Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 3,297,285 | G→T | G160V (GGC→GTC) | yhbW → | luciferase‑like monooxygenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 3,297,285 | 0 | G | T | 91.4% | 190.2 / 7.7 | 59 | G160V (GGC→GTC) | yhbW | luciferase‑like monooxygenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/2); new base T (28/25); total (32/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.63e-01 |
GGTAGTGACCAACGGACAATGATGGCGCTACGTCGTCATATGAGCGGCGATATTGATAATTTCCCCCGCGATGTGGCGGAGCTGGTGGACTGGTTTGACGCCCGCGATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGGCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTCCAGCCTTTACAGCGCGCAACTGGCGGCGCAGCTTGGTCTGCCGTTTGCGTTTGCCTCACACTTCGCGCCGGATATGCTGTTCCAGGCGCTGC > NZ_CP009273/3297149‑3297413 | ggTAGTGACCAACGGACAATGATGGCGCTACGTCGTCATATGAGCGGCGATATTGATAATTTCCCCCGCGATGTGGCGGAGCTGGTGGACTGGTTTGACGCCCGCGATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGCCt > 2:591016/1‑139 (MQ=255) tGACCAACGGACAATGATGGCGCTACGTCGTCATATGAGCGGCGATATTGATAATTTCCCCCGCGATGTGGCGGAGCTGGTGGACTGGTTTGACGCCCGCGATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGc > 2:1042969/1‑139 (MQ=255) tGACCAACGGACAATGATGGCGCTACGTCGTCATATGAGCGGCGATATTGATAATTTCCCCCGCGATGTGGCGGAGCTGGTGGACTGGTTTGACGCCCGCGATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGc < 2:529693/139‑1 (MQ=255) tGACCAACGGACAATGATGGCGCTACGTCGTCATATGAGCGGCGATATTGATAATTTCCCCCGCGATGTGGCGGAGCTGGTGGACTGGTTTGACGCCCGCGATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGc > 1:1126739/1‑139 (MQ=255) aCCAACGGACAATGATGGCGCTACGTCGTCATATGAGCGGCGATATTGATAATTTCCCCCGCGATGTGGCGGAGCTGGTGGACTGGTTTGACGCCCGCGATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGc > 1:1085756/1‑137 (MQ=255) aaCGGACAATGATGGCGCCACGGCGTCATATGAGCGGCGATATTGATAATTGCCCCCGCGATGTGGCGGAGCTGGTGGACTGGTTTGACGCCCGCGATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGCGAGaa < 2:529462/139‑1 (MQ=255) gACAATGATGGCGCTACGTCGTCATATGAGCGGCGATATTGATAATTTCCCCCGCGATGTGGCGGAGCTGGTGGACTGGTTTGACGCCCGCGATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGGCTATGGCGAGAAAATc > 1:476559/1‑139 (MQ=255) cgcTACGTCGTCATATGAGCGGCGATATTGATAATTTCCCCCGCGATGTGGCGGAGCTGGTGGACTGGTTTGACGCCCGCGATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGgtt > 1:276723/1‑139 (MQ=255) cgcTACGTCGTCATATGAGCGGCGATATTGATAATTTCCCCCGCGATGTGGCGGAGCGGGTGGACTGGTTTGACACCCGCGATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGGACCAGTCTCTGGCGAGAAAATCCCCCGGTgggt > 2:1249676/1‑137 (MQ=255) cTACGTCGTCATATGAGCGGCGATATTGATAATTTCCCCCGCGATGTGGCGGAGCTGGTGGACTGGTTTGACGCCCGCGATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGgttgt > 2:1049180/1‑139 (MQ=255) cgtcgtCATATGAGCGGCGATATTGATAATTTCCCCCGCGATGTGGCGGAGCTGGTGGACTGGTTTGACGCCCGCGATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAg > 2:805691/1‑139 (MQ=255) gtcATATGAGCGGCGATATTGATAATTTCCCCCGCGATGTGGCGGAGCTGGTGGACTGGTTTGACGCCCGCGATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCt < 2:1126739/138‑1 (MQ=255) gtcATATGAGCGGCGATATTGATAATTT‑CCCCGCGATGTGGCGGAGCTGGTGGACTGGTTTGACGCCCGCGATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTcc < 1:1157741/139‑1 (MQ=255) tcATATGAGCGGCGATATTGATAATTTCCCCCGCGATGTGGCGGAGCTGGTGGACTGGTTTGACGCCCGCGATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTcc < 1:202345/139‑1 (MQ=255) tcATATGAGCGGCGATATTGATAATTTCCCCCGCGATGTGGCGGAGCTGGTGGACTGGTTTGACGCCCGCGATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTcc < 2:276723/139‑1 (MQ=255) tcATATGAGCGGCGATATTGATAATTTCCCCCGCGATGTGGCGGAGCTGGTGGACTGGTTTGACGCCCGCGATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTcc < 1:746382/139‑1 (MQ=255) tcATATGAGCGGCGATATTGATAATTTCCCCCGCGATGTGGCGGAGCTGGTGGACTGGTTTGACGCCCGCGATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTcc < 1:1042969/139‑1 (MQ=255) aGCGGCGATATTGATAATTTCCCCCGCGATGTGGCGGAGCTGGTGGACTGGTTTGACGCCCGCGATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCt < 1:226260/130‑1 (MQ=255) aGCGGCGATATTGATAATTTCCCCCGCGATGTGGCGGAGCTGGTGGACTGGTTTGACGCCCGCGATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCt > 2:226260/1‑130 (MQ=255) gcgATATTGATAATTTCCCCCGCGATGTGGCGGAGCTGGTGGACTGGTTTGACGCCCGCGATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGGACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTTCAGCCTTTACat > 2:88225/1‑138 (MQ=255) gATATTGATAATTTCCCCCGCGATGTGGCGGAGCTGGTGGACTGGTTTGACGCCCGCGATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTCCAGCCTTTACAgcg < 2:1085756/139‑1 (MQ=255) tCCCCCGCGATGTGGCGGAGCTGGTGGACTGGTTTGACGCCCGCGATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTcc > 1:106010/1‑113 (MQ=255) tCCCCCGCGATGTGGCGGAGCTGGTGGACTGGTTTGACGCCCGCGATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTcc < 2:106010/113‑1 (MQ=255) cgcgATGTGGCGGAGCTGGTGGACTGGTTTGACGCCCGCGATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTCCAGCCTTTACAGCGCGCAACTGGCGGCGCAGc < 1:322688/139‑1 (MQ=255) tgGCGGAGCTGGTGGACTGGTTTGACGCCCGCGATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTCCAGCCTTTACAGCGCGCAACTGGCGGCGCAGCTTGGTCt > 1:1203185/1‑139 (MQ=255) cTGGTGGACTGGTTTGACGCCCGCGATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTCCAGCCTTTACAGCGCGCAACTGGCGGCGCAGCTTGGTCTGCcgtttg > 1:348586/1‑139 (MQ=255) ggtggACTGGTTTGACGCCCGCGATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTCCAGCCTTTACAGCGCGCAACTGGCGGCGCAGCTTGGTCTGCcgtttgcg > 2:309392/1‑139 (MQ=255) ggtggACTGGTTTGACGCCCGCGATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTCCAGCCTTTACAGCGCGCAACTGGCGGCGCAGCTTGGTCTGCcgtttgcg > 2:801882/1‑139 (MQ=255) gtggACTGGTTTGACGCCCGCGATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGGCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTCCAGCCTTTACAGCGCGCAACTGGCGGCGCAGCTTGGTCTGCcgtttgcgt < 2:476559/139‑1 (MQ=255) cTGGTTTGACGCCCGCGATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTCCAGCCTTTACAGCGCGCAACTGGCGGCGCAGCTTGGTCTGCCGTTTGCGTTTGcc > 2:102938/1‑139 (MQ=255) aCGCCCGCGATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTCCAGCCTTTACAGCGCGCAACTGGCGGCGCAGCTTGGTCTGCCGTTTGCGTTTGCCTCACACt < 1:1210453/138‑1 (MQ=255) cccGCGATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTCCAGCCTTTACAGCGCGCAACTGGCGGCGCAGCTTGGTCTGCCGTTTGCGTTTGCCTCACACTTcgc < 1:104035/139‑1 (MQ=255) cgcgATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTcc < 1:1020396/72‑1 (MQ=255) cgcgATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTcc > 2:1020396/1‑72 (MQ=255) cgcgATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTCCAGCCTTTACAGCGCGCAACTGGCGGCGCAGCTTGGTCTGCCGTTTGCGTTTGCCTCACACTTCgcgc < 1:102938/139‑1 (MQ=255) gATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTCCAGCCTTTACAGCGCGCAACTGGCGGCGCAGCTTGGTCTGCCGTTTGCGTTTGCCTCACACTTCGCGCCgg < 1:501914/139‑1 (MQ=255) gATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTCCAGCCTTTACAGCGCGCAACTGGCGGCGCAGCTTGGTCTGCCGTTTGCGTTTGCCTCACACTTCGCGCCgg < 1:1245055/139‑1 (MQ=255) gATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGGCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTCCAGCCTTTACAGCGCGCAACTGGCGGCGCAGCTTGGTCTGCCGTTTGCGTTTGCCTCACACTTCGCGCCgg < 1:590135/139‑1 (MQ=255) cAATCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTCCAGCCTTTACAGCGCGCAACTGGCGGCGCAGCTTGGTCTGCCGTTTGCGTTTGCCTCACACTTCGCGCCGGATATg < 2:1022920/139‑1 (MQ=255) aaTCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTcc < 2:322792/63‑1 (MQ=255) aaTCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTcc > 1:322792/1‑63 (MQ=255) tCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTCCAGCCTTTACAGCGCGCAACTGGCGGCGCAGCTTGGTCTGCCGTTTGCGTTTGCCTCACACTTCGCGCCGGATATGCTg > 1:631656/1‑139 (MQ=255) cATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTCCAGCCTTTACAGCGCGCAACTGGCGGCGCAGCTTGGTCTGCCGTTTGCGTTTGCCTCACACTTCGCGCCGGATATg > 2:814014/1‑132 (MQ=255) cATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTCCAGCCTTTACAGCGCGCAACTGGCGGCGCAGCTTGGTCTGCCGTTTGCGTTTGCCTCACACTTCGCGCCGGATATg < 1:814014/132‑1 (MQ=255) cATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTCCAGCCTTTACAGCGCGCAACTGGCGGCGCAGCTTGGTCTGCCGTTTGCGTTTGCCTCACACTTCGCGCCGGATATGCTGTTc > 2:1061578/1‑138 (MQ=255) cATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTCCAGCCTTTACAGCGCGCAACTGGCGGCGCAGCTTGGTCTGCCGTTTGCGTTTGCCTCACACTTCGCGCCGGATATGCTGTTc > 2:424413/1‑138 (MQ=255) cATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTCCAGCCTTTACAGCGCGCAACTGGCGGCGCAGCTTGGTCTGCCGTTTGCGTTTGCCTCACACTTCGCGCCGGATATGCTGTTc > 1:529384/1‑138 (MQ=255) cATGTGCGCCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTCCAGCCTTTACAGCGCGCAACTGGCGGCGCAGCTTGGTCTGCCGTTTGCGTTTGCCTCACACTTCGCGCCGGATATGCTGTTc > 1:28740/1‑138 (MQ=255) cATGTGCGCCCGGTACCAGGCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTCCAGCCTTTACAGCGCGCAACTGGCGGCGCAGCTTGGTCTGCCGTTTGCGTTTGCCTCACACTTCGCGCCGGATATGCTGTTc > 1:966225/1‑138 (MQ=255) aTGTGCGCCCGGTACCAGGCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTCCAGCCTTTACAGCGCGCAACTGGCGGCGCAGCTTGGTCTGCCGTTTGCGTTTGCCTCACACTTCGCGCCGGATATGCTGTTc > 2:1271645/1‑137 (MQ=255) cgcCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTCCAg < 2:237475/53‑1 (MQ=255) cgcCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTCCAg > 1:237475/1‑53 (MQ=255) cgcCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTCCAGCCTTTACAGCGCGCAACTGGCGGCGCAGCTTGGTCTGCCGTTTGCGTTTGCCTCACACTTCGCGCCGGATATGCTGTTCCAGgcgc > 1:225067/1‑139 (MQ=255) cgcCCGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTCCAGCCTTTACAGCGCGCAACTGGCGGCGCAGCTTGGTCTGCCGTTTGCGTTTGCCTCACACTTCGCGCCGGATATGCTGTTCCAGgcg < 1:955101/138‑1 (MQ=255) cccGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTCCAGCCTTTACAGCGCGCAACTGGCGGCGCAGCTTGGTCTGCCGTTTGCGTTTGCCTCACACTTCGCGCCGGATATGCTGTTCCAGGCGCTg > 1:465191/1‑139 (MQ=255) cccGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTCCAGCCTTTACAGCGCGCAACTGGCGGCGCAGCTTGGTCTGCCGTTTGCGTTTGCCTCACACTTCGCGCCGGATATGCTGTTCCAGGCGCTg > 1:1290983/1‑139 (MQ=255) ccGGTACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTCCAGCCTTTACAGCGCGCAACTGGCGGCGCAGCTTGGTCTGCCGTTTGCGTTTGCCTCACACTTCGCGCCGGATATGCTGTTCCAGGCGCTGc < 2:1203185/139‑1 (MQ=255) tACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTCCAGCCTTTACAGCGCGCAACTGGCGGCGCAGCTTGGTCTGCcgtttgcgt < 2:1023122/93‑1 (MQ=255) tACCAGTCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTCCAGCCTTTACAGCGCGCAACTGGCGGCGCAGCTTGGTCTGCcgtttgcgt > 1:1023122/1‑93 (MQ=255) | GGTAGTGACCAACGGACAATGATGGCGCTACGTCGTCATATGAGCGGCGATATTGATAATTTCCCCCGCGATGTGGCGGAGCTGGTGGACTGGTTTGACGCCCGCGATCCCAATCCGCATGTGCGCCCGGTACCAGGCTATGGCGAGAAAATCCCCGTGTGGTTGTTAGGCTCCAGCCTTTACAGCGCGCAACTGGCGGCGCAGCTTGGTCTGCCGTTTGCGTTTGCCTCACACTTCGCGCCGGATATGCTGTTCCAGGCGCTGC > NZ_CP009273/3297149‑3297413 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |