| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 4,263,842 | T→G | intergenic (‑43/‑211) | uvrA ← / → ssb1 | excinuclease ABC subunit UvrA/single‑stranded DNA‑binding protein SSB1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 4,263,842 | 0 | T | G | 98.7% | 283.4 / NA | 75 | intergenic (‑43/‑211) | uvrA/ssb1 | excinuclease ABC subunit UvrA/single‑stranded DNA‑binding protein SSB1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base G (31/43); minor base C (1/0); total (32/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACGACAATGAGCTTGTCGCGGGGGATAACGAGGTTGATGTTTTTGAGATTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGTGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGACCTGAATGAATATACAGTATTGGAATGCATTACCCGGAGTGTTGTGTAACAATGTCTGGCCAGGTTTGTTTCCCGGAACCGAGGTC > NZ_CP009273/4263714‑4263969 | aCGACAATGAGCTTGTCGCGGGGGATAACGAGGTTGATGTTTTTGAGATTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGc < 2:700140/138‑1 (MQ=255)aCGACAATGAGCTTGTCGCGGGGGATAACGAGGTTGATGTTTTTGAGATTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCg < 1:801774/139‑1 (MQ=255)aCGACAATGAGCTTGTCGCGGGGGATAACGAGGTTGATGTTTTTGAGATTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCg < 1:869696/139‑1 (MQ=255) aTGAGCTTGTCGCGGGGGATAACGAGGTTGATGTTTTTGAGATTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATcaca < 2:668077/139‑1 (MQ=255) tGAGCTTGTCGCGGGGGATAACGAGGTTGATGTTTTTGAGATTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATcaca > 2:274800/1‑138 (MQ=255) tGAGCTTGTCGCGGGGGATAACGAGGTTGATGTTTTTGAGATTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATcaca > 2:900194/1‑138 (MQ=255) tGAGCTTGTCGCGGGGGATAACGAGGTTGATGTTTTTGAGATTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATcaca > 1:119535/1‑138 (MQ=255) gTCGCGGGGGATAACGAGGTTGATGTTTTTGAGATTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGtt > 1:118268/1‑138 (MQ=255) gTCGCGGGGGATAACGAGGTTGATGTTTTTGAGATTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGtt > 1:699224/1‑138 (MQ=255) gTCGCGGGGGATAACGAGGTTGATGTTTTTGAGATTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGtt < 1:331875/138‑1 (MQ=255) tCGCGGGGGATAACGAGGTTGATGTTTTTGAGATTATGGGTGAGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAACCGCTTTTTTGCCCGGTGGCCTGGCGCTACCGGCGATAACACACGGATaa > 2:904395/1‑139 (MQ=255) cgGGGGATAACGAGGTTGATGTTTTTGAGATTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCTCCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTa < 2:699224/139‑1 (MQ=255) gggggATAACGAGGTTGATGTTTTTGAGATTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTAt > 2:1237457/1‑139 (MQ=255) gggATAACGAGGTTGATGTTTTTGAGATTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGa > 2:933636/1‑139 (MQ=255) gggATAACGAGGTTGATGTTTTTGAGATTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGa > 1:633783/1‑139 (MQ=255) aaCGAGGTTGATGTTTTTGAGATTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGAcaca > 1:26934/1‑138 (MQ=255) gTTGATGTTTTTGAGATTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATcaca < 1:1157684/113‑1 (MQ=255) gTTGATGTTTTTGAGATTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATcaca > 2:1157684/1‑113 (MQ=255) gTTGATGTTTTTGAGATTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGAc < 2:633783/139‑1 (MQ=255) gTTGATGTTTTTGAGATTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGAc > 1:1175433/1‑139 (MQ=255) ttGATGTTTTTGAGATTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGTTCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGAcc < 1:1121920/139‑1 (MQ=255) ttGATGTTTTTGAGATTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGAcc > 2:441876/1‑139 (MQ=255) 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tGTTTTTGAGATTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGACCtgaa < 1:670557/139‑1 (MQ=255) tGTTTTTGAGATTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGACCtgaa < 1:441876/139‑1 (MQ=255) tttttGAGATTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGACCtgaat < 2:119535/138‑1 (MQ=255) tttttGAGATTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGACCtgaat < 2:136977/138‑1 (MQ=255) tttGAGATTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGACCtgaatgaa > 2:1263692/1‑139 (MQ=255) gagaTTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGACCTGAATGAata < 2:118268/138‑1 (MQ=255) gagaTTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGACCTGAATGAata < 2:1093796/138‑1 (MQ=255) agaTTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGACCTGAATGAAtata < 2:131883/139‑1 (MQ=255) agaTTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGACCTGAATGAAtata < 2:673544/139‑1 (MQ=255) agaTTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGACCTGAATGAAtata < 2:975385/139‑1 (MQ=255) agaTTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGACCTGAATGAAtata < 1:1143712/139‑1 (MQ=255) agaTTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGACCTGAATGAAtata < 1:900194/139‑1 (MQ=255) agaTTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGACCTGAATGAAtata < 1:76808/139‑1 (MQ=255) agaTTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGACCTGAATGAAtata < 1:1199014/139‑1 (MQ=255) gaTTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGACCTGAATGAAtata > 1:202463/1‑138 (MQ=255) aTTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGACCTGAATGAATATACa < 2:202463/139‑1 (MQ=255) gTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGACCTGAATGAATATACAGTATTgg < 2:815940/139‑1 (MQ=255) tGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGACCTGAATGAATATACAGTATTgg > 1:264991/1‑138 (MQ=255) tGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGACCTGAATGAATATACAGTATTGGa < 2:763998/139‑1 (MQ=255) tGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGACCTGAATGAATATACAGTATTGGa < 2:788970/139‑1 (MQ=255) cGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGACCTGAATGAata < 1:418102/125‑1 (MQ=255) cGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGACCTGAATGAata > 2:418102/1‑125 (MQ=255) cGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGACCTGAATGAATATACAGTATTGGa > 1:838226/1‑137 (MQ=255) cGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGACCTGAATGAATATACAGTATTGGa < 2:838226/137‑1 (MQ=255) 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tCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGACCTGAATGAATATACAGTATTGGAATGCATTACCCGGAGTGTTGTGTAACAATGt > 1:451083/1‑139 (MQ=255) ttAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTCCCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGACCTGAATGAATATACAGTATTGGAATGCATTACCCGGAGTGTTGTGTAACAATGTCTGGCCAGgtttgt > 1:1114007/1‑139 (MQ=255) aaCGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGACCTGAATGAATATACAGTATTGGAATGCATTACCCGGAGTGTTGTGTAACAATGTCTGGCCAGGTTTGTTTc > 1:152513/1‑139 (MQ=255) aCGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGACCTGAATGAATATACAGTATTGGAATGCATTACCCGGAGTGTTGTGTAACAATGTCTGGCCAGGTTTGTTTcc < 2:1070256/139‑1 (MQ=255) tttttGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGACCTGAATGAATATACAGTATTGGa > 1:970900/1‑85 (MQ=255) tttttGCCCGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGACCTGAATGAATATACAGTATTGGa < 2:970900/85‑1 (MQ=255) cGGTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGACCTGAATGAATATACAGTATTGGAATGCATTACCCGGAGTGTTGTGTAACAATGTCTGGCCAGGTTTGTTTCCCGGAACCGAGGTc < 2:152513/139‑1 (MQ=255) ggTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGACCTGAATGAATATACAGTATTGGAATGCATTACCCGGAgtg > 1:1286603/1‑93 (MQ=255) ggTGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGACCTGAATGAATATACAGTATTGGAATGCATTACCCGGAgtg < 2:1286603/93‑1 (MQ=255) tGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGACCtgaa > 2:671973/1‑56 (MQ=255) tGGCATGGGGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGACCtgaa < 1:671973/56‑1 (MQ=255) | ACGACAATGAGCTTGTCGCGGGGGATAACGAGGTTGATGTTTTTGAGATTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGCTTTTTTGCCCGGTGGCATGGTGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGACACAAATTGACCTGAATGAATATACAGTATTGGAATGCATTACCCGGAGTGTTGTGTAACAATGTCTGGCCAGGTTTGTTTCCCGGAACCGAGGTC > NZ_CP009273/4263714‑4263969 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |