| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 612,012 | 0 | T | G | 53.3% | 10.7 / 21.4 | 15 | G800G (GGT→GGG) | entF | enterobactin non‑ribosomal peptide synthetase EntF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/6); new base G (8/0); total (9/6) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.40e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.72e-04 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TGTCAGCTGGTATCCGGCTTTTGGCGAGGAACTGGCACAGGTGCGCGGCAGCAGTGTGCCGATTGGTTATCCGGTATGGAATACGGGTCTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCGCCGGGTGTGGCGGGTGATCTCTATCTCACTGGCATTCAACTGGCGCAGGGCTATCTCGGACGCCCCGATCTGACCGCCAGCCGCTTTATTGCCGATCCTTTTGCCCCAGGTGAACGGATGTACCGTACCGGAGACGTTGCCCGCT > NZ_CP009273/611874‑612142 | tGTCAGCTGGTATCCGGCTTTTGGCGAGGAACTGGCACAGGTGCGCGGCAGCAGTGTGCCGATTGGTTATCCGGTATGGAATACGGGTCTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCGCCGGGTGTGGCGGGt < 2:222531/139‑1 (MQ=255) tCAGCTGGTATCCGGCTTTTGGCGAGGAACTGGCACAGGTGCGCGGCAGCAGTGTGCCGATTGGTTATCCGGTATGGAATACGGGTCTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCGCCGGGTGTGGCGGGTg < 1:347664/138‑1 (MQ=255) cgGCAGCAGTGTGCCGATTGGTTATCCGGTATGGAATACGGGTCTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCGCCGGGTGTGGCGGGGGGTATTTATCACACCGGCTTTATACCGGCGCAGGGATCTCCCggg > 2:131236/1‑138 (MQ=255) tgCCGATTGGTTATCCGGTATGGAATACGGGTCTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCGCCGGGTGTGGCGGGGGGTCTTTTTCTCACTGGCATTTAAATGGCGCCGGGGCATTTCGGCCGcccccgcct > 2:57390/1‑134 (MQ=255) tgCCGATTGGTTATCCGGTATGGAATACGGGTCTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCGCCGGGTGTGGCGGGGGGGTTCTTTTTCTCCTGCCTTTAACTTGCGCCGGGGGATCTCGGGCGCCCCgcact > 1:16636/1‑135 (MQ=255) aTTGGTTATCCGGTATGGAATACGGGTCTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCGCCGGGTGTGGCGGGTg < 1:88625/79‑1 (MQ=255) aTTGGTTATCCGGTATGGAATACGGGTCTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCGCCGGGTGTGGCGGGTg > 2:88625/1‑79 (MQ=255) gggTCTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCGCCGGGTGTGGCGGGGGATTTCTTTTTCACTGGCATTCAACTGGGGGAGGGGTATCTCGGGCGCCCCCCTCTGACCCCCAGCCGCCTTATTTCCGATCCt > 1:136815/1‑139 (MQ=255) gggTCTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCGCCGGGTGTGGCGGGGGATCTCTTTCTCCCTGGCCTTCCACTGGCGGCGGGGGCTCTCGGGCGCCCCGGTCTGACCGCCCGCCGCCTTTTTTCCCATCCt > 1:419672/1‑139 (MQ=255) ggTCTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCGCCGGGTGTGGCGGGTGATCTCTATCTCACTGGCATTCAACTGGCGCAGGGCTATCTCGGACGCCCCGATCTGACCGCCAGCCGCTTTATTGCCGATCCtt < 1:353812/139‑1 (MQ=255) gTCTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCGCCGGGTGTGGCGGGGGATCTCTTTCTCTCTCGCATTCAACTGGCGCAGGGGTGTCTCGGACGCCCCCCTCTTTCCGCCCGCCGCCTTTTTTCCCATCCttt > 1:492788/1‑139 (MQ=255) ttCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCGCCGGGTGTGGCGGGTGATCTCTATCTCACTGGCATTCAACTGGCGCAGGGCTATCTCGGACGCCCCGATCTGACCGCCAGCCGCTTTATTGCCGATCCTTTTGCCCCAg < 2:16636/138‑1 (MQ=255) atgatgCATCCGGTGCCGCCGGGTGTGGCGGGGGATCTCTCTCTCACTGGCGTTCAACTGGCGGCGGGGGGTCTCGGGCGCCCCCGCCTGTCCGCCCGCCCCCTTTTTGCCGCGCCTTTTTCCCCCGGGGGACGGgtgt > 2:46583/1‑139 (MQ=255) tgatgCATCCGGTGCCGCCGGGTGTGGCGGGTGATCTCTATCTCACTGGCATTCAACTGGCGCAGGGCTATCTCGGACGCCCCGATCTGACCGCCAGCCGCTTTATTGCCGATCCTTTTGCCCCAGGTGAACGGATgta < 1:57390/139‑1 (MQ=255) ggTGCCGCCGGGTGTGGCGGGGGATATCTATCTCACCCGCATTCAACCGGCGCCGGGGTATCTCGGGCGCCCCGCTCTGACCGCCAGCCGCCTTTTTTCCGATTCTTTTTTCCCAGGGGGACGGGCgtaccctacccgg > 2:228920/1‑136 (MQ=255) tgGCGGGTGATCTCTATCTCACTGGCATTCAACTGGCGCAGGGCTATCTCGGACGCCCCGATCTGACCGCCAGCCGCTTTATTGCCGATCCTTTTGCCCCAGGTGAACGGATGTACCGTACCGGAGACGTTGCCCgct < 1:52492/138‑1 (MQ=255) | TGTCAGCTGGTATCCGGCTTTTGGCGAGGAACTGGCACAGGTGCGCGGCAGCAGTGTGCCGATTGGTTATCCGGTATGGAATACGGGTCTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCGCCGGGTGTGGCGGGTGATCTCTATCTCACTGGCATTCAACTGGCGCAGGGCTATCTCGGACGCCCCGATCTGACCGCCAGCCGCTTTATTGCCGATCCTTTTGCCCCAGGTGAACGGATGTACCGTACCGGAGACGTTGCCCGCT > NZ_CP009273/611874‑612142 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |