Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 4,077,063 | T→A | D707V (GAT→GTT) | fdnG ← | formate dehydrogenase‑N subunit alpha |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 4,077,063 | 0 | T | A | 98.3% | 236.9 / ‑3.9 | 60 | D707V (GAT→GTT) | fdnG | formate dehydrogenase‑N subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (25/34); total (26/34) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.33e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 |
TGCCATCTGGTTGCCTTCCGGCGTCCAGCTACCGGCGAAAATCCAGCAGCCACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCCATGTCATGTTCAGCACCTGGTCCGGGTTCGCGCCACCCTGTTCGGCAT > NZ_CP009273/4076927‑4077192 | tGCCATCTGGTTGCCTTCCGGCGTCCAGCTACCGGCGAAAATCCAGCAGCCACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACg > 2:503327/1‑139 (MQ=255) ccATCTGGTTGCCTTCCGCCGTCCAGCTACTGGCGAAAATCCAGCAGCCCCAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATACCCGCACCGGTTGCCGGAACgg < 1:962115/138‑1 (MQ=255) ttGCCTTCCGGCGTCCAGCTACCGGCGAAAATCCAGCAGCCACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCgg > 2:1204978/1‑139 (MQ=255) ttGCCTTCCGGCGTCCAGCTACCGGCGAAAATCCAGCAGCCACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCgg > 2:431676/1‑139 (MQ=255) ttGCCTTCCGGCGTCCAGCTACCGGCGAAAATCCAGCAGCCACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCgg > 1:140010/1‑139 (MQ=255) ttGCCTTCCGGCGTCCAGCTACCGGCGAAAATCCAGCAGCCACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCgg > 2:479219/1‑139 (MQ=255) ccTTCCGGCGTCCAGCTACCGGCGAAAATCCAGCAGCCACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGcc < 1:1053553/138‑1 (MQ=255) cTTCCGGCGTCCAGCTACCGGCGAAAATCCAGCAGCCACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAg < 2:752255/139‑1 (MQ=255) ttCCGGCGTCCAGCTACCGGCGAAAATCCAGCAGCCACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAgc > 2:258933/1‑139 (MQ=255) cGTCCAGCTACCGGCGAAAATCCAGCAGCCACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTa < 1:503327/139‑1 (MQ=255) gTCCAGCTACCGGCGAAAATCCAGCAGCCACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTAc < 2:140010/139‑1 (MQ=255) aGCTACCGGCGAAAATCCAGCAGCCACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGtt < 1:297231/139‑1 (MQ=255) cTACCGGCGAAAATCCAGCAGCCACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGc > 1:1201150/1‑139 (MQ=255) aCCGGCGAAAATCCAGCAGCCACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGctc > 1:404613/1‑139 (MQ=255) tCCAGCAGCCACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCAc < 1:431676/139‑1 (MQ=255) tCCAGCAGCCACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCAc < 1:1066437/139‑1 (MQ=255) tCCAGCAGCCACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCAc < 2:1201150/139‑1 (MQ=255) ggaggTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGAt < 1:1030598/139‑1 (MQ=255) ggTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGc < 1:848618/139‑1 (MQ=255) ggTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGc < 1:523654/139‑1 (MQ=255) ttGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCt > 1:1187288/1‑138 (MQ=255) ttGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCt > 2:315099/1‑138 (MQ=255) tGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCa > 1:306611/1‑92 (MQ=255) tGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCa < 2:306611/92‑1 (MQ=255) ccGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCg < 1:1010257/139‑1 (MQ=255) tCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGaa < 1:1027774/139‑1 (MQ=255) tCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGaa > 1:1040078/1‑139 (MQ=255) tCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGaa < 1:791855/139‑1 (MQ=255) tCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGaa < 2:271117/139‑1 (MQ=255) cATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATg > 1:994949/1‑133 (MQ=255) cATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATg < 2:994949/133‑1 (MQ=255) aTCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGaa < 1:994283/137‑1 (MQ=255) aTCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGaa > 2:994283/1‑137 (MQ=255) gcgcAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCg < 1:1204978/139‑1 (MQ=255) cgcAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGaa > 1:384946/1‑133 (MQ=255) cgcAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGaa < 2:384946/133‑1 (MQ=255) cgcAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGt < 2:404613/139‑1 (MQ=255) gCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCcatg < 1:474972/139‑1 (MQ=255) gaacgaacTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCcatgtc < 2:1153791/139‑1 (MQ=255) gaacgaacTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCcatgtc < 1:485331/139‑1 (MQ=255) acgaacTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCcatgtcat > 1:538616/1‑139 (MQ=255) ttgGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCCATGTCATGTTCAGCACCTgg > 1:1011488/1‑139 (MQ=255) ttgGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCCATGTCATGTTCAGCACCTgg > 1:810742/1‑139 (MQ=255) ttCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCCATGTCATGTTCAGCACCTGGTCCGGGt > 2:1154059/1‑139 (MQ=255) tCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCCATGTCATGTTCAGCACCTGGTCCGGGtt > 2:770358/1‑139 (MQ=255) tCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCCATGTCATGTTCAGCACCTGGTCCGGGt < 1:479219/138‑1 (MQ=255) tCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCCATGTCATGTTCAGCACCTGGTCCGGGt < 2:1040078/138‑1 (MQ=255) tCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCCATGTCATGTTCAGCACCTGGTCCGGGt < 2:978954/138‑1 (MQ=255) tCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCCATGTCATGTTCAGCACCTGGTCCGGGt < 2:177896/138‑1 (MQ=255) aCGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCCATGTCATGTTCAGCACCTGGTCCGGGTTcgcg < 2:854246/138‑1 (MQ=255) aCGATAACCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCCATGTCATGTTCAGCACCTGGTCCGGGTTcgcg < 2:26435/138‑1 (MQ=255) aaCCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCg < 2:660915/94‑1 (MQ=255) aaCCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCg > 1:660915/1‑94 (MQ=255) aaCCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCCATGTCATGTTCAGCACCTGGTCCGGGTTCGCGCCAccc > 1:782262/1‑139 (MQ=255) aaCCGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCCATGTCATGTTCAGCACCTGGTCCGGGTTCGCGCCAccc > 2:970335/1‑139 (MQ=255) ccGCACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCCATGTCATGTTCAGCACCTGGTCCGGGTTCGCGCCACCCTg > 2:922398/1‑139 (MQ=255) cACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCCATGTCATGTTCAGCACCTGGTCCGGGTTCGCGCCACCCTGTTc > 1:46661/1‑139 (MQ=255) cACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCCATGTCATGTTCAGCAcc < 2:544734/113‑1 (MQ=255) cACCGGTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCCATGTCATGTTCAGCAcc > 1:544734/1‑113 (MQ=255) gTTGCCGGAACGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCCATGTCATGTTCAGCACCTGGTCCGGGTTCGCGCCACCCTGTTCGGCAt < 1:1199954/139‑1 (MQ=255) | TGCCATCTGGTTGCCTTCCGGCGTCCAGCTACCGGCGAAAATCCAGCAGCCACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCCATGTCATGTTCAGCACCTGGTCCGGGTTCGCGCCACCCTGTTCGGCAT > NZ_CP009273/4076927‑4077192 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |