| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP009273 | 3,724,067 | T→C | N20S (AAC→AGC) | xylA ← | xylose isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP009273 | 3,724,067 | 0 | T | C | 98.4% | 440.5 / ‑1.9 | 121 | N20S (AAC→AGC) | xylA | xylose isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (62/57); total (63/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.63e-01 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
CGCCCCCACACCAAACATATCCGCCCCGTTCCAGCAGAAGGTGTGCCAGTAGCAGGCGGCAAAACGCAAGTGCTCTTCCATACGCTTACCCAACACCAGTTCGTCGGGATTGTAGTGACGGAATGCTAACGGGTTTGAGGATTTTGAGCCTTCATAACGAACGCGATCGAGCTGGTCAAAATAGGCTTGCATATTGAACTCCATAATCAGGTAATGCCGCGGGTGATGGATGATGTCGTAATATTGGGCACTCCCTTTCAGTTGCT > NZ_CP009273/3723934‑3724199 | cGCCCCCACACCAAACATATCCGCCCCGTTCCAGCAGAAGGTGTGCCAGTAGCAGGCGGCAAAACGCAAGTGCTCTTCCATACGCTTACCCAACACCAGTTCGTCGGGATTGTAGTGACGGAATGCTAACGGGCTTGAg > 1:476970/1‑139 (MQ=255) ccccACACCAAACATATCCGCCCCGTTCCAGCAGAAGGTGTGCCAGTAGCAGGCGGCAAAACGCAAGTGCTCTTCCATACGCTTACCCAACACCAGTTCGTCGGGATTGTAGTGACGGAATGCTAACGGGCTTGAGGAt > 1:1255746/1‑139 (MQ=255) acCAAACATATCCGCCCCGTTCCAGCAGAAGGTGTGCCAGTAGCAGGCGGCAAAACGCAAGTGCTCTTCCATACGCTTACCCAACACCAGTTCGTCGGGATTGTAGTGACGGAATGCTAACGGGCTTGAGGATTTTGAg < 1:1091302/139‑1 (MQ=255) atCCGCCCCGTTCCAGCAGAAGGTGTGCCAGTAGCAGGCGGCAAAACGCAAGTGCTCTTCCATACGCTTACCCAACACCAGTTCGTCGGGATTGTAGTGACGGAATGCTAACGGGCTTGAGGATTTTGAGCCTTCATaa > 1:574779/1‑139 (MQ=255) atCCGCCCCGTTCCAGCAGAAGGTGTGCCAGTAGCAGGCGGCAAAACGCAAGTGCTCTTCCATACGCTTACCCAACACCAGTTCGTCGGGATTGTAGTGACGGAATGCTAACGGGCTTGAGGATTTTGAGCCTTCATaa > 2:702731/1‑139 (MQ=255) tCCGCCCCGTTCCAGCAGAAGGTGTGCCAGTAGCAGGCGGCAAAACGCAAGTGCTCTTCCATACGCTTACCCAACACCAGTTCGTCGGGATTGTAGTGACGGAATGCTAACGGGCTTGAGGATTTTGAGCCTTCATaac > 2:673833/1‑139 (MQ=255) tCCGCCCCGTTCCAGCAGAAGGTGTGCCAGTAGCAGGCGGCAAAACGCAAGTGCTCTTCCATACGCTTACCCAACACCAGTTCGTCGGGATTGTAGTGACGGAATGCTAACGGGCTTGAGGATTTTGAGCCTTCATaac > 2:9390/1‑139 (MQ=255) cGCCCCGTTCCAGCAGAAGGTGTGCCAGTAGCAGGCGGCAAAACGCAAGTGCTCTTCCATACGCTTACCCAACACCAGTTCGTCGGGATTGTAGTGACGGAATGCTAACGGGCTTGAGGATTTTGAGCCTTCATaacg > 1:945708/1‑138 (MQ=255) gCCCCGTTCCAGCAGAAGGTGTGCCAGTAGCAGGCGGCAAAACGCAAGTGCTCTTCCATACGCTTACCCAACACCAGTTCGTCGGGATTGTAGTGACGGAATGCTAACGGGCTTGAGGATTTTGAGCCTTCATaacgaa < 2:476970/139‑1 (MQ=255) ccccGTTCCAGCAGAAGGTGTGCCAGTAGCAGGCGGCAAAACGCAAGTGCTCTTCCATACGCTTACCCAACACCAGTTCGTCGGGATTGTAGTGACGGAATGCTAACGGGCTTGAGGATTTTGAg < 2:1169630/125‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |