Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 4,616,725 | C→T | L333L (CTG→TTG) | radA → | DNA repair protein RadA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 4,616,725 | 0 | C | T | 98.7% | 271.8 / ‑3.9 | 74 | L333L (CTG→TTG) | radA | DNA repair protein RadA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (35/38); total (35/39) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.37e-01 |
GCGGCGATGAAGTGACCTCCGGTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGCTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGTGCCGACT > NZ_CP009273/4616597‑4616851 | gcggcgATGAAGTGACCTCCGGTAGCTCAGAGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACaaaa > 2:465326/1‑139 (MQ=255) cggcgATGAAGTGACCTCCGGTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAAc > 1:1075881/1‑139 (MQ=255) cggcgATGAAGTGACCTCCGGTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAAc > 2:243861/1‑139 (MQ=255) aGTGACCTCCGGTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCa < 1:1257739/139‑1 (MQ=255) aCCTCCGGTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGaa < 2:120098/120‑1 (MQ=255) aCCTCCGGTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGaa > 1:120098/1‑120 (MQ=255) aCCTCCGGTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATcc > 1:1034070/1‑139 (MQ=255) cTCCGGTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCctg > 2:808067/1‑139 (MQ=255) ggTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTgctgg < 1:299364/139‑1 (MQ=255) ggTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTgctgg < 2:428681/139‑1 (MQ=255) gTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTgctggc > 2:1276121/1‑139 (MQ=255) aGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTg < 1:194269/139‑1 (MQ=255) aGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTg < 1:1276121/139‑1 (MQ=255) tGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCa > 1:119431/1‑139 (MQ=255) tGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCa > 1:982480/1‑139 (MQ=255) tGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCa < 2:119431/139‑1 (MQ=255) aTGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCAc < 1:1200159/138‑1 (MQ=255) aTGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCAc < 1:808067/138‑1 (MQ=255) gtggtATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGt > 1:1238201/1‑138 (MQ=255) gtATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTgg < 1:1118762/109‑1 (MQ=255) gtATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTgg > 2:1118762/1‑109 (MQ=255) gtATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACg < 2:923726/139‑1 (MQ=255) tATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACgg < 1:229180/139‑1 (MQ=255) aTGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTgctgg < 2:490132/119‑1 (MQ=255) aTGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTgctgg > 1:490132/1‑119 (MQ=255) ggaaggaaCGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACggtggt < 1:243861/139‑1 (MQ=255) ggaaggaaCGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACggtggt < 1:540351/139‑1 (MQ=255) aggaaCGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGTCGCTGGTCGATCACTAGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTg > 1:582021/1‑139 (MQ=255) gTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGc < 1:713771/139‑1 (MQ=255) gTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGCTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGc < 2:673096/139‑1 (MQ=255) aCTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGAt < 1:887962/139‑1 (MQ=255) aCTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGAt < 1:923795/139‑1 (MQ=255) aCTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGAt < 1:1093443/139‑1 (MQ=255) ctgctgGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGAt > 1:560251/1‑138 (MQ=255) gtggAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGAtg > 1:1133247/1‑139 (MQ=255) gaTTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGttt > 2:227945/1‑139 (MQ=255) aGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCg > 2:588981/1‑67 (MQ=255) aGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCg < 1:588981/67‑1 (MQ=255) tGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGt > 2:834255/1‑139 (MQ=255) tCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTcgg < 2:560251/139‑1 (MQ=255) aTCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTg > 1:892421/1‑80 (MQ=255) aTCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTg < 2:892421/80‑1 (MQ=255) aTCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACg < 1:1108055/90‑1 (MQ=255) aTCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACg > 2:1108055/1‑90 (MQ=255) aCTCGGTGATGGCGATCCCGCGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAGACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTGACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGt < 2:1133247/139‑1 (MQ=255) cTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTgctgg > 2:518529/1‑68 (MQ=255) cTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTgctgg < 1:518529/68‑1 (MQ=255) cGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTg > 1:643350/1‑137 (MQ=255) gatgatGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAg > 2:999716/1‑139 (MQ=255) atgatgGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAgg < 2:634381/139‑1 (MQ=255) atgatgGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAgg < 1:628393/139‑1 (MQ=255) atgGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTTGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGAtgtg > 1:1128416/1‑108 (MQ=255) atgGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGAtgtg < 2:1128416/108‑1 (MQ=255) tgGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAAc < 1:834255/139‑1 (MQ=255) cGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCAc < 2:986432/68‑1 (MQ=255) cGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCAc < 2:36137/68‑1 (MQ=255) cGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCAc > 1:986432/1‑68 (MQ=255) cGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCAc > 1:36137/1‑68 (MQ=255) cGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCg > 1:770120/1‑93 (MQ=255) cGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCg < 2:770120/93‑1 (MQ=255) cGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCg > 2:1261032/1‑138 (MQ=255) gcgTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGTGCCGa < 1:1198929/139‑1 (MQ=255) gcgTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGTGCCGa < 2:671313/139‑1 (MQ=255) cgTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTgctgg > 1:1149866/1‑44 (MQ=255) cgTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTgctgg < 2:1149866/44‑1 (MQ=255) cgTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCAc < 1:948414/55‑1 (MQ=255) cgTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCAc > 2:948414/1‑55 (MQ=255) cgTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGAt > 2:593207/1‑82 (MQ=255) cgTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGAt < 1:593207/82‑1 (MQ=255) cgTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGTGCCGAc > 1:228423/1‑139 (MQ=255) gTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGTGCCGACt > 1:1278099/1‑139 (MQ=255) gTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGTGCCGACt > 1:733110/1‑139 (MQ=255) tGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGc < 2:434522/76‑1 (MQ=255) tGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGc > 1:434522/1‑76 (MQ=255) | GCGGCGATGAAGTGACCTCCGGTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGCTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGTGCCGACT > NZ_CP009273/4616597‑4616851 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |