| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 4,016,642 | A→C | I183L (ATT→CTT) | tatC → | Sec‑independent protein translocase subunit TatC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 4,016,642 | 0 | A | C | 97.8% | 169.8 / ‑3.8 | 46 | I183L (ATT→CTT) | tatC | Sec‑independent protein translocase subunit TatC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base C (29/16); total (30/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
CGCCGGAAGGGGTGCAGGTATCCACCGACATCGCCAGCTATTTAAGCTTCGTTATGGCGCTGTTTATGGCGTTTGGTGTCTCCTTTGAAGTGCCGGTAGCAATTGTGCTGCTGTGCTGGATGGGGATTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACGCCCGTATGTGCTGGTTGGTGCATTCGTTGTCGGGATGTTGCTGACGCCGCCGGATGTCTTCTCGCAAACGCTGTTGGCGATCCCGATGTACTGTCTGTTTGAAAT > NZ_CP009273/4016517‑4016778 | cgcCGGAAGGGGTGCAGGTATCCACCGACATCGCCAGCTATTTAAGCTTCGTTATGGCGCTGTTTATGGCGTTTGGTGTCTCCTTTGAAGTGCCGGTAGCAATTGTGCTGCTGTGCTGGATGGGGCTTACCTCGCCag > 2:75937/1‑138 (MQ=255)cgcCGGAAGGGGTGCAGGTATCCACCGACATCGCCAGCTATTTAAGCTTCGTTATGGCGCTGTTTATGGCGTTTGGTGTCTCCTTTGAAGTGCCGGTAGCAATTGTGCTGCTGTGCTGGATGGGGCTTACCTCGCCag > 1:190173/1‑138 (MQ=255)cgcCGGAAGGGGTGCAGGTATCCACCGACATCGCCAGCTATTTAAGCTTCGTTATGGCGCTGTTTATGGCGTTTGGTGTCTCCTTTGAAGTGCCGGTAGCAATTGTGCTGCTGTGCTGGATGGGGCTTACCTCGCCag > 1:844563/1‑138 (MQ=255)cgcCGGAAGGGGTGCAGGTATCCACCGACATCGCCAGCTATTTAAGCTTCGTTATGGCGCTGTTTATGGCGTTTGGTGTCTCCTTTGAAGTGCCGGTAGCAATTGTGCTGCTGTGCTGGATGGGGCTTACCTCGCCag > 1:557938/1‑138 (MQ=255) gcCGGAAGGGGTGCAGGTATCCACCGACATCGCCAGCTATTTAAGCTTCGTTATGGCGCTGTTTATGGCGTTTGGTGTCTCCTTTGAAGTGCCGGTAGCAATTGTGCTGCTGTGCTGGATGGGGCTTACCTCGCCag > 1:787058/1‑137 (MQ=255) tATCCACCGACATCGCCAGCTATTTAAGCTTCGTTATGGCGCTATTTATGGCGTTTGGTGTCTCCTTTGAAGTGCCGGTAGCAATTGTGCTGCTGTGCTGGATGGGGCTTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACg < 2:215198/139‑1 (MQ=255) tCCACCGACATCGCCAGCTATTTAAGCTTCGTTATGGCGCTGTTTATGGCGTTTGGTGTCTCCTTTGAAGTGCCGGTAGCAATTGTGCTGCTGTGCTGGATGGGGCTTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACGcc > 1:797085/1‑139 (MQ=255) tCCACCGACATCGCCAGCTATTTAAGCTTCGTTATGGCGCTGTTTATGGCGTTTGGTGTCTCCTTTGAAGTGCCGGTAGCAATTGTGCTGCTGTGCTGGATGGGGCTTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACGcc > 1:797424/1‑139 (MQ=255) aCCGACATCGCCAGCTATTTAAGCTTCGTTATGGCGCTGTTTATGGCGTTTGGTGTCTCCTTTGAAGTGCCGGTAGCAATTGTGCTGCTGTGCTGGATGGGGCTTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACGCCCGt < 1:774923/139‑1 (MQ=255) gACATCGCCAGCTATTTAAGCTTCGTTATGGCGCTGTTTATGGCGTTTGGTGTCTCCTTTGAAGTGCCGGTAGCAATTGTGCTGCTGTGCTGGATGGGGCTTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACGCCCGTAtg < 2:1282970/139‑1 (MQ=255) cATCGCCAGCTATTTAAGCTTCGTTATGGCGCTGTTTATGGCGTTTGGTGTCTCCTTTGAAGTGCCGGTAGCAATTGTGCTGCTGTGCTGGATGGGGCTTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACGCCCGTAtgtg > 2:976035/1‑139 (MQ=255) cATCGCCAGCTATTTAAGCTTCGTTATGGCGCTGTTTATGGCGTTTGGTGTCTCCTTTGAAGTGCCGGTAGCAATTGTGCTGCTGTGCTGGATGGGGCTTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACGCCCGTAtgtg < 2:205262/139‑1 (MQ=255) cGCCAGCTATTTAAGCTTCGTTATGGCGCTGTTTATGGCGTTTGGTGTCTCCTTTGAAGTGCCGGTAGCAATTGTGCTGCTGTGCTGGATGGGGCTTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACGCCCGTATGTGCtg > 2:613435/1‑139 (MQ=255) aGCTTCGTTATGGCGCTGTTTATGGCGTTTGGTGTCTCCTTTGAAGTGCCGGTAGCAATTGTGCTGCTGTGCTGGATGGGGCTTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACGCCCGTATGTGCTGGTTGGTGCATTCg < 1:29159/139‑1 (MQ=255) tCGTTATGGCGCTGTTTATGGCGTTTGGTGTCTCCTTTGAAGTGCCGGTAGCAATTGTGCTGCTGTGCTGGATGGGGCTTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACGCCCGTATGTGCTGGTTGGTGCATTCGTTGt > 2:1084869/1‑139 (MQ=255) aTGGCGCTGTTTATGGCGTTTGGTGTCTCCTTTGAAGTGCCGGTAGCAATTGTGCTGCTGTGCTGGATGGGGCTTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACGCCCGTATGTGCTGGTTGGTGCATTCGTTGTCggg < 2:453388/138‑1 (MQ=255) gcTGTTTATGGCGTTTGGTGTCTCCTTTGAAGTGCCGGTAGCAATTGTGCTGCTGTGCTGGATGGGGCTTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACGCCCGTATGTGCTGGTTGGTGCATTCGTTGTCGGGATGTTg < 2:562917/139‑1 (MQ=255) cTGTTTATGGCGTTTGGTGTCTCCTTTGAAGTGCCGGTAGCAATTGTGCTGCTGTGCTGGATGGGGCTTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACGCCCGTATGTGCTGGTTGGTGCATTCGTTGTCGGGATGTTGc > 2:565163/1‑139 (MQ=255) tGTTTATGGCGTTTGGTGTCTCCTTTGAAGTGCCGGTAGCAATTGTGCTGCTGTGCTGGATGGGGCTTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACGCCCGTATGTGCTGGTTGGTGCATTCGTTGTCGGGATGTTGCt > 1:1233822/1‑139 (MQ=255) tttATGGCGTTTGGTGTCTCCTTTGAAGTGCCGGTAGCAATTGTGCTGCTGTGCTGGATGGGGCTTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACGCCCGTATGTGCTGGTTGGTGCATTCGTTGTCGGGATGTTGCTGa > 1:622893/1‑139 (MQ=255) ggCGTTTGGTGTCTCCTTTGAAGTGCCGGTAGCAATTGTGCTGCTGTGCTGGATGGGGCTTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACGCCCGTATGTGCTGGTTGGTGCATTCGTTGTCGGGATGTTGCTGAcgccg > 2:997544/1‑139 (MQ=255) ttGGTGTCTCCTTTGAAGTGCCGGTAGCAATTGTGCTGCTGTGCTGGATGGGGCTTACCTCGCCGGAAGACTTACGCAAAAAACGCCCGTATGTGCTGGTTGGTGCATTCGTTGTCGGGATGTTGCTGACGCCGCCGGa > 1:597870/1‑139 (MQ=255) ttGGTGTCTCCTTTGAAGTGCCGGTAGCAATTGTGCTGCTGTGCTGGATGGGGCTTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACGCCCGTATGTGCTGGTTGGTGCATTCGTTGTCGGGATGTTGCTGACGCCGCCGGa > 1:1230359/1‑139 (MQ=255) ttGGTGTCTCCTTTGAAGTGCCGGTAGCAATTGTGCTGCTGTGCTGGATGGGGCTTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACGCCCGTATGTGCTGGTTGGTGCATTCGTTGTCGGGATGTTGCTGACGCCGCCGGa > 1:563391/1‑139 (MQ=255) ttGGTGTCTCCTTTGAAGTGCCGGTAGCAATTGTGCTGCTGTGCTGGATGGGGCTTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACGCCCGTATGTGCTGGTTGGTGCATTCGTTGTCGGGATGTTGCTGACGCCGCCGGa > 1:566824/1‑139 (MQ=255) ccTTTGAAGTGCCGGTAGCAATTGTGCTGCTGTGCTGGATGGGGCTTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACGCCCGTATGTGCTGGTTGGTGCATTCGTTGTCGGGATGTTGCTGACGCCGCCGGATGTCTtctc > 2:701704/1‑139 (MQ=255) tGAAGTGCCGGTAGCAATTGTGCTGCTGTGCTGGATGGGGCTTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACGCCCGTATGTGCTGGTTGGTGCATTCGTTGTCGGGATGTTGCTGACGCCGCCGGATGTCTTCTCGCa < 1:613435/138‑1 (MQ=255) aaGTGCCGGTAGCAATTGTGCTGCTGTGCTGGATGGGGCTTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACGCCCGTATGTGCTGGTTGGTGCATTCGTTGTCGGGATGTTGCTGACGCCGCCGGATGTCTTCTCGCaaa < 1:727695/138‑1 (MQ=255) ccGGTAGCAATTGTGCTGCTGTGCTGGATGGGGCTTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACGCCCGTAt < 1:646041/72‑1 (MQ=255) ccGGTAGCAATTGTGCTGCTGTGCTGGATGGGGCTTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACGCCCGTAt > 2:646041/1‑72 (MQ=255) ccGGTAGCAATTGTGCTGCTGTGCTGGATGGGGCTTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACGCCCGTATGTGCTGGTTGGTGCATTc > 2:484730/1‑90 (MQ=255) ccGGTAGCAATTGTGCTGCTGTGCTGGATGGGGCTTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACGCCCGTATGTGCTGGTTGGTGCATTc < 1:484730/90‑1 (MQ=255) ccGGTAGCAATTGTGCTGCTGTGCTGGATGGGGCTTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACGCCCGTATGTGCTGGTTGGTGCATTCGTTGTCGGGATGTTGCTGACGCCGCCGGATGTCTTCTCGCAAACGCTGt > 1:907047/1‑139 (MQ=255) ccGGTAGCAATTGTGCTGCTGTGCTGGATGGGGCTTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACGCCCGTATGTGCTGGTTGGTGCATTCGTTGTCGGGATGTTGCTGACGCCGCCGGATGTCTTCTCGCAAACGCTGt > 1:69620/1‑139 (MQ=255) gCAATTGTGCTGCTGTGCTGGATGGGGCTTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACGCCCGTATGTGCTGGTTGGTGCATTCGTTGTCGGGATGTTGCTGACGCCGCCGGATGTCTTCTCGCAAACGCTGTTGGCGa < 2:1233822/139‑1 (MQ=255) gCAATTGTGCTGCTGTGCTGGATGGGGCTTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACGCCCGTATGTGCTGGTTGGTGCATTCGTTGTCGGGATGTTGCTGACGCCGCCGGATGTCTTCTCGCAAACGCTGTTGGCGa < 1:1280935/139‑1 (MQ=255) aaTTGTGCTGCTGTGCTGGATGGGGCTTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACGCCCGTATGTGCTGGTTGGTGCATTCGTTGTCGGGATGTTGCTGACGCCGCCGGATGTCTTCTCGCAAACGCTGTTGGCGATc > 1:736210/1‑139 (MQ=255) ctgtgctgGATGGGGCTTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACGCCCGTATGTGCTGGTTGGTGCATTCGTTGTCGGGATGTTGCTGACGCCGCCGGATGTCTTCTCGCAAACGCTGTTGGCGATCCCGATGTAct > 2:104392/1‑139 (MQ=255) tgctgGATGGGGCTTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACGCCCGTATGTGCTGGTTGGTGCATTCGTTGTCGGGATGTTGCTGACGCCGCCGGATGTCTTCTCGCAAACGCTGTTgg > 2:825319/1‑121 (MQ=255) tgctgGATGGGGCTTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACGCCCGTATGTGCTGGTTGGTGCATTCGTTGTCGGGATGTTGCTGACGCCGCCGGATGTCTTCTCGCAAACGCTGTTgg < 1:825319/121‑1 (MQ=255) ctgGATGGGGCTTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACg < 1:42616/42‑1 (MQ=255) ctgGATGGGGCTTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACg > 2:42616/1‑42 (MQ=255) tGGGGCTTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACGCCCGTATGTGCTGGTTGGTGCATTCGTTGTCGGGATGTTGCTGACGCCGCCGGATGTCTTCTCGCAAACGCTGTTGGCGATCCCg > 1:421983/1‑122 (MQ=255) tGGGGCTTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACGCCCGTATGTGCTGGTTGGTGCATTCGTTGTCGGGATGTTGCTGACGCCGCCGGATGTCTTCTCGCAAACGCTGTTGGCGATCCCg < 2:421983/122‑1 (MQ=255) tGGGGCTTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACGCCCGTATGTGCTGGTTGGTGCATTCGTTGTCGGGATGTTGCTGACGCCGCCGGATGTCTTCTCGCAAACGCTGTTGGCGATCCCGATGTACTGTCTGTTTg > 2:961382/1‑138 (MQ=255) ggATTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACGCCCGTATGTGCTGGTTGGTGCATTCGTTGTCGGGATGTTGCTGACGCCGCCGGATGTCTTCTCGCAAACGCTGTTGGCGATCCCGATGTACTGTCTGTTTGAAAt > 2:1147645/1‑139 (MQ=255) | CGCCGGAAGGGGTGCAGGTATCCACCGACATCGCCAGCTATTTAAGCTTCGTTATGGCGCTGTTTATGGCGTTTGGTGTCTCCTTTGAAGTGCCGGTAGCAATTGTGCTGCTGTGCTGGATGGGGATTACCTCGCCAGAAGACTTACGCAAAAAACGCCCGTATGTGCTGGTTGGTGCATTCGTTGTCGGGATGTTGCTGACGCCGCCGGATGTCTTCTCGCAAACGCTGTTGGCGATCCCGATGTACTGTCTGTTTGAAAT > NZ_CP009273/4016517‑4016778 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |