Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 2,910,284 | A→G | K623K (AAA→AAG) | barA → | two‑component sensor histidine kinase BarA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 2,910,284 | 0 | A | G | 92.3% | 171.6 / 4.0 | 52 | K623K (AAA→AAG) | barA | two‑component sensor histidine kinase BarA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/3); new base G (27/21); total (28/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.24e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 |
GATGTTGTTAGGCATCGCGGTGACCTTCCGCGAGCCGCTAACAATGCAACATGAGCGATTAGCGAAAGCGGTATCGATGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAACTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGAAACCATTAACACCTACACGCCTGTTGCCTGCCCTGACGGAATTTTGTCATCACAAACAAAACACGCTTTTGCCTGTAACCGATGAAAGTAAGCTGGCAAT > NZ_CP009273/2910152‑2910418 | gatgTTGTTAGGCATCGCGGTGACCTTCCGCGAGCCGCTAACAATGCAACATGAGCGATTAGCGAAAGCGGTATCGATGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTcaag > 2:298424/1‑139 (MQ=255) gatgTTGTTAGGCATCGCGGTGACCTTCCGCGAGCCGCTAACAATGCAACATGAGCGATTAGCGAAAGCGGTATCGATGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTcaag < 2:1191492/139‑1 (MQ=255) atgTTGTTAGGCATCGCGGTGACCTTCCGCGAGCCGCTAACAATGCAACATGAGCGATTAGCGAAAGCGGTATCGATGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTcaag < 2:801292/138‑1 (MQ=255) tgttgtTAGGCATCGCGGTGACCTTCCGCGAGCCGCTAACAATGCAACATGAGCGATTAGCGAAAGCGGTATCGATGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTcaagc > 2:498190/1‑138 (MQ=255) ttgttAGGCATCGCGGTGACCTTCCGCGAGCCGCTAACAATGCAACATGAGCGATTAGCGAAAGCGGTATCGATGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTcaagc > 1:892574/1‑136 (MQ=255) gttAGGCATCGCGGTGACCTTCCGCGAGCCGCTAACAATGCAACATGAGCGATTAGCGAAAGCGGTATCGATGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGAt > 1:157312/1‑139 (MQ=255) gttAGGCATCGCGGTGACCTTCCGCGAGCCGCTAACAATGCAACATGAGCGATTAGCGAAAGCGGTATCGATGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAACTCAAGCAAGa < 1:13900/138‑1 (MQ=255) ttAGGCATCGCGGTGACCTTCCGCGAGCCGCTAACAATGCAACATGAGCGATTAGCGAAAGCGGTATCGATGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATg > 1:98040/1‑139 (MQ=255) ttAGGCATCGCGGTGACCTTCCGCGAGCCGCTAACAATGCAACATGAGCGATTAGCGAAAGCGGTATCGATGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATg > 1:599450/1‑139 (MQ=255) tAGGCATCGCGGTGACCTTCCGCGAGCCGCTAACAATGCAACATGAGCGATTAGCGAAAGCGGTATCGATGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATgg > 1:1102265/1‑139 (MQ=255) cgcgGTGACCTTCCGCGAGCCGCTAACAATGCAACATGAGCGATTAGCGAAAGCGGTATCGATGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAACTCAAGCAAGATGGTATCGgc > 2:160990/1‑139 (MQ=255) gcgGTGACCTTCCGCGAGCCGCTAACAATGCAACATGAGCGATTAGCGAAAGCGGTATCGATGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAACTCAAGCAAGATGGTATCGgcg < 1:243068/139‑1 (MQ=255) cgGTGACCTTCCGCGAGCCGCTAACAATGCAACATGAGCGATTAGCGAAAGCGGTATCGATGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATGGTATCGgcgc > 1:862385/1‑139 (MQ=255) tGACCTTCCGCGAGCCGCTAACAATGCAACATGAGCGATTAGCGAAAGCGGTATCGATGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCgtg < 2:98040/139‑1 (MQ=255) gACCTTCCGCGAGCCGCTAACAATGCAACATGAGCGATTAGCGAAAGCGGTATCGATGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCgtgt > 1:799886/1‑139 (MQ=255) aCCTTCCGCGAGCCGCTAACAATGCAACATGAGCGATTAGCGAAAGCGGTATCGATGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCgtgt < 1:836944/138‑1 (MQ=255) gcgAGCCGCTAACAATGCAACATGAGCGATTAGCGAAAGCGGTATCGATGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGaa < 1:256598/139‑1 (MQ=255) cgAGCCGCTAACAATGCAACATGAGCGATTAGCGAAAGCGGTATCGATGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGaaa < 1:1119785/139‑1 (MQ=255) ccGCTAACAATGCAACATGAGCGATTAGCGAAAGCGGTATCGATGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGAAACCAt > 1:959011/1‑139 (MQ=255) cTAACAATGCAACATGAGCGATTAGCGAAAGCGGTATCGATGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGAAACCATTaa < 2:599450/139‑1 (MQ=255) aCAATGCAACATGAGCGATTAGCGAAAGCGGTATCGATGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGAAACCATTAac < 1:1132208/137‑1 (MQ=255) aCAATGCAACATGAGCGATTAGCGAAAGCGGTATCGATGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGAAACCATTAac < 2:1191518/137‑1 (MQ=255) cAACATGAGCGATTAGCGAAAGCGGTATCGATGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGAAACCATTAACACCTaca < 2:194755/138‑1 (MQ=255) cATGAGCGATTAGCGAAAGCGGTATCGATGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGAAACCATTAACACCTACACGcc > 2:951213/1‑139 (MQ=255) aTGAGCGATTAGCGAAAGCGGTATCGATGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGAAACCATTAACACCTACACGCCt < 1:1205407/139‑1 (MQ=255) aTGAGCGATTAGCGAAAGCGGTATCGATGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGAAACCATTAACACCTACACGCCt < 1:298424/139‑1 (MQ=255) aTGAGCGATTAGCGAAAGCGGTATCGATGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAACTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGAAACCATTAACACCTACACGCCt < 1:154403/139‑1 (MQ=255) aGCGATTAGCGAAAGCGGTAACGATGACCGATTTCCTGATGCTCGCACTTCCTTGCCATGCCCAAGTCAATGCTGCAAAGCTCAGGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGAAACCATTAACACCTACACGCCTGtt > 2:1056235/1‑139 (MQ=255) gCGATTAGCGAAAGCGGTATCGATGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGAAACCATTAACACCTACACGCCTGTtg > 2:546967/1‑139 (MQ=255) gCGATTAGCGAAAACGGTATCGATGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGAAACCATTAACACCTACACGCCTGTtg > 2:75876/1‑139 (MQ=255) aTTAGCGAAAGCGGTATCGATGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGAAACCATTAACACCTACACGCCTGTtgcct > 1:805795/1‑139 (MQ=255) tAGCGAAAGCGGTATCGATGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGAAACCATTAACACCTACACGCCTGTtgcctgc > 1:909231/1‑139 (MQ=255) gATGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGAAACCATTAACACCTACACGCCTGTTGCCTGCCCTGACGGAATTTTg < 1:75876/138‑1 (MQ=255) aTGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGAAACCATTAACACCTACACGCCTGTTGCCTGCCCTGACGGAATTTTGt > 2:782414/1‑138 (MQ=255) cGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGAAACCATTAACACCTACACGCCTGTTGCCTGCCCTGACGGAATTTTGtcatca > 2:1116865/1‑138 (MQ=255) cGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGAAACCATTAACACCTACACGCCTGTTGCCTGCCCTGACGGAATTTTGtcatca > 2:96226/1‑138 (MQ=255) aTTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGAAACCATTAACACCTACACGCCTGTTGCCTGCCCTGACGGAATTTTGTCATCacaa < 2:799886/139‑1 (MQ=255) aTGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGAAACCATTAACACCTa > 2:957922/1‑91 (MQ=255) aTGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGAAACCATTAACACCTa < 1:750715/91‑1 (MQ=255) aTGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGAAACCATTAACACCTa < 1:957922/91‑1 (MQ=255) aTGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGAAACCATTAACACCTa > 2:750715/1‑91 (MQ=255) gCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGAAACCATTAACACCTACACGCCTGTTGCCTGCCCTGACGGAATTTTGTCATCACAAACAAAACACGCttt < 1:223822/139‑1 (MQ=255) gCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGAAACCATTAACACCTACACGCCTGTTGCCTGCCCTGACGGAATTTTGTCATCACAAACAAAACACGCttt > 1:328176/1‑139 (MQ=255) gCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGAAACCATTAACACCTACACGCCTGTTGCCTGCCCTGACGGAATTTTGTCATCACAAACAAAACACGCtt < 2:959011/138‑1 (MQ=255) gCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGAAACCATTAACACCTACACGCCTGTTGCCTGCCCTGACGGAATTTTGTCATCACAAACAAAACACGCtt < 2:31763/138‑1 (MQ=255) tGCACAAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGAAACCATTAACACCTACACGCCTGTTGCCTGCCCTGACGGAATTTTGTCATCACAAACAAAACACGCTTTTGCCTGTAACCGAt > 2:798583/1‑139 (MQ=255) cacaAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGa > 2:51390/1‑54 (MQ=255) cacaAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGa < 1:51390/54‑1 (MQ=255) cacaAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGAAACCATTAACACCTACACGCCTGTTGCCTGCCCTGACGGAATTTTGTCATCACAAACAAAACACGCTTTTGCCTGTAACCGATg > 1:781712/1‑138 (MQ=255) cacaAGTCAATGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATGGTATCGGCCCGTGTCTGCTGAAACCATTAACACCTACACGCCTGTTGCCTGCCCTGACGGAATTTTGTCATCACAAACAAAACCAGCTTTTGCCTGTAACCGATg > 2:381138/1‑138 (MQ=255) aaTGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGa > 1:1282102/1‑46 (MQ=255) aaTGCTGAAAAGCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGa < 2:1282102/46‑1 (MQ=255) aaaagCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGAAACCATTAACACCTACACGCCTGTTGCCTGCCCTGACGGAATTTTGTCATCACAAACAAAACACGCtt > 2:70398/1‑107 (MQ=255) aaaagCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGAAACCATTAACACCTACACGCCTGTTGCCTGCCCTGACGGAATTTTGTCATCACAAACAAAACACGCtt < 1:70398/107‑1 (MQ=255) aaaagCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGAAACCATTAACACCTACACGCCTGTTGCCTGCCCTGACGGAATTTTGTCATCACAAACAAAACACGCTTTTGCCTGTAACCGATGAAAGTAAGCTGGCAAt > 2:1048038/1‑139 (MQ=255) aaaagCTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGAAACCATTAACACCTACACGCCTGTTGCCTGCCCTGACGGAATTTTGTCATCACAAACAAAACACGCTTTTGCCTGTAACCGATGAAAGTAAGCTGGCAAt > 1:66746/1‑139 (MQ=255) | GATGTTGTTAGGCATCGCGGTGACCTTCCGCGAGCCGCTAACAATGCAACATGAGCGATTAGCGAAAGCGGTATCGATGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAACTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGAAACCATTAACACCTACACGCCTGTTGCCTGCCCTGACGGAATTTTGTCATCACAAACAAAACACGCTTTTGCCTGTAACCGATGAAAGTAAGCTGGCAAT > NZ_CP009273/2910152‑2910418 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |