| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 2,923,200 | A→G | D89G (GAT→GGT) | sdaB → | L‑serine ammonia‑lyase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 2,923,200 | 0 | A | G | 92.9% | 228.1 / 7.0 | 70 | D89G (GAT→GGT) | sdaB | L‑serine ammonia‑lyase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/2); new base G (36/29); total (39/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.47e-01 | |||||||||||
CGTGGTGGTTGACGTGTACGGCTCGCTCTCTCTGACCGGTAAAGGCCACCACACTGATATCGCCATTATTATGGGCCTGGCGGGTAACCTGCCGGATACCGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGATGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGTTCCCGGTTGATCAGTGCATGAACTTCCACGCCGACAACCTTTCTCTGCATGAAAACGGTATGCGCATTACCGCGCTGGCG > NZ_CP009273/2923066‑2923333 | cgTGGTGGTTGACGTGTACGGCTCGCTCTCTCTGACCGGTAAAGGCCACCACACTGATATCGCCATTATTATGGGCCTGGCGGGTAACCTGCCGGATACCGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGgtgt > 1:613231/1‑138 (MQ=255) gtggtgGTTGGCGTGTACGGCTCGCTCTCTCTGACCGGTAAAGGCCACCACACTGATATCGCCATTATTATGGGCCTTGCGGGTAACCTGCCGGATACCGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGa < 2:480642/139‑1 (MQ=255) tggtTGACGTGTACGGCTCGCTCTCTCTGACCGGTAAAGGCCACCACACTGATATCGCCATTATTATGGGCCTGGCGGGTAACCTGCCGGATACCGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATAc < 1:1159109/139‑1 (MQ=255) gtTGACGTGTACGGCTCGCTCTCTCTGACCGGTAAAGGCCACCACACTGATATCGCCATTATTATGGGCCTGGCGGGTAACCTGCCGGATACCGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACt > 2:1284748/1‑138 (MQ=255) gACGTGTACGGCTCGCTCTCTCTGACCGGTAAAGGCCACCACACTGATATCGCCATTATTATGGGCCTGGCGGGTAACCTGCCGGATACCGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGATGTGAATACTCATg > 1:78919/1‑139 (MQ=255) aCGGGTACGGCTCGCTCTCTCTGACCGGTAAAGGCCACCACACTGATATCGCCATTATTATGGGCCTGGCGGGTAACCTGCCGGATACCGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATg < 1:867757/138‑1 (MQ=255) cGGCTCGCTCTCTCTGACCGGTAAAGGCCACCACACTGATATCGCCATTATTATGGGCCTGGCGGGTAACCTGCCGGATACCGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCt > 2:872162/1‑138 (MQ=255) cGGCTCGCTCTCTCTGACCGGTAAAGGCCACCACACTGATATCGCCATTATTATGGGCCTGGCGGGTAACCTGCCGGATACCGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTg < 1:872162/139‑1 (MQ=255) ctcgctcTCTCTGACCGGTAAAGGCCACCACACTGATATCGCCATTATTATGGGCCTGGCGGGGAACCTGCCGGATACCGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATg > 2:31727/1‑139 (MQ=255) tcgctcTCTCTGACCGGTAAAGGCCACCACACTGATATCGCCATTATTATGGGCCTGGCGGGTAACCTGCCGGATACCGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGc > 2:517170/1‑139 (MQ=255) tctctctGACCGGTAAAGGCCACCACACTGATATCGCCCTTATTATGGGCCTGGCGGGTAACCTGCCGGATACCGTGGCTATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCCGGATGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTgg > 2:887270/1‑138 (MQ=255) tGACCGGTAAAGGCCACCACACTGATATCGCCATTATTATGGGCCTGGCGGGTAACCTGCCGGATACCGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCaaa < 1:981175/136‑1 (MQ=255) aCCGGTAAAGGCCACCACACTGATATCGCCATTATTATGGGCCTGGCGGGTAACCTGCCGGATACCGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACgg < 2:694670/137‑1 (MQ=255) gTAAAGGCCACCACACTGATATCGCCATTATTATGGGCCTGGCGGGTAACCTGCCGGATACCGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCa > 2:487177/1‑139 (MQ=255) tAAAGGCCACCACACTGATATCGCCATTATTATGGGCCTGGCGGGTAACCTGCCGGAAACCGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGGGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTTGCCTACGGTCAGCAt > 2:271685/1‑139 (MQ=38) aaaGGCCACCACACTGATATCGCCATTATTATGGGCCTGGCGGGTAACCTGCCGGATACCGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCAt > 2:986420/1‑138 (MQ=255) 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gCCATTATTATGGGCCTGGCGGGTAACCTGCCGGATACCGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGTTCCCGGTTGATc < 1:442087/139‑1 (MQ=255) gCCATTATTATGGGCCTGGCGGGTAACCTGCCGGATACCGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGTTCCCGGTTGATc < 1:1272429/139‑1 (MQ=255) gCCATTATTATGGGCCTGGCGGGTAACCTGCCGGATACCGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGATGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGTTCCCGGTTGATc < 2:78919/139‑1 (MQ=255) attattATGGGCCTGGCGGGTAACCTGCCGGATACCGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGTTCCCGGTTGATCAGt > 1:960414/1‑139 (MQ=255) tattatGGGCCTGGCGGGTAACCTGCCGGATACCGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGTTCCCGGTTGATCAGTg > 2:566504/1‑138 (MQ=255) ggCCTGGCGGGTAACCTGCCGGATACCGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGTTCCCGGTTGATCAGTGCATGAACt > 2:78892/1‑139 (MQ=255) ggCCTGGCGGGTAACCTGCCGGATACCGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGTTCCCGGTTGATCAGTGCATGAACt > 1:885626/1‑139 (MQ=255) ccTGGCGGGTAACCTGCCGGATACCGTGGATATCGCTTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGGGTGAATACTCATGGTCGCCTGAGGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGTTCCCGGTTGCTCCGTGCATGAACTTc > 2:709708/1‑139 (MQ=255) ccTGGCGGGTAACCTGCCGGATACCGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGTTCCCGGTTGATCAGTGCATGAACTTc > 1:720530/1‑139 (MQ=255) cTGGCGGGTAACCTGCCGGATACCGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGTTCCCGGTTGATc > 1:468782/1‑124 (MQ=255) cTGGCGGGTAACCTGCCGGATACCGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGTTCCCGGTTGATc < 2:468782/124‑1 (MQ=255) tGGCGGGTAACCTGCCGGATACCGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGa > 1:787684/1‑63 (MQ=255) tGGCGGGTAACCTGCCGGATACCGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGa < 2:787684/63‑1 (MQ=255) ggCGGGTAACCTGCCGGATACCGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGTTCCCGGTTGATCAGTGCATGAACTTCCAc > 1:1188353/1‑139 (MQ=255) ggCGGGTAACCTGCCGGATACCGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGTTCCCGGTTGATCAGTGCATGAACTTCCAc > 1:500931/1‑139 (MQ=255) gTAACCTGCCGGATACCGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGATGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGTTCCCGGTTGATCAGTGCATGAACTTCCACGCCGa < 1:1155757/139‑1 (MQ=255) tAACCTGCCGGATACCGTGGATATCGATTCCATCCCCCGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGTTCCCGGTTGATCAGTGCATGAACTTCCACGCCGa > 2:1249832/1‑138 (MQ=255) ccGGATACCGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGtt > 2:936944/1‑98 (MQ=255) ccGGATACCGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGtt < 1:936944/98‑1 (MQ=255) ccGGATACCGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGTTCCCGGTTGATCAGTGCATGAACTTCCACGCCGACAACCttt > 2:324575/1‑139 (MQ=255) gATACCGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGcc > 1:1283318/1‑61 (MQ=255) gATACCGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGcc < 2:1283318/61‑1 (MQ=255) gATACCGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGTTCCCGGTTGATCAGTGCATGAACTTCCACGCCGACAACCTTtctc < 2:601557/139‑1 (MQ=255) cGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGTTCCCGGTTGATCAGt > 2:309745/1‑104 (MQ=255) cGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGTTCCCGGTTGATCAGt < 1:309745/104‑1 (MQ=255) tGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGTTCCCGGTTGATCAGTGCATGAACTTCCACGCCGa < 2:344072/121‑1 (MQ=255) tGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGTTCCCGGTTGATCAGTGCATGAACTTCCACGCCGa > 1:344072/1‑121 (MQ=255) tGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGTTCCCGGTTGATCAGTGCATGAACTTCCACGCCGACAACCTTTCTCTGCATg > 2:1160038/1‑138 (MQ=255) tGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGTTCCCGGTTGATCAGTGCATGAACTTCCACGCCGACAACCTTTCTCTGCATg > 2:1138874/1‑138 (MQ=255) tGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGTTCCCGGTTGATCAGTGCATGAACTTCCACGCCGACAACCTTTCTCTGCATg > 1:644922/1‑138 (MQ=255) gATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGTTCCCGGTTGATCAGTGCATGAACTTCCACGCCGACAACCTTTCTCTGCATGaaa < 1:487177/139‑1 (MQ=255) tatCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGTTCCCGGTTGATCAGTGCATGAACTTCCACGCCGACa < 1:1041706/119‑1 (MQ=255) tatCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGTTCCCGGTTGATCAGTGCATGAACTTCCACGCCGACa > 2:1041706/1‑119 (MQ=255) atCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGTTCCCGGTTGATCAGTGCATGAACTTCCACGCCGACAACCTTTCTCTGCATGAAAACg > 2:470524/1‑139 (MQ=255) gATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGTTCCCGGTTGATCAGTGCATGAACTTCCACGCCGACAACCTTTCTCTGCATGAAAACGGt < 2:644922/138‑1 (MQ=255) gATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGTTCCCGGTTGATCAGTGCATGAACTTCCACGCCGACAACCTTTCTCTGCATGAAAACGGt < 2:500931/138‑1 (MQ=255) gATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGTTCCCGGTTGATCAGTGCATGAACTTCCACGCCGACAACCTTTCTCTGCATGAAAACGGt < 1:210765/138‑1 (MQ=255) gATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGTTCCCGGTTGATCAGTGCATGAACTTCCACGCCGACAACCTTTCTCTGCATGAAAACGGt < 2:960414/138‑1 (MQ=255) gATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGTTCCCGGTTGATCAGTGCATGAACTTCCACGCCGACAACCTTTCTCTGCATGAAAACGGTa > 2:268474/1‑139 (MQ=255) cATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGTTCCCGGTTGATCAGTGCATGAACTTCCACGCCGACAACCTTTCTCTGCATGAAAACGGTATgcg < 2:847412/138‑1 (MQ=255) cATCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGTTCCCGGTTGATCAGTGCATGAACTTCCACGCCGACAACCTTTCTCTGCATGAAAACGGTATgcg > 1:211057/1‑138 (MQ=255) tCCCCAGTTTTATTCAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGTTCCCGGTTGATCAGTGCATGAACTTCCACGCCGACAACCTTTCTCTGCATGAAAACGGTATGCGCAt > 2:438055/1‑139 (MQ=255) cAGGGTGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGTTCCCGGTTGATCAGTGCATGAACTTCCACGCCGACAACCTTTCTCTGCATGAAAACGGTATGCGCATTACCGCGCTggcg < 1:324575/138‑1 (MQ=255) | CGTGGTGGTTGACGTGTACGGCTCGCTCTCTCTGACCGGTAAAGGCCACCACACTGATATCGCCATTATTATGGGCCTGGCGGGTAACCTGCCGGATACCGTGGATATCGATTCCATCCCCAGTTTTATTCAGGATGTGAATACTCATGGTCGCCTGATGCTGGCAAACGGTCAGCATGAAGTGGAGTTCCCGGTTGATCAGTGCATGAACTTCCACGCCGACAACCTTTCTCTGCATGAAAACGGTATGCGCATTACCGCGCTGGCG > NZ_CP009273/2923066‑2923333 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |