Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 3,353,444 | C→A | G296G (GGC→GGA) | gltD → | glutamate synthase subunit GltD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 3,353,444 | 0 | C | A | 88.4% | 136.2 / 6.1 | 43 | G296G (GGC→GGA) | gltD | glutamate synthase subunit GltD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/3); new base A (18/20); total (20/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ACGAAGACGCCGATGGCGTGTACGCAGCGCTGCCGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTCCGTGCGCCAGGGAGCGAAGCACGTTACCTGTGCCTATCGTCGTGATGAAGAGAACATGCCGGGTTCCCGCCGCGAAGTGAAAAACGCGCGGGAAGAAGGCG > NZ_CP009273/3353308‑3353574 | aCGAAGACGCCGATGGCGTGTACGCAGCGCTGCCGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGgaga < 2:208585/139‑1 (MQ=255) aCGAAGACGCCGATGGCGTGTACGCAGCGCTGCCGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCACGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGgaga < 1:417226/139‑1 (MQ=255) cGAAGACGCCGATGGCGTGTACGCAGCGCTGCCGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGgaga > 2:690981/1‑138 (MQ=255) cGAAGACGCCGATGGCGTGTACGCAGCGCTGCCGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGGCCTTGGCGGTTGCGac > 2:541931/1‑139 (MQ=255) gAAGACGCCGATGGCGTGTACGCAGCGCTGCCGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGAGaca < 2:901124/139‑1 (MQ=255) gAAGACGCCGATGGCGTGTACGCAGCGCTGCCGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGAGaca < 2:1062785/139‑1 (MQ=255) gAAGACGCCGATGGCGTGTACGCAGCGCTGCCGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGAGaca < 2:329140/139‑1 (MQ=255) gAAGACGCCGATGGCGTGTACGCAGCGCTGCCGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGAGaca < 2:570900/139‑1 (MQ=255) gAAGACGCCGATGGCGTGTACGCAGCGCTGCCGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGAGaca < 1:544329/139‑1 (MQ=255) cGTGTACGCAGCGCTGCCGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACtgc < 1:1267355/139‑1 (MQ=255) 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cTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGAGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTCCGTGCGCCAgg < 2:728736/139‑1 (MQ=255) aTCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGAGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTCCGTGCGCCAGGGAg < 2:815780/139‑1 (MQ=255) tCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTCCGTGCGCCAGGGAGc > 2:426142/1‑139 (MQ=255) aaaCAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGAGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTCCGTGCGCCAGGGAGCGAAGCACGTTa > 2:151172/1‑139 (MQ=255) aaCAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGAGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTCCGTGCGCCAGGGAGCGAAGCACGTTAc > 2:1110343/1‑139 (MQ=255) cAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTCCGTGCGCCAGGGAGCGAAGCACGTTACCt < 1:426142/139‑1 (MQ=255) cAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGAGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTCCGTGCGCCAGGGAGCGAAGCACGTTACCt < 2:619019/139‑1 (MQ=255) ttAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGAGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTcc > 1:865523/1‑108 (MQ=255) ttAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGAGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTcc < 2:865523/108‑1 (MQ=255) ttAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGAGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTCCGTGCGCCAGGGAGCGAAGCACGTTACCtgtg > 1:775626/1‑139 (MQ=255) tAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGAGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTCCGTGCGCCAGGGAGCGAAGCACGTTACCTGTGc > 2:107811/1‑139 (MQ=255) cTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGAGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTCCGt > 1:594163/1‑102 (MQ=255) cTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGAGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTCCGt < 2:594163/102‑1 (MQ=255) ttGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGAGACACTGCGa < 2:752336/78‑1 (MQ=255) ttGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGAGACACTGCGa > 1:752336/1‑78 (MQ=255) ttGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGAGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTCCGTGCGCCAGGGAGCGAAGCACGTTAcc > 2:1231597/1‑125 (MQ=255) ttGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGAGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTCCGTGCGCCAGGGAGCGAAGCACGTTAcc < 1:1231597/125‑1 (MQ=255) ttGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGAGACACTGCGATGGAC‑‑‑‑TGCGTACGTCCGTGCGCCAGGGAGCGAAGCACGTTACCTGTGCCTATCGTCGtgat > 2:170990/1‑139 (MQ=255) tGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGAGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTCCGTGCGCCAGGGAGCGAAGCACGTTACCTGTGCCTAtcgtc < 1:1110343/137‑1 (MQ=255) cgcgACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGAGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTcc > 2:119282/1‑87 (MQ=255) cgcgACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGAGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTcc < 1:119282/87‑1 (MQ=255) cgcgACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGAGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTCCGTGCGCCAGGGAGCGAAGCACGTTACCTGTGCCTATCGTCGTGATGAagag > 1:54897/1‑138 (MQ=255) gcgACGAACCGTCCGCCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTCCGTGCGCCAGGGAGCGAAGCACGTTACCTGTGCCTATCGTCGTGATGAAGAGaa < 1:541931/139‑1 (MQ=255) ttCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGAGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTCCGTGCGCCAGGGAGCGAAGCACGTTACCTGTGCCTATCGTCGTGATGAAGAGAACATGCCGGGtt > 1:788195/1‑139 (MQ=255) aaCGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGAGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTCCGTGCGCCAGGGAGCGAAGCACGTTACCTGTGCCTATCGTCGTGATGAAGAGAACATGCCGGGTTCCCGCCGCGAAGTGaaaaa > 1:1078695/1‑139 (MQ=255) aaCGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGAGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTCCGTGCGCCAGGGAGCGAAGCACGTTACCTGTGCCTATCGTCGTGATGAAGAGAACATGCCGGGTTCCCGCCGCGAAGTGaaaaa < 1:15703/139‑1 (MQ=255) cgTGGTGGTCCTTGGCGGTGGAGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTCCGTGCGCCAGGGAGCGAAGCACGTTACCTATGCCTATCGTCGTGATGAAGAGAACATGCCGGGTTCCCGCCGCGAAGTGAAAAAcgcg > 1:857194/1‑139 (MQ=255) gtCCTTGGCGGTGGAGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTCCGTGCGCCAGGGAGCGAAGCACGTTACCTGTGCCTATCGTCGTGATGAAGAGAACATGCCGGGTTCCCGCCGCGAAGTGAAAAACGCGCGGgaag < 1:609351/139‑1 (MQ=255) gtCCTTGGCGGTGGAGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTCCGTGCGCCAGGGAGCGAAGCACGTTACCTGTGCCTATCGTCGTGATGAAGAGAACATGCCGGGTTCCCGCCGCGAAGTGAAAAACGCGCGGgaag < 2:973257/139‑1 (MQ=255) ggCGGTGGAGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTCCGTGCGCCAGGGAGCGAAGCACGTTACCTGTGCCTATCGTCGTGATGAAGAGAACATGCCGGGTTCCCGCCGCGAAGTGAAAAACGCGCGGGAAGAAGGCg > 1:102116/1‑139 (MQ=255) | ACGAAGACGCCGATGGCGTGTACGCAGCGCTGCCGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTCCGTGCGCCAGGGAGCGAAGCACGTTACCTGTGCCTATCGTCGTGATGAAGAGAACATGCCGGGTTCCCGCCGCGAAGTGAAAAACGCGCGGGAAGAAGGCG > NZ_CP009273/3353308‑3353574 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |