Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 2,781,609 | T→C | pseudogene (1854/2253 nt) | BW25113_RS26005 → | alpha‑amylase family glycosyl hydrolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 2,781,609 | 0 | T | C | 100.0% | 193.7 / NA | 55 | pseudogene (1854/2253 nt) | BW25113_RS26005 | alpha‑amylase family glycosyl hydrolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (26/29); total (26/29) |
CAATGGCATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTCTGGCCTTTAGTCGTGGGGATTCT > NZ_CP009273/2781473‑2781735 | cAATGGCATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTg < 1:1086340/139‑1 (MQ=255) aTGGCATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGgctgct < 1:110784/139‑1 (MQ=255) ggCATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGctc > 1:713790/1‑138 (MQ=255) ggCATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGctc < 2:713790/138‑1 (MQ=255) cATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTAc < 1:1274307/139‑1 (MQ=255) tatataGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTAcc > 1:1031676/1‑138 (MQ=255) aGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCt > 2:1191554/1‑134 (MQ=255) aGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCt < 1:1191554/134‑1 (MQ=255) gCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATcag < 2:648210/138‑1 (MQ=255) ccGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATcag > 1:455125/1‑137 (MQ=255) ccGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATcag > 1:397176/1‑137 (MQ=255) ccGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATcag > 2:237830/1‑137 (MQ=255) ccGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATcag > 1:1161354/1‑137 (MQ=255) ccGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATcag > 1:1025308/1‑137 (MQ=255) ccGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGACTGCTCTACCTATaag > 2:365976/1‑137 (MQ=255) ctctGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATCAGCAGct < 2:1194530/139‑1 (MQ=255) ctctGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATCAGCAGct > 1:1004779/1‑139 (MQ=255) tctGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATCAGCAGctc > 1:279602/1‑139 (MQ=255) ctGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTAc < 1:978776/125‑1 (MQ=255) ctGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTAc > 2:978776/1‑125 (MQ=255) ggCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCa < 2:153111/139‑1 (MQ=255) gCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCAc < 1:323151/139‑1 (MQ=255) cTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACg > 2:808595/1‑138 (MQ=255) tAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCa < 1:1088668/137‑1 (MQ=255) tAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCAt < 1:237830/138‑1 (MQ=255) aGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCAtt < 2:1143590/138‑1 (MQ=255) tttACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATtata < 1:143895/139‑1 (MQ=255) tACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATtatat < 1:365976/138‑1 (MQ=255) tACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATtatat < 2:1031676/138‑1 (MQ=255) aCTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATtatata > 1:1188148/1‑138 (MQ=255) ggATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATc > 1:397397/1‑101 (MQ=255) ggATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATc < 2:397397/101‑1 (MQ=255) ggATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCa > 1:796236/1‑127 (MQ=255) ggATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCa < 2:796236/127‑1 (MQ=255) gCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAg < 1:1162395/138‑1 (MQ=255) aaaaTCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGgctgct > 1:900728/1‑77 (MQ=255) aaaaTCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGgctgct < 2:900728/77‑1 (MQ=255) aaaaTCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCa > 2:1048146/1‑112 (MQ=255) aaaaTCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCa < 1:1048146/112‑1 (MQ=255) aTCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAgc < 1:808595/139‑1 (MQ=255) aaCGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCa < 1:686878/106‑1 (MQ=255) aaCGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCa > 2:686878/1‑106 (MQ=255) aaCGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCAtt > 2:456446/1‑108 (MQ=255) aaCGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCAtt < 1:456446/108‑1 (MQ=255) cTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGa < 1:409527/139‑1 (MQ=255) cACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGtt < 2:1161354/139‑1 (MQ=255) aCGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTc < 2:969259/139‑1 (MQ=255) tCGGCGGTGCGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTCTGGACtt > 1:633307/1‑139 (MQ=255) tCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAAt < 2:212345/56‑1 (MQ=255) tCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAAt > 1:212345/1‑56 (MQ=255) tCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCAc < 1:788500/65‑1 (MQ=255) tCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCAc > 2:788500/1‑65 (MQ=255) aGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCAc > 2:796009/1‑56 (MQ=255) aGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCAc < 1:796009/56‑1 (MQ=255) aGGCGTAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTCTGGCCTTTAGTCGTgg > 2:653/1‑139 (MQ=255) tAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAgc < 1:654068/84‑1 (MQ=255) tAGCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAgc > 2:654068/1‑84 (MQ=255) gCTTAATAAAGGCTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGACTTTGAGGGCGTATCTGCAACTAAAAACGTTCTGACCTTTCGTCGTGGGGATTCt > 2:560395/1‑139 (MQ=255) | CAATGGCATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTCTGGCCTTTAGTCGTGGGGATTCT > NZ_CP009273/2781473‑2781735 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |