Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 3,540,121 | C→T | G68G (GGC→GGT) | gntT → | gluconate transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 3,540,121 | 0 | C | T | 87.2% | 106.9 / 7.6 | 39 | G68G (GGC→GGT) | gntT | gluconate transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/3); new base T (14/20); total (16/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.43e-01 |
GCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCACGCTGATTGCCAAATTTGGTAAAAAACACATCCAGTGGGCGGTGGTACTGACCGGTTTTACCGTTGGTTTTGCC > NZ_CP009273/3539996‑3540250 | gCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGTGCAATGCTGGGCa < 2:576749/139‑1 (MQ=255) ctcGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGTGCAATGCTGGGCaaaa > 2:138067/1‑139 (MQ=255) gTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGTGCAATGCTGGGCaaaa < 2:41228/136‑1 (MQ=255) tGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGTGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGa < 1:146038/139‑1 (MQ=255) ttGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGTGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGgcg < 1:183212/138‑1 (MQ=255) ggATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGTGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGca < 2:147512/138‑1 (MQ=255) ggATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGTGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGca < 1:616574/138‑1 (MQ=255) ggATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGca < 1:251451/138‑1 (MQ=255) tGCAAGGAATGCCGCTGGATTATTGTCCTCGCGCCCGCATAGCCGGACTCACGTCGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTGTTTTTCCTTTTGTGGTTAATATGAGGGCACACTGCGGTGGCGCACAACGTAt < 2:853706/139‑1 (MQ=255) ggAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGTGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGcca > 1:671100/1‑139 (MQ=255) ggAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGcac < 1:51281/127‑1 (MQ=255) ggAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGcac > 2:51281/1‑127 (MQ=255) gCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGTGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACaa < 2:319208/124‑1 (MQ=255) gCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGTGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACaa > 1:319208/1‑124 (MQ=255) gCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGTGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCACg > 2:732579/1‑139 (MQ=255) ttGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGTGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCACGCTGATTGCCAAATTTgg > 2:102922/1‑139 (MQ=255) ttGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCACGCTGATTGCCAAATTTgg > 1:811259/1‑139 (MQ=255) aGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGTGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCACGCTGATTGCCAAATTTGGTAAAAAACACATc < 1:564359/139‑1 (MQ=255) gtgtCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCACGCTGATTGCCAAATTTGGTAAAAAACACATCCAGTg < 2:345215/139‑1 (MQ=255) tgtCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGTGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCACGCTGATTGCCAAATTTGGTAAAAAACACATCCAGTgg > 2:757500/1‑139 (MQ=255) tCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGTGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCACGCTGATTGCCAAATTTGGTAAAAAACACATCCAGTggg < 2:671100/138‑1 (MQ=255) cGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGTGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCgg > 1:252949/1‑63 (MQ=255) cGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGTGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCgg < 2:252949/63‑1 (MQ=255) ggTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGTGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCACGCTGATTGCCAAATTTGGTAAAAAACACAGCCAGTGGGCGGTGGTACTGAc < 1:138067/137‑1 (MQ=255) tGCCCTGATCATGGGTTTTGGTGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGca < 2:4694/61‑1 (MQ=255) tGCCCTGATCATGGGTTTTGGTGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGca > 1:4694/1‑61 (MQ=255) aTCATGGGTTTTGGTGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCACGCTGATTGCCAAATTTGGTAAAAAACACATCCAGTGGGCGGTGGTACTGACCGGTTTTACCGTTGGtt > 1:258241/1‑139 (MQ=255) aTCATGGGTTTTGGTGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCACGCTGATTGCCAAATTTGGTAAAAAACACATCCAGTGGGCGGTGGTACTGACCGGTTTTACCGTTGGtt > 2:180020/1‑139 (MQ=255) aTCATGGGTTTTGGTGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCACGCTGATTGCCAAATTTGGTAAAAAACACATCCAGTGGGCGGTGGTACTGACCGGTTTTACCGTTGGtt > 2:143971/1‑139 (MQ=255) aTCATGGGTTTTGGTGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCACGCTGATTGCCAAATTTGGTAAAAAACACATCCAGTGGGCGGTGGTACTGACCGGTTTTACCGTTGGtt > 1:649706/1‑139 (MQ=255) gggTTTTGGTGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCACGCTGATTGCCAAATTTGGTAAAAAACACATCCAGTGGGCGGTGGTACTGAc > 1:76325/1‑117 (MQ=255) gggTTTTGGTGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCACGCTGATTGCCAAATTTGGTAAAAAACACATCCAGTGGGCGGTGGTACTGAc < 2:76325/117‑1 (MQ=255) ggTTTTGGTGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCACGCTGATTGCCAAATTTGGTAAAAAACACATCCAGTGGGCGGTGGTACTGACCGGTTTTACCGTTGGTTTTGcc < 1:410893/138‑1 (MQ=255) ggTTTTGGTGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCACGCTGATTGCCAAATTTGGTAAAAAACACATCCAGTGGGCGGTGGTACTGACCGGTTTTACCGTTGGTTTTGcc < 1:757500/138‑1 (MQ=255) ggTTTTGGTGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCACGCTGATTGCCAAATTTGGTAAAAAACACATCCAGTGGGCGGTGGTACTGACCGGTTTTACCGTTGGTTTTGcc < 2:649706/138‑1 (MQ=255) ggTTTTGGTGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCACGCTGATTGCCAAATTTGGTAAAAAACACATCCAGTGGGCGGTGGTACTGACCGGTTTTACCGTTGGTTTTGcc < 1:732579/138‑1 (MQ=255) ggTTTTGGTGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCACGCTGATTGCCAAATTTGGTAAAAAACACATCCAGTGGGCGGTGGTACTGACCGGTTTTACCGTTGGTTTTGcc < 1:516428/138‑1 (MQ=255) ttGGTGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCACGCTGATTGCCAAAtt < 2:672769/76‑1 (MQ=255) ttGGTGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCACGCTGATTGCCAAAtt > 1:672769/1‑76 (MQ=255) | GCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCACGCTGATTGCCAAATTTGGTAAAAAACACATCCAGTGGGCGGTGGTACTGACCGGTTTTACCGTTGGTTTTGCC > NZ_CP009273/3539996‑3540250 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |