Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 3,501,576 | T→C | E125G (GAG→GGG) | php ← | phosphotriesterase‑related protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 3,501,576 | 0 | T | C | 92.8% | 210.1 / 7.6 | 69 | E125G (GAG→GGG) | php | phosphotriesterase‑related protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/2); new base C (28/36); total (31/38) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.51e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.27e-01 |
CGCCAGTTGCTCCAGCCCCATCGTGCTGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAACGCGTCCTGGTAATAACCGG > NZ_CP009273/3501440‑3501708 | cGCCAGTTGCTCCAGCCCCATCGTGCTGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATcccc > 1:261276/1‑139 (MQ=255) ccAGCCCCATCGTGCTGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATccc > 1:485897/1‑139 (MQ=255) cAGCCCCATCGTGCTGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATcc < 2:307910/137‑1 (MQ=255) cAGCCCCATCGTGCTGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCg < 1:895372/139‑1 (MQ=255) cAGCCCCATCGTGCTGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCg < 2:251258/139‑1 (MQ=255) ccATCGTGCTGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCttt < 1:1093805/139‑1 (MQ=255) ccATCGTGCTGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCttt < 1:780828/139‑1 (MQ=255) aTCGTGCTGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCttt > 1:841569/1‑137 (MQ=255) aTCGTGCTGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCttt > 1:16808/1‑137 (MQ=255) aaCGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGc < 1:908390/139‑1 (MQ=255) aaCGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGc < 2:841569/139‑1 (MQ=255) aaCGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGc < 2:143761/139‑1 (MQ=255) aaCGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCCCCGTGc < 1:862138/139‑1 (MQ=255) cgacgTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCa > 2:1148714/1‑139 (MQ=255) cgacgTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGACAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCa > 1:189630/1‑139 (MQ=255) cgTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATc > 1:304026/1‑138 (MQ=255) cgTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATc > 2:1067650/1‑138 (MQ=255) cgTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGc > 2:61968/1‑134 (MQ=255) cgTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGc < 1:61968/134‑1 (MQ=255) cGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGTAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATAcc < 2:97075/138‑1 (MQ=255) cGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATAcc < 2:124290/138‑1 (MQ=255) gagaTCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATcc > 2:93930/1‑106 (MQ=255) gagaTCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATcc < 1:93930/106‑1 (MQ=255) gagaTCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGtt > 1:163520/1‑139 (MQ=255) aTCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCaa > 2:942233/1‑139 (MQ=255) tCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGc > 1:58785/1‑120 (MQ=255) tCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGc < 2:58785/120‑1 (MQ=255) cGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCAATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCAt < 1:425824/139‑1 (MQ=255) tCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATc > 1:540102/1‑138 (MQ=255) tCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATc > 1:409333/1‑138 (MQ=255) tCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATc > 2:918503/1‑138 (MQ=255) cgcCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCcgcg > 1:337856/1‑73 (MQ=255) cgcCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCcgcg < 2:337856/73‑1 (MQ=255) cgcCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGc < 2:798838/98‑1 (MQ=255) cgcCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGc > 1:798838/1‑98 (MQ=255) cgcCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTgcgc < 1:977634/138‑1 (MQ=255) cgcCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTgcgc > 1:1232071/1‑138 (MQ=255) cgcCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGcc < 2:1046051/139‑1 (MQ=255) cgcCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGcc < 1:1148714/139‑1 (MQ=255) agcgcagcgGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGc < 2:618747/94‑1 (MQ=255) agcgcagcgGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGc > 1:618747/1‑94 (MQ=255) aataaataCCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTg < 2:409333/139‑1 (MQ=255) aataCCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCgg < 2:90429/138‑1 (MQ=255) taCCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTc < 1:677653/139‑1 (MQ=255) cTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGc > 1:746750/1‑74 (MQ=255) cTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGc < 2:746750/74‑1 (MQ=255) ttCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCca > 1:863518/1‑139 (MQ=255) tctcTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCg < 1:1063164/56‑1 (MQ=255) tctcTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCg > 2:1063164/1‑56 (MQ=255) tctcTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTgcgc > 2:249583/1‑112 (MQ=255) tctcTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTgcgc < 1:249583/112‑1 (MQ=255) tctcTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCca > 1:671271/1‑138 (MQ=255) ctctTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGAcc > 1:657869/1‑100 (MQ=255) ctctTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGAcc < 2:657869/100‑1 (MQ=255) ctctTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCcaca > 1:728474/1‑139 (MQ=255) ttCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATa > 2:628667/1‑76 (MQ=255) ttCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATa < 1:628667/76‑1 (MQ=255) ccAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGtt < 1:918503/138‑1 (MQ=255) aGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCg > 2:378257/1‑139 (MQ=255) cggcgTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGc < 2:26953/62‑1 (MQ=255) cggcgTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGc > 1:26953/1‑62 (MQ=255) aTCTTTCCTTCGCAGGTGCCGCTCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGCGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAAc < 2:365175/138‑1 (MQ=255) tCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAACGCGTc < 2:304026/138‑1 (MQ=255) tCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAAcgc < 2:264899/135‑1 (MQ=255) tCCTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAACGCGTc < 2:62348/138‑1 (MQ=255) ccTTCGCTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAACGCGTCCt > 1:102304/1‑139 (MQ=255) cTGGTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAACGCGTCCTGGtaat < 2:1232071/139‑1 (MQ=255) gTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAACGCGTCCTGGTAATAAc < 2:540102/139‑1 (MQ=255) gTGCCGATCCCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAACGCGTCCTGGTAATAAc < 1:1011419/139‑1 (MQ=255) ccGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAACGCGTCCTGGTAATAACCgg > 1:496696/1‑139 (MQ=255) | CGCCAGTTGCTCCAGCCCCATCGTGCTGAACGACGTATGCGTGGAGATCGGGCGTCCGGTCTGGTTATGCGCCAGCGCAGCGGCAATAAATACCTTCTCTTCCAGCGGCGTAATCTTTCCTTCGCTGGTGCCGATCTCCGCGATGATCCCGGCTTTCAGCTCCGTGCCATCGATACCCTGTTCAATTTCATCGACCATCTCCTGCGCCAGTTCCTGCACGCTGCGGGTCGCCACATGTTCCGGGAAAAACGCGTCCTGGTAATAACCGG > NZ_CP009273/3501440‑3501708 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |