Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 1,476,395 | 0 | A | G | 67.6% | 45.0 / 31.3 | 37 | R418R (AGA→AGG) | ynbD | phosphatase PAP2/dual specificity phosphatase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (6/6); new base G (13/12); total (19/18) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.91e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
CGTTCTGGTCCATTGTGCATTGGGATTATCGCGCAGTGCGCTGGTGGTGGCGGCATGGTTGTTATGTTACGGACACTGTAAAACCGTTAATGAAGCGATTAGCTATATTCGAGCCAGACGCCCGCAGATTGTGCTGACAGACGAGCACAAAGCGATGCTGAGATTATGGGAAAACAGGTAAGTGGATTGAGATGTGGACTGAATATCTACAGTCCACATCAAGA > NZ_CP009273/1476278‑1476501 | cGTTCTGGTCCATTGTGCATTGGGATTATCGCGCAGTGCGCTGGTGGTGGCGGCATGGTTGTTATGTTACGGACACTGTAAAACCGTTAATGAAGCGATTAGCTATATTCGAGCCAGGCGCCCGCAGATTGTGCTGa < 2:90856/137‑1 (MQ=255) cGTTCTGGTCCATTGTGCATTGGGATTATCGCGCAGTGCGCTGGTGGTGGCGGCATGGTTGTTATGTTACGGACACTGTAAAACCGTTAATGAAGCGATTAGCTATATTCGAGCCAGGCGCCCGCAGATTGTGCTGa > 1:90856/1‑137 (MQ=255) ttGTGCATTGGGATTATCGCGCAGTGCGCTGGTGGTGGCGGCATGGTTGTTATGTTACGGACACTGTAAAACCGTTAATGAAGCGATTAGCTATATTCGAGCCAGGCGCCCGCAGATTGTGCTGACAGACGAGcaca > 2:63334/1‑137 (MQ=255) tGGGATTATCGCGCAGTGCGCTGGTGGTGGCGGCATGGTTGTTATGTTACGGACACTGTAAAACCGTTAATGAAGCGATTAGCTATATTCGAGCCAGGCGCCCGCAGATTGTGCTGACAGACGAGCACAAAGCGATGCt > 1:131290/1‑139 (MQ=255) ggATTATCGCGCAGTGCGCTGGTGGTGGCGGCATGGTTGTTATGTTACGGACACTGTAAAACCGTTAATGAAGCGATTAGCTATATTCGAGCCAGGCGCCCGCAGATTGTGCTGACAGACGAGCACAAAGCGATGCt > 1:407011/1‑137 (MQ=255) cAGTGCGCTGGTGGTGGCGGCATGGTTGTTATGTTACGGACACTGTAAAACCGTTAATGAAGCGATTAGCTATATTCGAGCCAGACGCCCGCAGATTGTGCTGACAGACGAGCACAAAGCGATGCTGAGATTATGGGa > 2:556871/1‑138 (MQ=255) cgcTGGTGGTGGCGGCATGGTTGTTATGTTACGGACACTGTAAAACCGTTAATGAAGCGATTAGCTATATTCGAGCCAGGCGCCCGCAGATTGTGCTGACAGACGAGcaca < 1:166315/111‑1 (MQ=255) cgcTGGTGGTGGCGGCATGGTTGTTATGTTACGGACACTGTAAAACCGTTAATGAAGCGATTAGCTATATTCGAGCCAGGCGCCCGCAGATTGTGCTGACAGACGAGcaca > 2:166315/1‑111 (MQ=255) cgcTGGTGGTGGCGGCATGGTTGTTATGTTACGGACACTGTAAAACCGTTAATGAAGCGATTAGCTATATTCGAGCCAGGCGCCCGCAGATTGTGCTGACAGACGAGCACAAAGCGATGCTGAGATTATGGGAAAACAg > 2:364676/1‑139 (MQ=255) gtggCGGCATGGTTGTTATGTTACGGACACTGTAAAACCGTTAATGAAGCGATTAGCTATATTCGAGCCAGACGCCCGCAGAtt < 1:218154/84‑1 (MQ=255) gtggCGGCATGGTTGTTATGTTACGGACACTGTAAAACCGTTAATGAAGCGATTAGCTATATTCGAGCCAGACGCCCGCAGAtt > 2:218154/1‑84 (MQ=255) gtggCGGCATGGTTGTTATGTTACGGACACTGTAAAACCGTTAATGAAGCGATTAGCTATATTCGAGCCAGACGCCCGCAGATTGTGCTGACAGACGAGCACAAAg < 2:241280/106‑1 (MQ=255) gtggCGGCATGGTTGTTATGTTACGGACACTGTAAAACCGTTAATGAAGCGATTAGCTATATTCGAGCCAGACGCCCGCAGATTGTGCTGACAGACGAGCACAAAg > 1:241280/1‑106 (MQ=255) gcggcATGGTTGTTATGTTACGGACACTGTAAAACCGTTAATGAAGCGATTAGCTATATTCGAGCCAGGCGCCCGCAGATTGTGCTGACAGACGAGCACAAAGCGATGCTGAGATTATGGGAAAACAGGTAAGTGGAtt < 1:364676/139‑1 (MQ=255) gttgttATGTTACGGACACTGTAAAACCGTTAATGAAGCGATTAGCTATATTCGAGCCAGGCGCCCGCAGATTGTGCTGACAGACGAGCACAAAGCGATGCTGAGATTATGGGAAAACAGGTAAGTGGATTGAGAtgtg < 2:407011/139‑1 (MQ=255) ttatgttaCGGACACTGTAAAACCGTTAATGAAGCGATTAGCTATATTCGAGCCAGGCGCCCGCAGATTGTGCTGACAGACGAGCACAAAGCGATGCTGAGATTATGGGAAAACAGGTAAGTGGATTGAGATGTGGAc < 2:131290/138‑1 (MQ=255) ttatgttaCGGACACTGTAAAACCGTTAATGAAGCGATTAGCTATATTCGAGCCAGACGCCCGTAGATTGTGCTGACAGACGAGCACAAAGCGATGCTGAGATTATGGGAAAACAGGTAAGTGGATTGAGATGTGGAc < 2:519931/138‑1 (MQ=255) ttatgttaCGGACACTGTAAAACCGGTAATGAAGAGATTAGCTATATTCGAGCCAGACGCCCGCAGATTGTGCTGACAGACGAGCACAAAGCGATGCTGAGATTATGGGAAAACAGGTAAGTGGATTGAGATGTGGAc < 1:226581/138‑1 (MQ=255) ttaCGGACACTGTAAAACCGTTAATGAAGCGATTAGCTATATTCGAGCCAGGCGCCCGCAGATTGTGCTGACAGACGAGCACAAAGCGATGCTGAGATTATGGGAAAACAGGTAAGTGGATTGAGATGTGGACTGAata > 2:22392/1‑139 (MQ=255) aCGGACACTGTAAAACCGTTAATGAAGCGATTAGCTATATTCGAGCCAGGCGCCCGCAGATTGTGCTGACAGACGAGCACAAAGCGATGCTGAGATTATGGGAAAACAGGTAAGTGGATTGAGATGTGGACTGAATATc > 1:355365/1‑139 (MQ=255) ggACACTGTAAAACCGTTAATGAAGCGATTAGCTATATTCGAGCCAGGCGCCCGCAGATTGTGCTGACAGACGAGCACAAAGCGATGCTGAGATTATGGGAAAACAGGTAAGTGGATTGAGATGTGGACTGAATATCTa < 2:355365/139‑1 (MQ=255) cTGTAAAACCGTTAATGAAGCGATTAGCTATATTCGAGCCAGGCGCCCGCAGATTGTGCTGACAGACGAGCACAAAGCGATGCTGAGATTATGGGAAAACAGGTAAGTGGATTGAGATGTGGACTGAATATCTACAGTc < 1:63334/139‑1 (MQ=255) tGTAAAACCGTTAATGAAGCGATTAGCTATATTCGAGCCAGGCGCCCGCAGATTGTGCTGACAGACGAGCACAAAGCGATGCTGAGATTATGGGAAAACAGGTAAGTGGATTGAGAt < 1:484267/117‑1 (MQ=255) tGTAAAACCGTTAATGAAGCGATTAGCTATATTCGAGCCAGGCGCCCGCAGATTGTGCTGACAGACGAGCACAAAGCGATGCTGAGATTATGGGAAAACAGGTAAGTGGATTGAGAt > 2:484267/1‑117 (MQ=255) tGTAAAACCGTTAATGAAGCGATTAGCTATATTCGAGCCAGGCGCCCGCAGATTGTGCTGACAGACGAGCACAAAGCGATGCTGAGATTATGGGAAAACAGGTAAGTGGATTGAGATGTGGACTGAATATCTACAGTc > 2:181375/1‑138 (MQ=255) tGTAAAACCGTTAATGAAGCGATTAGCTATATTCGAGCCAGACGCCCGCAGATTGTGCTGACAGACGAGCACAAAGCGATGCTGAGATTATGGGAAAACAGGTAAGTGGATTGAGATGTGGACTGAATATCTACAGTc > 1:478946/1‑138 (MQ=255) tGTAAAACCGTTAATGAAGCGATTAGCTATATTCGAGCCAGACGCCCGCAGATTGTGCTGACAGACGAGCACAAAGCGATGCTGAGATTATGGGAAAACAGGTAAGTGGATTGAGATGTGGACTGAATATCTACAGTc > 2:281673/1‑138 (MQ=255) tAAAACCGTTAATGAAGCGATTAGCTATATTCGAGCCAGGCGCCCGCAGATTGTGCTGa > 1:71530/1‑59 (MQ=255) tAAAACCGTTAATGAAGCGATTAGCTATATTCGAGCCAGGCGCCCGCAGATTGTGCTGa < 2:71530/59‑1 (MQ=255) gTTAATGAAGCGATTAGCTATATTCGAGCCAGGCGCCCGCAGATTGTGCTGACAGACGAGCACAAAGCGATGCTGAGATTATGGGAAAACAGGTAAGTGGATTGAGATGTGGACTGAATATCTACAGTCCACATCAAGa < 1:181375/139‑1 (MQ=255) gTTAATGAAGCGATTAGCTATATTCGAGCCAGACGCCCGCAGATTGTGCTGACAGACGAGCACAAAGCGATGCTGAGATTATGGGAAAACAGGTAAGTGGATTGAGATGTGGACTGAATATCTACAGTCCACATCAAGa < 1:556871/139‑1 (MQ=255) ttAATGAAGCGATTAGCTATATTCGAGCCAGACGCCCGCAGATTGTGCTGACAGACGAGCACAAAGCGATGCTGAGATTATGGGAAAACAGGTAAGTGGATTGAGATGTGGACTGAATATCTACAGTc < 1:190376/128‑1 (MQ=255) ttAATGAAGCGATTAGCTATATTCGAGCCAGACGCCCGCAGATTGTGCTGACAGACGAGCACAAAGCGATGCTGAGATTATGGGAAAACAGGTAAGTGGATTGAGATGTGGACTGAATATCTACAGTc > 2:190376/1‑128 (MQ=255) gATTAGCTATATTCGAGCCAGGCGCCCGCAGATTGTGCTGACAGACGAGCACAAAGCGATGCt > 1:256415/1‑63 (MQ=255) gATTAGCTATATTCGAGCCAGGCGCCCGCAGATTGTGCTGACAGACGAGCACAAAGCGATGCt < 2:256415/63‑1 (MQ=255) aGCCAGGCGCCCGCAGATTGTGCTGACAGACGAGCACAAAGCGATGCTGAGATTATGGGAAAACAGGTAAGTGGATTGAGATGTGGACTGAATATCTACAGTc < 2:481511/103‑1 (MQ=255) aGCCAGGCGCCCGCAGATTGTGCTGACAGACGAGCACAAAGCGATGCTGAGATTATGGGAAAACAGGTAAGTGGATTGAGATGTGGACTGAATATCTACAGTc > 1:481511/1‑103 (MQ=255) | CGTTCTGGTCCATTGTGCATTGGGATTATCGCGCAGTGCGCTGGTGGTGGCGGCATGGTTGTTATGTTACGGACACTGTAAAACCGTTAATGAAGCGATTAGCTATATTCGAGCCAGACGCCCGCAGATTGTGCTGACAGACGAGCACAAAGCGATGCTGAGATTATGGGAAAACAGGTAAGTGGATTGAGATGTGGACTGAATATCTACAGTCCACATCAAGA > NZ_CP009273/1476278‑1476501 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |