| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 288,667 | A→G | intergenic (‑8/+264) | yagK ← / ← yagL | inovirus Gp2 family protein/recombinase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 288,667 | 0 | A | G | 93.3% | 195.8 / 4.2 | 60 | intergenic (‑8/+264) | yagK/yagL | inovirus Gp2 family protein/recombinase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/3); new base G (21/35); total (22/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.54e-01 | |||||||||||
GTGGAGATCGACACGTACAGCAATTAACCTAGGATACCGGTTAGTCAAATAACATAATAATTTATTAATCTTACTCTGATATTCGAGGATATGTACTCCATGAGTACCTTGATATGTTTTCATAATATATACCTGTATTTGGTCCTACGGTCTATAGCAGACCGTACAGGGATGCCATACAGGCAGGGCTATTCCTGGTCACTGTTGTCGGTATATACTGGTATCAGATTTTAGTACGGACATACTGATCTGATTACTACTCTTA > NZ_CP009273/288537‑288801 | gTGGAGATCGACACGTACAGCAATTAACCTAGGATACCGGTTAGTCAAATAACATAATAATTTATTAATCTTACTCTGATATTCGAGGATATGTACTCCATGAGTACCTTGATATGTTTTCATAATATATGCCTGTAtt > 2:560623/1‑139 (MQ=255) gagaTCGACACGTACAGCAATTAACCTAGGATACCGGTTAGTCAAATAACATAATAATTTATTAATCTTACTCTGATATTCGAGGATATGTACTCCATGAGTACCTTGATATGTTTTCATAATATATGCCTGTATTTg < 1:560623/138‑1 (MQ=255) aTCGACACGTACAGCAATTAACCTAGGATACCGGTTAGTCAAATAACATAATAATTTATTAATCTTACTCTGATATTCGAGGATATGTACTCCATGAGTACCTTGATATGTTTTCATAATATATGCCTGTATTTGGTcc > 2:430915/1‑139 (MQ=255) acGTACAGCAATTAACCTAGGATACCGGTTAGTCAAATAACATAATAATTTATTAATCTTACTCTGATATTCGAGGATATGTACTCCATGAGTACCTTGATATGTTTTCATAATATATGCCTGTATTTGGTCCTACGGt < 1:1191052/139‑1 (MQ=255) 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cTCCATGAGTACCTTGATATGTTTTCATAATATATGCCTGTATTTGGTCCTACGGTCTATAGCAGACCGTACAGGGATGCCATACAGGCAGGGCTATTCCTGGTCACTGTTGTCGGTATATACTGGTATCAGATTTTAg < 2:1155819/139‑1 (MQ=255) cTCCATGAGTACCTTGATATGTTCTCATAATATATGCCTGTATTTGGTCCTACGGTCTATAGCAGACCGTACAGGGATGCCATACAGGCAGGGCTATTCCTGGTCACTGTTGTCGGTATATACTGGTATCAGATTTTAg < 2:1248015/139‑1 (MQ=255) cATGAGTACCTTGATATGTTTTCATAATATATGCCTGTATTTGGTCCTACGGTCTATAGCAGACCGTACAGGGATGCCATACAGGCAGGGCTATTCCTGGTCACtgttgt < 1:686817/110‑1 (MQ=255) cATGAGTACCTTGATATGTTTTCATAATATATGCCTGTATTTGGTCCTACGGTCTATAGCAGACCGTACAGGGATGCCATACAGGCAGGGCTATTCCTGGTCACTGTTGTCGGTATATACTGGTATCAGATTTTAGTAc > 1:476639/1‑139 (MQ=255) cATGAGTACCTTGATATGTTTTCATAATATATGCCTGTATTTGGTCCTACGGTCTATAGCAGACCGTACAGGAATGCCATACAGGCAGGGCTATTCCTGGTCACtgttgt > 2:686817/1‑110 (MQ=255) tGAGTACCTTGATATGTTTTCATAATATATGCCTGTATTTGGTCCTa > 2:1169134/1‑47 (MQ=255) tGAGTACCTTGATATGTTTTCATAATATATGCCTGTATTTGGTCCTa < 1:1169134/47‑1 (MQ=255) tGAGTACCTTGATATGTTTTCATAATATATGCCTGTATTTGGTCCTACGGTCTATAGCAGACCGTACAggg < 1:708592/71‑1 (MQ=255) tGAGTACCTTGATATGTTTTCATAATATATGCCTGTATTTGGTCCTACGGTCTATAGCAGACCGTACAggg > 2:708592/1‑71 (MQ=255) tGAGTACCTTGATATGTTTTCATAATATATGCCTGTATTTGGTCCTACGGTCTATAGCAGACCGTACAGGGATGCCATACAGGCAGGGc > 1:846451/1‑89 (MQ=255) tGAGTACCTTGATATGTTTTCATAATATATGCCTGTATTTGGTCCTACGGTCTATAGCAGACCGTACAGGGATGCCATACAGGCAGGGc < 2:846451/89‑1 (MQ=255) tGAGTACCTTGATATGTTTTCATAATATATGCCTGTATTTGGTCCTACGGTCTATAGCAGACCGTACAGGGATGCCATACAGGCAGGGCTATTCCTGGTCACTGTTGTCGGTATATACTGGTATCAGATTTTAg < 1:514970/134‑1 (MQ=255) tGAGTACCTTGATATGTTTTCATAATATATGCCTGTATTTGGTCCTACGGTCTATAGCAGACCGTACAGGGATGCCATACAGGCAGGGCTATTCCTGGTCACTGTTGTCGGTATATACTGGTATCAGATTTTAg > 2:514970/1‑134 (MQ=255) tGAGTACCTTGATATGTTTTCATAATATATGCCTGTATTTGGTCCTACGGTCTATAGCAGACCGTACAGGGATGCCATACAGGCAGGGCTATTCCTGGTCACTGTTGTCGGTATATACTGGTATCAGATTTTAGTACg > 2:1120961/1‑138 (MQ=255) gTACCTTGATATGTTTTCATAATATATGCCTGTATTTGGTCCTACGGTCTATAGCAGa > 1:73229/1‑58 (MQ=255) gTACCTTGATATGTTTTCATAATATATGCCTGTATTTGGTCCTACGGTCTATAGCAGa < 2:73229/58‑1 (MQ=255) gTACCTTGATATGTTTTCATAATATATGCCTGTATTTGGTCCTACGGTCTATAGCAGACCGTACAGGGATGCCATACAGGCAGGGCTATTCCTGGTCACtgttgt > 1:945159/1‑105 (MQ=255) gTACCTTGATATGTTTTCATAATATATGCCTGTATTTGGTCCTACGGTCTATAGCAGACCGTACAGGGATGCCATACAGGCAGGGCTATTCCTGGTCACtgttgt < 2:945159/105‑1 (MQ=255) ccTTGATATGTTTTCATAATATATGCCTGTATTTGGTCCTACGGTCTATAGCAGACCGTACAGGGATGCCATACAGGCAGGGCTATTCCTGGTCACTGTTGTCGGTATATACTGGTATCAGATTTTAGTACGGACATa < 2:476639/138‑1 (MQ=255) atatGTTTTCATAATATATGCCTGTATTTGGTCCTACGGTCTATAGCAGACCGTACAGGGATGCCATACAGGCAGGGCTATTCCTGGTCACTGTTGTCGGTATATACTGGTATCAGATTTTAGTACGGACATActgat < 1:430915/138‑1 (MQ=255) tatGTTTTCATAATATATGCCTGTATTTGGTCCTACGGTCTATAGCAGACCGTACAGGGATGCCATACAGGCAAGGCTATTCCTGGTCACTGTTGTCGGTATATACTGGTATCAGATTTTAGTCCGGACATGctgatct < 2:403464/139‑1 (MQ=255) ttttCATAATATATGCCTGTATTTGGTCCTACGGTCTATAGCAGACCGTACAGGGATGCCATACAGGCAGGGCTATTCCTGGTCa > 1:389676/1‑85 (MQ=255) ttttCATAATATATGCCTGTATTTGGTCCTACGGTCTATAGCAGACCGTACAGGGATGCCATACAGGCAGGGCTATTCCTGGTCa < 2:389676/85‑1 (MQ=255) ttttCATAATATATGCCTGTATTTGGTCCTACGGTCTATAGCAGACCGTACAGGGATGCCATACAGGCAGGGCTATTCCTGGTCACTGTTGTCGGTATATACTGGTATCAGATTTTAGTACgg < 2:1210561/123‑1 (MQ=255) ttttCATAATATATGCCTGTATTTGGTCCTACGGTCTATAGCAGACCGTACAGGGATGCCATACAGGCAGGGCTATTCCTGGTCACTGTTGTCGGTATATACTGGTATCAGATTTTAGTACgg > 1:1210561/1‑123 (MQ=255) ttCATAATATATGCCTGTATTTGGTCCTACGGTCTATAGCAGACCGTACAGGGATGCCATACAGGCAGGGCTATTCCTGGTCACTGTTGTCGGTATATACTGGTATCAGATTTTAGTACGGACATACTGATCTGATta < 2:226388/138‑1 (MQ=255) atataCCTGTATTTGGTCCTACGGTCTATAGCAGACCGTACAGGGATGCCATACAGGCAGGGCTATTCCTGGTCACTGTTGTCGGTATATACTGGTATCAGATTTTAGTACGGACATACTGATCTGATTACTACTCTTa > 1:1142791/1‑139 (MQ=255) | GTGGAGATCGACACGTACAGCAATTAACCTAGGATACCGGTTAGTCAAATAACATAATAATTTATTAATCTTACTCTGATATTCGAGGATATGTACTCCATGAGTACCTTGATATGTTTTCATAATATATACCTGTATTTGGTCCTACGGTCTATAGCAGACCGTACAGGGATGCCATACAGGCAGGGCTATTCCTGGTCACTGTTGTCGGTATATACTGGTATCAGATTTTAGTACGGACATACTGATCTGATTACTACTCTTA > NZ_CP009273/288537‑288801 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |