| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 2,778,556 | 0 | A | . | 60.0% | ‑3.2 / 15.7 | 10 | intergenic (‑186/+565) | BW25113_RS25705/BW25113_RS13825 | DUF5507 domain‑containing protein/tRNA‑Ile |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/2); new base . (2/4); total (4/6) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.75e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TAAAAAAACGCTCATTTGAGACAATTACTGACATTAACTGCTTCACTTGCTACGCATGGAACTTTTAATTAAATTAGCACAGGAATGTTAAATTTAATAAACAAAAGGTTATTTCGCTGTATGATAAAAAAAACCGTTATAATTTATTAGTGAAAATCGTTTTTCAAGTGTTAGAAATTTATATCTCAATAGCGTTGGTTAATGAGCATAGCCACGCTCCTGTAACGCTCACAAAACTCATCTGCCTGCGGCGGGTGTT > NZ_CP009273/2778431‑2778689 | taAAAAAACGCTCATTTGAGACAATTACTGACATTAACTGCTTCACTTGCTACGCATGGAACTTTTAATTAAATTAGCACAGGAATGTTAAATTTAATAAACAAAAGGTTATTTCGCTGTATGAT‑AAAAAAACCGTta < 1:152618/138‑1 (MQ=255) aTTAACTGCTTCACTTGCTACGCATGGAACTTTTAATTAAATTAGCACAGGAATGTTAAATTTAATAAACAAAAGGTTATTTCGCTGTATGATAAAAAAAACCGTTATAATTTATTAGTGAAAATCGTTTTTCAAgtgt > 1:101559/1‑139 (MQ=255) tAACTGCTTCACTTGCTACGCATGGAACTTTTAATTAAATTAGCACAGGAATGTTAAATTTAATAAACAAAAGGTTATTTCGCTGTATGATAAAAAAAACCGTTATAATTTATTAGTGAAAATCGTTTTTCAAgtgt > 2:324679/1‑137 (MQ=255) cTTGCTACGCATGGAACTTTTAATTAAATTAGCACAGGAATGTTAAATTTAATAAACAAAAGGTTATTTCGCTGTATGATAAAAAAAACCGTTATAATTTATTAGTGAAAATCGTTTTTCAAGTGTTAGAAATTTatat < 1:239248/139‑1 (MQ=255) ttttAATTAAATTAGCACAGGAATGTTAAATTTAATAAACAAAAGGTTATTTCGCTGTATGAT‑AAAAAAACCGTTATAATTTATTAGTGAAAATCGTTTTTCAAGTGTTAGAAATTTATATCTCAATAGCGTTGGTTaa > 2:443674/1‑139 (MQ=255) ttaattaaATTAGCACAGGAATGTTAAATTTAATAAACAAAAGGTTATTTCGCTGTATGATAAAAAAAACCGTTATAATTTATTAGTGAAAATCGTTTTTCAAGTGTTAGAAATTTATATCTCAATAGCGTTGGTTa < 2:530516/137‑1 (MQ=255) attaGCACAGGAATGTTAAATTTAATAAACAAAAGGTTATTTCGCTGTATGAT‑AAAAAAACCGTTATAATTTATTAGTGAAAATCGTTTTTCAAGTGTTAGAAATTTatat > 1:1780/1‑111 (MQ=255) attaGCACAGGAATGTTAAATTTAATAAACAAAAGGTTATTTCGCTGTATGAT‑AAAAAAACCGTTATAATTTATTAGTGAAAATCGTTTTTCAAGTGTTAGAAATTTatat < 2:1780/111‑1 (MQ=255) aGCACAGGAATGTTAAATTTAATAAACAAAAGGTTATTTCGCTGTATGAT‑AAAAAAACCGTTATAATTTATTAGTGAAAATCGTTTTTCAAGTGTTAGAAATTTATATCTCAATAGCGTTGGTTAATGAGCATAGCCa < 2:202670/138‑1 (MQ=255) tATGAT‑AAAAAAACCGTTATAATTTATTAGTGAAAATCGTTTTTCAAGTGTTAGAAATTTATATCTCAATAGCGTTGGTTAATGAGCATAGCCACGCTCCTGTAACGCTCACAAAACTCATCTGCCTGCGGCGGGTGtt < 1:397386/139‑1 (MQ=255) | TAAAAAAACGCTCATTTGAGACAATTACTGACATTAACTGCTTCACTTGCTACGCATGGAACTTTTAATTAAATTAGCACAGGAATGTTAAATTTAATAAACAAAAGGTTATTTCGCTGTATGATAAAAAAAACCGTTATAATTTATTAGTGAAAATCGTTTTTCAAGTGTTAGAAATTTATATCTCAATAGCGTTGGTTAATGAGCATAGCCACGCTCCTGTAACGCTCACAAAACTCATCTGCCTGCGGCGGGTGTT > NZ_CP009273/2778431‑2778689 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |