Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 2,985,850 | A→G | D133G (GAT→GGT) | ygeH → | HilA family transcriptional regulator YgeH |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 2,985,850 | 0 | A | G | 90.3% | 93.9 / 2.7 | 31 | D133G (GAT→GGT) | ygeH | HilA family transcriptional regulator YgeH |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/2); new base G (14/14); total (15/16) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.80e-01 |
TTGCATAGAAACAATCTACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATT > NZ_CP009273/2985719‑2985966 | ttGCATAGAAACAATCTACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGGTCCAtt > 1:375954/1‑138 (MQ=255) ttGCATAGAAACAATCTACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGGTCCAtt > 1:776646/1‑138 (MQ=255) aaaCAATCTACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGGTCCATTAATACTTaa > 1:376571/1‑139 (MQ=255) ccGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGGTCCATTAATACTTAATCAGGAAt < 2:375072/137‑1 (MQ=255) aGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGGTCCATTAATACTTAATCAGGAAt > 2:832410/1‑131 (MQ=255) aGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGGTCCATTAATACTTAATCAGGAAt < 1:832410/131‑1 (MQ=255) gTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGGTCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAAt > 1:768161/1‑139 (MQ=255) cAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGGTCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCaaa > 1:773362/1‑138 (MQ=255) gTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGGTCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCg < 2:382029/139‑1 (MQ=255) ttCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGGTCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGAt < 1:101624/138‑1 (MQ=255) ttCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGGTCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGAt < 2:194774/138‑1 (MQ=255) ttCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGGTCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGAt < 2:375954/138‑1 (MQ=255) ttCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGGTCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGAt < 2:376571/138‑1 (MQ=255) ttCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGAt < 2:276353/138‑1 (MQ=255) tCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGGTCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATg < 1:817909/138‑1 (MQ=255) tCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGGTCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATg < 2:705681/138‑1 (MQ=255) aaaCTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTGCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGGTCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGtct < 2:837244/139‑1 (MQ=255) cAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGGTCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACaaa > 2:296238/1‑139 (MQ=255) aGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGGTCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAAt > 1:671307/1‑139 (MQ=255) aCTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGGTCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAAttt < 1:495634/139‑1 (MQ=255) ttCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGGTCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTg > 1:734666/1‑138 (MQ=255) ttCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTg > 1:245902/1‑138 (MQ=255) cATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAAt < 2:245902/139‑1 (MQ=255) atatTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGGTCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATg < 1:681048/91‑1 (MQ=255) atatTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGGTCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATg > 2:681048/1‑91 (MQ=255) tttCACTACTTCATTGAATACACTGGGTCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATg < 1:741947/83‑1 (MQ=255) tttCACTACTTCATTGAATACACTGGGTCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATg > 2:741947/1‑83 (MQ=255) tttCACTACTTCATTGAATACACTGGGTCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCa > 2:533205/1‑138 (MQ=255) tttCACTACTTCATTGAATACACTGGGTCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCa > 2:694655/1‑138 (MQ=255) ttCACTACTTCATTGAATACACTGGGTCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCaa > 1:264667/1‑138 (MQ=255) actactTCATTGAATACACTGGGTCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAatt < 2:264667/139‑1 (MQ=255) | TTGCATAGAAACAATCTACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATT > NZ_CP009273/2985719‑2985966 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |