 1:1150638/138‑1 (MQ=255) ttATAACTTCCACAACCCAAAACTGCGCTAGCGTTAAATCCGTTGCTTTTACTAACTAACATTGTCTATTCCTCAATTAATGTCTACATGGCTATTTTTAATGTTATTACTGTTTGTCACTATAAAAAAACGCTCAttt < 2:377142/139‑1 (MQ=255) taACTTCCACAACCCAAAACTGCGCTAGCGTTAAATCCGTTGCTTTTACTAACTAACATTGTCTATTCCTCAATTAATGTCTACATGGCTATTTTTAATGTTATTACTGTTTGTCACTATAAAAAAACGCTCATTTga < 1:172596/138‑1 (MQ=255) ccACAACCCAAAACTGCGCTAGCGTTAAATCCGTTGCTTTTACTAACTAACATTGTCTATTCCTCAAtt > 2:886710/1‑69 (MQ=255) ccACAACCCAAAACTGCGCTAGCGTTAAATCCGTTGCTTTTACTAACTAACATTGTCTATTCCTCAAtt < 1:886710/69‑1 (MQ=255) cacaACCCAAAACTGCGCTAGCGTTAAATCCGTTGCTTTTACTAACTAACATTGTCTATTCCTCAATTAATGTCTACATGGCTATTTTTAATGTTATTACTGTTTGTCACTATAAAAAAACGCTCATTTGAGACAATTa < 2:1006494/139‑1 (MQ=255) cacaACCCAAAACTGCGCTAGCGTTAAATCCGTTGCTTTTACTAACTAACATTGTCTATTCCTCAATTAATGTCTACATGGCTATTTTTAATGTTATTACTGTTTGTCACTATAAAAAAACGCTCATTTGAGACAATTa < 1:517744/139‑1 (MQ=255) | TCAGACATCATTTTTTGTAAAGTTTCAAGAGCACCGCGATACGTCTCTGATGCAGCTTCCTTACAAATTAATTTTAAAATACTATGAGCTAGTAGCTCCATGTGTTTAGAAGATTTATTTTCATTATAACTTCCACTACCCAAAACTGCGCTAGCGTTAAATCCGTTGCTTTTACTAACTAACATTGTCTATTCCTCAATTAATGTCTACATGGCTATTTTTAATGTTATTACTGTTTGTCACTATAAAAAAACGCTCATTTGAGACAATTA > NZ_CP009273/2778186‑2778457 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |