Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 1,083,482 | T→C | Q611R (CAA→CGA) | pgaB ← | poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine N‑deacetylase PgaB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 1,083,482 | 0 | T | C | 96.4% | 186.8 / ‑1.3 | 55 | Q611R (CAA→CGA) | pgaB | poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine N‑deacetylase PgaB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (26/27); total (27/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.24e-01 |
TTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCGAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTTTCTGCGACACCTTCCAGATAAGGCATAGCCATAATAGCGGT > NZ_CP009273/1083348‑1083615 | tttCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCGAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTcgt < 2:159690/137‑1 (MQ=255) tttCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCGAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTcgt < 1:209815/137‑1 (MQ=255) gttATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCGAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTCGTGCCTGTAATTc > 2:347658/1‑138 (MQ=255) gttATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCGAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTCGTGCCTGTAATTc > 1:438647/1‑138 (MQ=255) 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aGCGAGTTGTTGCGAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTCGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTa < 1:605952/122‑1 (MQ=255) cGAGTTGTTGCGAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTCGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGa > 2:243343/1‑139 (MQ=255) gAGTTGTTGCGAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTCGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGAt > 2:988513/1‑139 (MQ=255) tgCGAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTCGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAggg > 1:621279/1‑84 (MQ=255) tgCGAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTCGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAggg < 2:621279/84‑1 (MQ=255) aagaaATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTCGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTTTCTGCGac < 1:1242394/139‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tttttCTGCCAGTTTCGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCaa < 2:893859/80‑1 (MQ=255) tttttCTGCCAGTTTCGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTTTCTGCGACACCTTCCAGATAAGGCATAGCCa > 2:230097/1‑139 (MQ=255) ccAGTTTCGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAAt < 1:870333/73‑1 (MQ=255) ccAGTTTCGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAAt > 2:870333/1‑73 (MQ=255) ccAGTTTCGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTTTCTGCGACACCTTCCAGATAAGGCATAGCCataata < 1:1254146/136‑1 (MQ=255) ccAGTTTCGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTTTCTGCGACACCTTCCAGATAAGGCATAGCCataata < 1:1169552/136‑1 (MQ=255) ccAGTTTCGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTTTCTGCGACACCTTCCAGATAAGGCATAGCCATAATAg > 2:1290310/1‑137 (MQ=255) ccAGTTTCGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTTTCTGCGACACCTTCCAGATAAGGCATAGCCATAATAg < 1:1290310/137‑1 (MQ=255) cAGTTTCGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTTTCTGCGACACCTTCCAGATAAGGC‑TAGCCATAATAGCGGt < 2:365030/139‑1 (MQ=255) | TTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCGAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTTTCTGCGACACCTTCCAGATAAGGCATAGCCATAATAGCGGT > NZ_CP009273/1083348‑1083615 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |