Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 4,062,410 | G→T | P76Q (CCG→CAG) | yihQ ← | sulfoquinovosidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 4,062,410 | 0 | G | T | 100.0% | 194.8 / NA | 50 | P76Q (CCG→CAG) | yihQ | sulfoquinovosidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (25/25); total (25/25) |
AAGGCGCAGCCAGATACGGTTGTGGTTAAGGTTGTCGTTTTGTAGTTCCAGCAATAAACGCCCCTGATCGTCGGCAGAGATATTCAGCGTGGCGCTAATGTCAGAACCACGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCGGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAATTTTCTCCTGTAGTTTATCTTTAATGCTGAAATTACCGCGGAACATATCGATATCCGCTATACCTGAGCCAATCCATAAACAAGGATTATCTTTGCTA > NZ_CP009273/4062274‑4062541 | aaGGCGCAGCCAGATACGGTTGTGGTTAAGGTTGTCGTTTTGTAGTTCCAGCAATAAACGCCCCTGATCGTCGGCAGAGATATTCAGCGTGGCGCTAATGTCAGAACCACGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGt > 1:1013496/1‑139 (MQ=255) aGCCAGATACGGTTGTGGTTAAGGTTGTCGTTTTGTAGTTCCAGCAATAAACGCCCCTGATCGTCGGCAGAGATATTCAGCGTGGCGCTAATGTCAGAACCACGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGc < 2:32684/139‑1 (MQ=255) gATACGGTTGTGGTTAAGGTTGTCGTTTTGTAGTTCCAGCAATAAACGCCCCTGATCGTCGGCAGAGATATTCAGCGTGGCGCTAATGTCAGAACCACGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACg < 2:341304/139‑1 (MQ=255) gtgGTTAAGGTTGTCGTTTTGTAGTTCCAGCAATAAACGCCCCTGATCGTCGGCAGAGATATTCAGCGTGGCGCTAATGTCAGAACCACGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCg > 2:452545/1‑139 (MQ=255) ggTTAAGGTTGTCGTTTTGTAGTTCCAGCAATAAACGCCCCTGATCGTCGGCAGAGATATTCAGCGTGGCGCTAATGTCAGAACCACGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCgg > 2:498183/1‑138 (MQ=255) gTCGTTTTGTAGTTCCAGCAATAAACGCCCCTGATCGTCGGCAGAGATATTCAGCGTGGCGCTAATGTCAGAACCACGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAAtt > 1:808907/1‑139 (MQ=255) tCGTTTTGTAGTTCCAGCAATAAACGCCCCTGATCGTCGGCAGAGATATTCAGCGTGGCGCTAATGTCAGAACCACGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAAttt > 2:976843/1‑139 (MQ=255) gTTTTGTAGTTCCAGCAATAAACGCCCCTGATCGTCGGCAGAGATATTCAGCGTGGCGCTAATGTCAGAACCACGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAAtttt < 1:452545/138‑1 (MQ=255) gCAATAAACGCCCCTGATCGTCGGCAGAGATATTCAGCGTGGCGCTAATGTCAGAACCACGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACg > 1:783062/1‑101 (MQ=255) gCAATAAACGCCCCTGATCGTCGGCAGAGATATTCAGCGTGGCGCTAATGTCAGAACCACGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACg < 2:783062/101‑1 (MQ=255) aaTAAACGCCCCTGATCGTCGGCAGAGATATTCAGCGTGGCGCTAATGTCAGAACCACGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAATTTTCTCCTGTAGTTTATCtt < 2:1048901/139‑1 (MQ=255) aaTAAACGCCCCTGATCGTCGGCAGAGATATTCAGCGTGGCGCTAATGTCAGAACCACGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAATTTTCTCCTGTAGTTTATCtt > 2:1028458/1‑139 (MQ=255) tAAACGCCCCTGATCGTCGGCAGAGATATTCAGCGTGGCGCTAATGTCAGAACCACGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAATTTTCTCCTGTAGTTTATCttt > 1:250015/1‑138 (MQ=255) tAAACGCCCCTGATCGTCGGCAGAGATATTCAGCGTGGCGCTAATGTCAGAACCACGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAATTTTCTCCTGTAGTTTATCTTTa < 1:1028458/139‑1 (MQ=255) gCCCCTGATCGTCGGCAGAGATATTCAGCGTGGCGCTAATGTCAGAACCACGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAATTTTCTCCTGTAGt > 1:562721/1‑125 (MQ=255) gCCCCTGATCGTCGGCAGAGATATTCAGCGTGGCGCTAATGTCAGAACCACGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAATTTTCTCCTGTAGt < 2:562721/125‑1 (MQ=255) cccTGATCGTCGGCAGAGATATTCAGCGTGGCGCTAATGTCAGAACCACGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAATTTTCTCCTGTAGTTTATCTTTAATGCTg > 1:133261/1‑138 (MQ=255) cgGCAGAGATATTCAGCGTGGCGCTAATGTCAGAACCACGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAATTTTCTCCTGTAGTTTATCTTTAATGCTGAAATTACcgcg > 1:978791/1‑139 (MQ=255) agagATATTCAGCGTGGCGCTAATGTCAGAACCACGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAATTTTCTCCTGTAGTTTATCTTTAATGCTGAAATTACCGCGGAAc < 1:640798/139‑1 (MQ=255) gagaTATTCAGCGTGGCGCTAATGTCAGAACCACGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAATTTTCTCCTGTAGTTTATCTTTAATGCTGAAATTACCGCGGAACa < 1:976843/139‑1 (MQ=255) cAGCGTGGCGCTAATGTCAGAACCACGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAATTTTCTCCTGTAGTTTATCTTTAATGCTGAAATTACCGCGGAACATATCGata > 1:998583/1‑139 (MQ=255) aGCGTGGCGCTAATGTCAGAACCACGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAATTTTCTCCTGTAGTTTATCTTTAATGCTGAAATTACCGCGGAACATATCGata < 2:808907/138‑1 (MQ=255) aGCGTGGCGCTAATGTCAGAACCACGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAATTTTCTCCTGTAGTTTATCTTTAATGCTGAAATTACCGCGGAACATATCGata < 1:498183/138‑1 (MQ=255) aGCGTGGCGCTAATGTCAGAACCACGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAATTTTCTCCTGTAGTTTATCTTTAATGCTGAAATTACCGCGGAACATATCGata < 2:250015/138‑1 (MQ=255) cGTGGCGCTAATGTCAGAACCACGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCa > 1:19956/1‑82 (MQ=255) cGTGGCGCTAATGTCAGAACCACGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCa < 2:19956/82‑1 (MQ=255) cGTGGCGCTAATGTCAGAACCACGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAATTTTCTCCTGTAGTTTATCTTTAATGCTGAAATTACCGCGGAACATATCGATATcc > 2:1082718/1‑139 (MQ=255) cGTGGCGCTAATGTCAGAACCACGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAATTTTCTCCTGTAGTTTATCTTTAATGCTGAAATTACCGCGGAACATATCGATATcc > 2:838512/1‑139 (MQ=255) gTGGCGCTAATGTCAGAACCACGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAATTTTCTCCTGTAGTTTATCTTTAATGCTGAAATTACCGCGGAACATATCGATATCCg < 2:1013496/139‑1 (MQ=255) tGGCGCTAATGTCAGAACCACGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAATTTTCTCCTGTAGTTTATCTTTAATGCTGAAATTACCGCGGAACATATCGATATCCGc > 2:930528/1‑139 (MQ=255) tGGCGCTAATGTCAGAACCACGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAATTTTCTCCTGTAGTTTATCTTTAATGCTGAAATTACCGCGGAACATATCGATATCCGc > 2:831559/1‑139 (MQ=255) cgcTAATGTCAGAACCACGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAATTTTCTCCTGTAGTTTATCTTTAATGCTGAAATTACCGCGGAACATATCGat > 2:995706/1‑130 (MQ=255) cgcTAATGTCAGAACCACGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAATTTTCTCCTGTAGTTTATCTTTAATGCTGAAATTACCGCGGAACATATCGat < 1:995706/130‑1 (MQ=255) aGAACCACGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAATTTTCTCCTGTAGTTTATCTTTAATGCTGAAATTACCGCGGAACATATCGATATCCGCTATACCTGAGcc > 2:557003/1‑138 (MQ=255) cACGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAATTTTCTCCTGTAGTTTATCTTTAATGCTGAAATTACCGCGGAACATATCGATATCCGCTATACCTGAGcc > 2:167439/1‑133 (MQ=255) cACGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAATTTTCTCCTGTAGTTTATCTTTAATGCTGAAATTACCGCGGAACATATCGATATCCGCTATACCTGAGcc < 1:167439/133‑1 (MQ=255) cGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAATTTTCTCCTGTAGTTTATCtt > 2:532732/1‑82 (MQ=255) cGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAATTTTCTCCTGTAGTTTATCtt < 1:532732/82‑1 (MQ=255) cGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAATTTTCTCCTGTAGTTTATCTTTAATGCTGAAATTACcg > 1:918177/1‑99 (MQ=255) cGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAATTTTCTCCTGTAGTTTATCTTTAATGCTGAAATTACcg < 2:918177/99‑1 (MQ=255) cGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAATTTTCTCCTGTAGTTTATCTTTAATGCTGAAATTACCGCGGAACATATCGata < 1:1021844/114‑1 (MQ=255) cGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAATTTTCTCCTGTAGTTTATCTTTAATGCTGAAATTACCGCGGAACATATCGata > 2:1021844/1‑114 (MQ=255) cTGAAATGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAATTTTCTCCTGTAGTTTATCTTTAATGCTGAAATTACCGCGGAACATATCGATATCCGCTATACCTGAGCCAATCCATAAAc < 1:557003/139‑1 (MQ=255) tGAATTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAATTTTCTCCTGTAGTTTATCTTTAATGCTGAAATTACCGCGGAACATATCGATATCCGCTATACCTGAGCCAATCCATAAACAAGGAt < 2:935427/139‑1 (MQ=255) aaTTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCg < 2:405113/37‑1 (MQ=255) aaTTAACCAACCATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCg > 1:405113/1‑37 (MQ=255) aaccaaccATCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAATTTTCTCCTGTAGTTTATCTTTAATGCTGAAATTACCGCGGAACATATCGATATCCGCTATACCTGAGCCAATCCATAAACAAGGATTATCt < 2:133261/138‑1 (MQ=255) accaTCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAATTTTCTCCTGTAGTTTATCTTTAATGCTGAAATTACCGCGGAACATATCGATATCCGCTATACCTGAGCCAATCCATAAACAAGGATTATCTTTGCTa < 1:838512/139‑1 (MQ=255) ccaTCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAATTTTCTCCTGTAGTTTATCTTTAATGCTGAAATTACCGCGGAACATATCGATATCCGCTATACCTGAGcc < 1:150078/110‑1 (MQ=255) ccaTCCTGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAATTTTCTCCTGTAGTTTATCTTTAATGCTGAAATTACCGCGGAACATATCGATATCCGCTATACCTGAGcc > 2:150078/1‑110 (MQ=255) | AAGGCGCAGCCAGATACGGTTGTGGTTAAGGTTGTCGTTTTGTAGTTCCAGCAATAAACGCCCCTGATCGTCGGCAGAGATATTCAGCGTGGCGCTAATGTCAGAACCACGGCTGAAATGAATTAACCAACCATCCGGTGACTGGCTGACGATGGCGTCGGTAAGCGCAATTTTCTCCTGTAGTTTATCTTTAATGCTGAAATTACCGCGGAACATATCGATATCCGCTATACCTGAGCCAATCCATAAACAAGGATTATCTTTGCTA > NZ_CP009273/4062274‑4062541 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |