| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 3,853,538 | T→C | intergenic (‑62/‑105) | yidK ← / → yidL | solute:sodium symporter family transporter/AraC family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 3,853,538 | 0 | T | C | 97.8% | 307.6 / ‑1.2 | 89 | intergenic (‑62/‑105) | yidK/yidL | solute:sodium symporter family transporter/AraC family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (56/31); total (57/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.28e-01 | |||||||||||
GACCTTCCACCAGGTGATCACCGCCACCAGCAGCGTAAAACCGACAAAACTCAAGATTTGTAACGAATTCATCTCATAGCCCTTATTTATGTTTATGTCCCGGACGCATGAATATAGGGAGAGGTAAAATGCGTCGGGTCAGGCAGTCAGATTCTTAAAATACAAACGTCGTATCCCTGAACGGATTGTTTTCTGTTAAGTTCAGGTTGTGAGCATAATTCGCCGGAGGGATATTAAAATGAATGGAAAATTGCAAAGTT > NZ_CP009273/3853405‑3853664 | gACCTTCCACCAGGTGATCACCGCCACCAGCAGCGTAAAACCGACAAAACTCAAGATTTGTAACGAATTCATCTCATAGCCCTTATTTATGTTTATGTCCCGGACGCATGAATATAGGGAGAGGTAAAATGCGCCGGGt < 2:355224/139‑1 (MQ=255) cTTCCACCAGGTGATCACCGCCACCAGCAGCGTAAAACCGACAAAACTCAAGATTTGTAACGAATTCATCTCATAGCCCTTATTTATGTTTATGTCCCGGACGCATGAATATAGGGAGAGGTAAAATGCGCCGGGTCAg > 1:383718/1‑139 (MQ=255) gTGATCACCGCCACCAGCAGCGTAAAACCGACAAAACTCAAGATTTGTAACGAATTCATCTCATAGCCCTTATTTATGTTTATGTCCCGGACGCATGAATATAGGGAGAGGTAAAATGCGCCGGGTCAGGCAGTCAGAt > 2:843627/1‑139 (MQ=255) aTCACCGCCACCAGCAGCGTAAAACCGACAAAACTCAAGATTTGTAACGAATTCATCTCATAGCCCTTATTTATGTTTATGTCCCGGACGCATGAATATAGGGAGAGGTAAAATGCGCCGGGTCAGGCAGTCAGATTCt > 1:850174/1‑139 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |