| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 4,038,395 | T→C | N279N (AAT→AAC) | yihF → | YdgA family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 4,038,395 | 0 | T | C | 93.8% | 212.1 / 2.1 | 65 | N279N (AAT→AAC) | yihF | YdgA family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/3); new base C (26/35); total (27/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.34e-01 | |||||||||||
TTATCAATCACGGGGAAGACGTTGCCCAAATCGATGCTTTCGTTGCAAAAACCAGGCTGGATCGCGTTAAAGACAAAGATTATATCAATGTCAATCTCACCTACGAACTTGATAAGTTAACAAAAGGGAATCAGCAACTCGGTAGTGGTGAGTGGTCATTGATTGCTGAATCTATTGATCCCTCAGCAGTGCGCCAATTTATCATCCAGTATAACATTGCGATGCAGAAGCAGCTTGCTGCACACCCTGAGTTAGCAAACGATG > NZ_CP009273/4038265‑4038528 | ttATCAATCACGGGGAAGACGTTGCCCAAATCGATGCTTTCGTTGCAAAAACCAGGCTGGATCGCGTTAAAGACAAAGATTATATCAATGTCAATCTCACCTACGAACTTGATAAGTTAACAAAAGGGAACCAGCAACt < 1:883063/139‑1 (MQ=255)ttATCAATCACGGGGAAGACGTTGCCCAAATCGATGCTTTCGTTGCAAAAACCAGGCTGGATCGCGTTAAAGACAAAGATTATATCAATGTCAATCTCACCTACGAACTTGATAAGTTAACAAAAGGGAACCAGCAACt < 2:365417/139‑1 (MQ=255) atcaatcaCGGGGAAGACGTTGCCCAAATCGATGCTTTCGTTGCAAAAACCAGGCTGGATCGCGTTAAAGACAAAGATTATATCAATGTCAATCTCACCTACGAACTTGATAAGTTAACAAAAGGGAACCAGCAACTCg > 2:1244765/1‑139 (MQ=255) tcaatcaCGGGGAAGACGTTGCCCAAATCGATGCTTTCGTTGCAAAAACCAGGCTGGATCGCGTTAAAGACAAAGATTATATCAATGTCAATCTCACCTACGAACTTGATAAGTTAACAAAAGGGAACCAGCAACTCgg > 2:582737/1‑139 (MQ=255) tcaatcaCGGGGAAGACGTTGCCCAAATCGATGCTTTCGTTGCAAAAACCAGGCTGGATCGCGTTAAAGACAAAGATTATATCAATGTCAATCTCACCTACGAACTTGATAAGTTAACAAAAGGGAACCAGCAACTCgg < 1:264638/139‑1 (MQ=255) tcaatcaCGGGGAAGACGTTGCCCAAATCGATGCTTTCGTTGCAAAAACCAGGCTGGATCGCGTTAAAGACAAAGATTATATCAATGTCAATCTCACCTACGAACTTGATAAGTTAACAAAAGGGAACCAGCAACTCg < 1:669189/138‑1 (MQ=255) tcaatcaCGGGGAAGACGTTGCCCAAATCGATGCTTTCGTTGCAAAAACCAGGCTGGATCGCGTTAAAGACAAAGATTATATCAATGTCAATCTCACCTACGAACTTGATAAGTTAACAAAAGGGAACCAGCAACTCg > 2:669189/1‑138 (MQ=255) aatcaCGGGGAAGACGTTGCCCAAATCGATGCTTTCGTTGCAAAAACCAGGCTGGATCGCGTTAAAGACAAAGATTATATCAATGTCAATCTCACCTACGAACTTGATAAGTTAACAAAAGGGAACCAGCAACTCGGTa < 2:486958/139‑1 (MQ=255) aatcaCGGGGAAGACGTTGCCCAAATCGATGCTTTCGTTGCAAAAACCAGGCTGGATCGCGTTAAAGACAAAGATTATATCAATGTCAATCTCACCTACGAACTTGATAAGTTAACAAAAGGGAACCAGCAACTCGGTa < 2:871257/139‑1 (MQ=255) ggggAAGACGTTGCCCAAATCGATGCTTTCGTTGCAAAAACCAGGCTGGATCGCGTTAAAGACAAAGATTATATCAATGTCAATCTCACCTACGAACTTGATAAGTTAACAAAAGGGAACCAGCAACTCGGTAgtggtg < 1:1284074/139‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tGTCAATCTCACCTACGAACTTGATAAGTTAACAAAAGGGAACCAGCAACTCGGTAGTGGTGa > 2:95189/1‑63 (MQ=255) tGTCAATCTCACCTACGAACTTGATAAGTTAACAAAAGGGAACCAGCAACTCGGTAGTGGTGa < 1:95189/63‑1 (MQ=255) tGTCAATCTCACCTACGAACTTGATAAGTTAACAAAAGGGAACCAGCAACTCGGTAGTGGTGAGTGGTCATTGATTGCTGAATCTATTGATCCCTCAGCAGTGCGCCAATTTATCATCCAGTATAACATTg < 1:306752/131‑1 (MQ=255) tGTCAATCTCACCTACGAACTTGATAAGTTAACAAAAGGGAACCAGCAACTCGGTAGTGGTGAGTGGTCATTGATTGCTGAATCTATTGATCCCTCAGCAGTGCGCCAATTTATCATCCAGTATAACATTg > 2:306752/1‑131 (MQ=255) aaTCTCACCTACGAACTTGATAAGTTAACAAAAGGGAACCAGCAACTCGGTAGTGGTGAGTGGTCATTGATTGCTGAATCTATTGa > 2:596608/1‑86 (MQ=255) aaTCTCACCTACGAACTTGATAAGTTAACAAAAGGGAACCAGCAACTCGGTAGTGGTGAGTGGTCATTGATTGCTGAATCTATTGa < 1:596608/86‑1 (MQ=255) aCCTACGAACTTGATAAGTTAACAAAAGGGAACCAGCAACTCGGTAGTGGTGAGTGGTCATTGATTGCTGAAt > 2:802384/1‑73 (MQ=255) aCCTACGAACTTGATAAGTTAACAAAAGGGAACCAGCAACTCGGTAGTGGTGAGTGGTCATTGATTGCTGAAt < 1:802384/73‑1 (MQ=255) 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2:806099/1‑88 (MQ=255) aaCAAAAGGGAACCAGCAACTCGGTAGTGGTGAGTGGTCATTGATTGCTGAATCTATTGATCCCTCAGCAGTGCGCCAATTTATCATCCAGTATAACATTGCGATGCAGAAGCAGCTTGCTGCACACCCTGAGTTAGc > 2:846929/1‑138 (MQ=255) aCAAAAGGGAACCAGCAACTCGGTAGTGGTGAGTGGTCATTGATTGCTGAATCTATTGATCCCTCAGCAGTGCGCCAATTTATCATCCAGTATAACATTGCGATGCAGAAGCAGCTTGCTGCACACCCTGAGTTAGCa < 1:1207483/138‑1 (MQ=255) gggAACCAGCAACTCGGTAGTGGTGAGTGGTCATTGATTGCTGAATCTATTGATCCCTCAGCAGTGCGCCAATTTATCATCCAGTATAACATTGCGATGCAGAAGCAGCTTGCTGCACACCCTGAGTTAGCAAACGAt > 2:20032/1‑138 (MQ=255) ggAACCAGCAACTCGGTAGTGGTGAGTGGTCATTGATTGCTGAATCTATTGATCCCTCAGCAGTGCGCCAATTTatcatc < 1:602413/80‑1 (MQ=255) ggAACCAGCAACTCGGTAGTGGTGAGTGGTCATTGATTGCTGAATCTATTGATCCCTCAGCAGTGCGCCAATTTatcatc > 2:602413/1‑80 (MQ=255) ggAACCAGCAACTCGGTAGTGGTGAGTGGTCATTGATTGCTGAATCTATTGATCCCTCAGCAGTGCGCCAATTTATCATCCAGTATAACATTGCGATGCAGAAGCAGCTTGCTGca > 2:473373/1‑116 (MQ=255) ggAACCAGCAACTCGGTAGTGGTGAGTGGTCATTGATTGCTGAATCTATTGATCCCTCAGCAGTGCGCCAATTTATCATCCAGTATAACATTGCGATGCAGAAGCAGCTTGCTGca < 1:473373/116‑1 (MQ=255) ggAACCAGCAACTCGGTAGTGGTGAGTGGTCATTGATTGCTGAATCTATTGATCCCTCAGCAGTGCGCCAATTTATCATCCAGTATAACATTGCGATGCAGAAGCAGCTTGCTGCACACCCTGAGTTAGCAAACGATg > 2:290605/1‑138 (MQ=255) | TTATCAATCACGGGGAAGACGTTGCCCAAATCGATGCTTTCGTTGCAAAAACCAGGCTGGATCGCGTTAAAGACAAAGATTATATCAATGTCAATCTCACCTACGAACTTGATAAGTTAACAAAAGGGAATCAGCAACTCGGTAGTGGTGAGTGGTCATTGATTGCTGAATCTATTGATCCCTCAGCAGTGCGCCAATTTATCATCCAGTATAACATTGCGATGCAGAAGCAGCTTGCTGCACACCCTGAGTTAGCAAACGATG > NZ_CP009273/4038265‑4038528 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |