Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 3,961,670 | T→G | V132G (GTG→GGG) | wecA → | UDP‑N‑acetylglucosamine‑‑undecaprenyl‑phosphate N‑acetylglucosaminephosphotransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 3,961,670 | 0 | T | G | 95.0% | 211.4 / 2.2 | 60 | V132G (GTG→GGG) | wecA | UDP‑N‑acetylglucosamine‑‑undecaprenyl‑phosphate N‑acetylglucosaminephosphotransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/2); new base G (31/26); total (32/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.94e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 |
ACCGTTTTGATATCAGCGTAAAAATCCGTGCCACCATACAGGCCGCTGTTGGCATTGTTATGATGGTGTTCGGCAAGCTTTATCTCAGTAGCCTGGGTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGTGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGGGCGGCCATTAATGCGTTCAACATGGTTGATGGCATTGATGGCTTGCTGGGCGGGTTGTCCTGCGTCTCGTTTGCAGCAATCGGTATGATT > NZ_CP009273/3961547‑3961803 | aCCGTTTTGATATCAGCGTAAAAATCCGTGCCACCATACAGGCCGCTGTTGGCATTGTTATGATGGTGTTCGGCAAGCTTTATCTCAGTAGCCTGGGTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTgg < 1:181204/139‑1 (MQ=255) ttGATATCAGCGTAAAAATCCGTGCCACCATACAGGCCGCTGTTGGCATTGTTATGATGGTGTTCGGCAAGCTTTATCTCAGTAGCCTGGGTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCg > 1:1284121/1‑123 (MQ=255) ttGATATCAGCGTAAAAATCCGTGCCACCATACAGGCCGCTGTTGGCATTGTTATGATGGTGTTCGGCAAGCTTTATCTCAGTAGCCTGGGTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCg < 2:1284121/123‑1 (MQ=255) tatCAGCGTAAAAATCCGTGCCACCATACAGGCCGCTGTTGGCATTGTTATGATGGTGTTCGGCAAGCTTTATCTCAGTAGCCTGGGTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCt > 2:1106553/1‑138 (MQ=255) aGCGTAAAAATCCGTGCCACCATACAGGCCGCTGTTGGCATTGTTATGATGGTGTTCGGCAAGCTTTATCTCAGTAGCCTGGGTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGc > 2:371793/1‑139 (MQ=255) cGTGCCACCATACAGGCCGCTGTTGGCATTGTTATGATGGTGTTCGGCAAGCTTTATCTCAGTAGCCTGGGTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCt > 2:864697/1‑139 (MQ=255) cGTGCCACCATACAGGCCGCTGTTGGCATTGTTATGATGGTGTTCGGCAAGCTTTATCTCAGTAGCCTGGGTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCt > 2:657449/1‑139 (MQ=255) ccaccaTACAGGCCGCTGTTGGCATTGTTATGATGGTGTTCGGCAAGCTTTATCTCAGTAGCCTGGGTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGggc < 2:589344/139‑1 (MQ=255) ccaccaTACAGGCCGCTGTTGGCATTGTTATGATGGTGTTCGGCAAGCTTTATCTCAGTAGCCTGGGTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGggc < 1:314835/139‑1 (MQ=255) ccaTACAGGCCGCTGTTGGCATTGTTATGATGGTGTTCGGCAAGCTTTATCTCAGTAGCCTGGGTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGggcggc > 2:1259855/1‑139 (MQ=255) cAGGCCGCTGTTGGCATTGTTATGATGGTGTTCGGCAAGCTTTATCTCAGTAGCCTGGGTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGGGCGGCCATTa < 1:1224866/139‑1 (MQ=255) cAGGCCGCTGTTGGCATTGTTATGATGGTGTTCGGCAAGCTTTATCTCAGTAGCCTGGGTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGGGCGGCCATTa < 2:1090898/139‑1 (MQ=255) gCCGCTGTTGGCATTGTTATGATGGTGTTCGGCAAGCTTTATCTCAGTAGCCTGGGTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGt < 2:934568/99‑1 (MQ=255) gCCGCTGTTGGCATTGTTATGATGGTGTTCGGCAAGCTTTATCTCAGTAGCCTGGGTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGt > 1:934568/1‑99 (MQ=255) gCCGCTGTTGGCATTGTTATGATGGTGTTCGGCAAGCTTTATCTCAGTAGCCTGGGTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGGGCGGCCATTAATg > 1:419711/1‑139 (MQ=255) gCCGCTGTTGGCATTGTTATGATGGTGTTCGGCAAGCTTTATCTCAGTAGCCTGGGTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGGGCGGCCATTAATg > 1:881595/1‑139 (MQ=255) cGCTGTTGGCATTGTTATGATGGTGTTCGGCAAGCTTTATCTCAGTAGCCTGGGTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGggc > 2:806241/1‑126 (MQ=255) cGCTGTTGGCATTGTTATGATGGTGTTCGGCAAGCTTTATCTCAGTAGCCTGGGTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGggc < 1:806241/126‑1 (MQ=255) cGCTGTTGGCATTGTTATGATGGTGTTCGGCAAGCTTTATCTCAGTAGCCTGGGTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGGGCGGCCATTAATGCg < 1:864697/139‑1 (MQ=255) gCTGTTGGCATTGTTATGATGGTGTTCGGCAAGCTTTATCTCAGTAGCCTGGGTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGa > 2:668990/1‑106 (MQ=255) gCTGTTGGCATTGTTATGATGGTGTTCGGCAAGCTTTATCTCAGTAGCCTGGGTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGa < 1:668990/106‑1 (MQ=255) tGTTGGCATTGTTATGATGGTGTTCGGCAAGCTTTATCTCAGTAGCCTGGGTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGGGCGGCCATTAATGCGtt > 1:1208840/1‑138 (MQ=255) gCATTGTTATGATGGTGTTCGGCAAGCTTTATCTCAGTAGCCTGGGTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGTGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGGGCGGCCATTAATGCGTTCAACa < 2:1184634/138‑1 (MQ=255) aTTGTTATGATGGTGTTCGGCAAGCTTTATCTCAGTAGCCTGGGTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGGGCGGCCATTAATGCGTTCAACATgg > 2:662011/1‑139 (MQ=255) tgatgGTGTTCGGCAAGCTTTATCTCAGTAGCCTGGGTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGGGCGGCCATTAATGCGTTCAACATGGTTGATg < 1:220686/138‑1 (MQ=255) atgGTGTTCGGCAAGCTTTATCTCAGTAGCCTGGGTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGGGCGGCCATTAATGCGTTCAACATGGTTGATGGCa > 2:902073/1‑139 (MQ=255) gtTCGGCAAGCTTTATCTCAGTAGCCTGGGTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTg > 1:812703/1‑82 (MQ=255) gtTCGGCAAGCTTTATCTCAGTAGCCTGGGTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTg < 2:812703/82‑1 (MQ=255) gtTCGGCAAGCTTTATCTCAGTAGCCTGGGTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGGGCGGCCATTa > 1:929964/1‑110 (MQ=255) gtTCGGCAAGCTTTATCTCAGTAGCCTGGGTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGGGCGGCCATTa < 2:929964/110‑1 (MQ=255) gtTCGGCAAGCTTTATCTCAGTAGCCTGGGTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGGGCGGCCATTAATGCGTTCAACATGGTTGATGGCATTGAt > 2:449681/1‑139 (MQ=255) ttCGGCAAGCTTTATCTCAGTAGCCTGGGTTATCTCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGTTCGGACCTTTTGGTTACTTCCTGCCGGTATGTGCCGTCTGGGCGCCGATTAATGCGTTCAACATGGTTGATGGCATTGAt < 2:1173006/138‑1 (MQ=255) gtCGGCATGCTTTATCTCAGTAGCCTGGGCTATATCTGTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTTTCGTCTGGGGGGCCAGTAATGCGTTCAACATGGTTGATGGCATTGAt < 2:1173033/137‑1 (MQ=255) tATCTCAGTAGCCTGGGTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGGGCGGCCATTAATGCGTTCAACATGGTTGATGGCATTGATGGCTTGCTGGGc < 2:243599/138‑1 (MQ=255) gTAGCCTGGGTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGGGCGGCCATTAATGCGTTCAACATGGTTGATgg < 2:915916/112‑1 (MQ=255) gTAGCCTGGGTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGGGCGGCCATTAATGCGTTCAACATGGTTGATgg > 1:915916/1‑112 (MQ=255) ccTGGGTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGGGCGGCCATTAATGCGTTCAACATGGTTGATGGCATTGATGGCTTGCTGGGCGGGTTGTCCTGc > 1:1231960/1‑139 (MQ=255) gggTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGTGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGGGCGGCCATTAATGCGtt > 1:352185/1‑90 (MQ=255) gggTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGTGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGGGCGGCCATTAATGCGtt < 2:352185/90‑1 (MQ=255) ggTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGGGCGGCCATTAATGCGTTCAACATGGTTGATGGCATTGATGGCTTGCTGGGCGGGTTGTCCTGCGt < 1:493394/137‑1 (MQ=255) ggTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGGGCGGCCATTAATGCGTTCAACATGGTTGATGGCATTGATGGCTTGCTGGGCGGGTTGTCCTGCGt < 1:809608/137‑1 (MQ=255) gTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGggc > 1:772539/1‑73 (MQ=255) gTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGggc < 2:772539/73‑1 (MQ=255) gTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGGGCGGCCATTAATGCGTTCAACATGGTTGATGGCATTGATGGCTTGc < 1:415909/117‑1 (MQ=255) gTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGGGCGGCCATTAATGCGTTCAACATGGTTGATGGCATTGATGGCTTGc > 2:415909/1‑117 (MQ=255) gTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGGGCGGCCATTAATGCGTTCAACATGGTTGATGGCATTGATGGCTTGCTGGGCGGGTTGTCCTGCGtctc > 1:755631/1‑139 (MQ=255) gTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGGGCGGCCATTAATGCGTTCAACATGGTTGATGGCATTGATGGCTTGCTGGGCGGGTTGTCCTGCGtctc > 1:414839/1‑139 (MQ=255) tatCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGGGCGGCCATTAATGCGtt < 1:446691/84‑1 (MQ=255) tatCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGGGCGGCCATTAATGCGtt > 2:446691/1‑84 (MQ=255) atCTTTGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGGGCGGCCATTAATGCGTTCAACATGGTTGATGGCATTGATGGCTTGCTGGGCGGGTTGTCCTGCGTCTCGTTTg > 1:813452/1‑139 (MQ=255) ttGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGGGCGGCCATTAATGCGTTCAACATGGTTGATGGCATTGATGGCTTGCTGGGCGGGTTGTCCTGCGTCTCGTTTgcag > 2:348979/1‑138 (MQ=255) tGGCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGGGCGGCCATTAATGCGTTCAACATGGTTGATGGCATTGATGGCTTGCTGGGCGGGTTGTCCTGCGTCTCGTTTgca < 2:813452/136‑1 (MQ=255) ggCTCCTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGGGCGGCCATTAATGCGTTCAACATGGTTGATGGCATTGATGGCTTGCTGGGCGGGTTGTCCTGCGTCTCGTTTGCAGCaa > 2:981015/1‑139 (MQ=255) cTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGAc < 2:31439/39‑1 (MQ=255) cTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGAc > 1:31439/1‑39 (MQ=255) cTGGGAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGGGCGGCCATTAATGCGTTCAACATGGTTGATGGCATTGATGGCTTGCTGGGCGGGTTGTCCTGCGTCTCGTTTGCAGCAATCgg > 1:573887/1‑138 (MQ=255) gggAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGGGCGGCCATTAATGCGTTCAACATGGTTGATGGCATTGATGGCTTGCTGGGCGGGTTGTCCTGCGtc > 1:292893/1‑119 (MQ=255) gggAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGGGCGGCCATTAATGCGTTCAACATGGTTGATGGCATTGATGGCTTGCTGGGCGGGTTGTCCTGCGtc < 2:292893/119‑1 (MQ=255) gggAGATGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGGGCGGCCATTAATGCGTTCAACATGGTTGATGGCATTGATGGCTTGCTGGGCGGGTTGTCCTGCGTCTCGTTTGCAGCAATCGGTAt > 2:969317/1‑139 (MQ=255) gaTGGGGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGGGCGGCCATTAATGCGTTCAACATGGTTGATGGCATTGATGGCTTGCTGGGCGGGTTGTCCTGCGTCTCGTTTGCAGCAATCGGTATGAtt < 1:662011/139‑1 (MQ=255) | ACCGTTTTGATATCAGCGTAAAAATCCGTGCCACCATACAGGCCGCTGTTGGCATTGTTATGATGGTGTTCGGCAAGCTTTATCTCAGTAGCCTGGGTTATATCTTTGGCTCCTGGGAGATGGTGCTCGGACCGTTTGGTTACTTCCTGACGCTATTTGCCGTCTGGGCGGCCATTAATGCGTTCAACATGGTTGATGGCATTGATGGCTTGCTGGGCGGGTTGTCCTGCGTCTCGTTTGCAGCAATCGGTATGATT > NZ_CP009273/3961547‑3961803 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |