Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 3,680,730 | 0 | A | G | 62.7% | 35.8 / 60.6 | 51 | S602P (TCC→CCC) | bcsC | cellulose synthase complex outer membrane protein BcsC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (11/8); new base G (15/17); total (26/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.65e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
TATCCACTTCCGTCAGACCAAGAATGGCGTCGGCGTTAGCTGGCTCCCGCGTCAGGACATTCTGATATGCAGCGCGGGCGGCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGAAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCAC > NZ_CP009273/3680592‑3680864 | tatCCACTTCCGTCAGACCAAGAATGGCGTCGGCGTTAGCTGGCTCCCGCGTCAGGACATTCTGATATGCAGCGCGGGCGGCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGa < 1:49136/139‑1 (MQ=255) tCCACTTCCGTCAGACCAAGAATGGCGTCGGCGTTAGCTGGCTCCCGCGTCAGGACATTCTGATATGCAGCGCGGGCGGCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGGAg < 1:139140/139‑1 (MQ=255) tCCACTTCCGTCAGACCAAGAATGGCGTCGGCGTTAGCTGGCTCCCGCGTCAGGACATTCTGATATGCAGCGCGGGCGGCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGGAg > 1:169901/1‑139 (MQ=255) ttCCGTCAGACCAAGAATGGCGTCGGCGTTAGCTGGCTCCCGCGTCAGGACATTCTGATATGCAGCGCGGGCGGCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGGAggtggt > 1:142194/1‑139 (MQ=255) ttCCGTCAGACCAAGAATGGCGTCGGCGTTAGCTGGCTCCCGCGTCAGGACATTCTGATATGCAGCGCGGGCGGCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGGAggtggt > 1:86290/1‑139 (MQ=255) tCAGACCAAGAATGGCGTCGGCGTTAGCTGGCTCCCGCGTCAGGACATTCTGATATGCAGCGCGGGCGGCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGAAGGTGGTTGCTg > 1:44687/1‑139 (MQ=255) aCCAAGAATGGCGTCGGCGTTAGCTGGCTCCCGCGTCAGGACATTCTGATATGCAGCGCGGGCGGCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGGAGGTGGTTGCTGgcgc < 2:142194/139‑1 (MQ=255) aaGAATGGCGTCGGCGTTAGCTGGCTCCCGCGTCAGGACATTCTGATATGCAGCGCGGGCGGCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGGAGGTGGTTGCTGGCgcagc < 2:371791/139‑1 (MQ=255) cGTCGGCGTTAGCTGGCTCCCGCGTCAGGACATTCTGATATGCAGCGCGGGCGGCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGGAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATcgcttc > 2:365501/1‑139 (MQ=255) cAGGACATTCTGATATGCAGCGCGGGCGGCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGAAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTtct > 1:103745/1‑139 (MQ=255) aGGACATTCTGATATGCAGCGCGGGCGGCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGGAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTtctc > 2:195048/1‑139 (MQ=255) gACATTCTGATATGCAGCGCGGGCGGCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGGAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGc < 2:121936/139‑1 (MQ=255) cATTCTGATATGCAGCGCGGGCGGCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGGAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAg < 2:77686/139‑1 (MQ=255) cATTCTGATATGCAGCGCGGGCGGCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGAAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAg < 2:20449/139‑1 (MQ=255) tCTGATATGCAGCGCGGGCGGCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGGAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCg > 1:331437/1‑139 (MQ=255) tCTGATATGCAGCGCGGGCGGCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGAAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCg > 2:339729/1‑139 (MQ=255) tatGCAGCGCGGGCGGCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGGAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAg < 2:331437/139‑1 (MQ=255) tatGCAGCGCGGGCGGCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGAAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAg > 1:509579/1‑139 (MQ=255) tGCAGCGCGGGCGGCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGGAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCg > 1:29278/1‑139 (MQ=255) tGCAGCGCGGGCGGCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGGAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCg < 1:61685/139‑1 (MQ=255) aGCGCGGGCGGCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGGAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCgggt > 2:257157/1‑137 (MQ=255) cgcgGGCGGCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGGAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCgg > 2:460478/1‑135 (MQ=255) cgcgGGCGGCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGGAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCgg < 1:460478/135‑1 (MQ=255) cgcgGGCGGCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGGAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTc > 2:4870/1‑139 (MQ=255) cgcgGGCGGCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGAAGGTGGTTGCTGGCGCAGCAt > 1:471214/1‑88 (MQ=255) cgcgGGCGGCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGAAGGTGGTTGCTGGCGCAGCAt < 2:471214/88‑1 (MQ=255) cgcgGGCGGCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGAAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTc > 1:359851/1‑139 (MQ=255) cgcgGGCGGCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGAAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTc > 2:21649/1‑139 (MQ=255) cgggcggCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGAAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTc > 1:440292/1‑137 (MQ=255) ggTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGGAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGa < 1:195048/139‑1 (MQ=255) ggTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGAAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGa < 1:21649/139‑1 (MQ=255) cgtcgtTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGGAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCa < 1:459250/139‑1 (MQ=255) tcgtTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGGAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGt > 1:429722/1‑139 (MQ=255) cgcCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGGAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAAcc < 1:334138/139‑1 (MQ=255) cgcCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGGAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAAcc < 2:314173/139‑1 (MQ=255) cgcCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGAAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAAc < 1:260351/138‑1 (MQ=255) cccAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGGAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAg < 2:169901/139‑1 (MQ=255) cccAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGGAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAg > 2:326345/1‑139 (MQ=255) aGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGAAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTc < 1:58810/139‑1 (MQ=255) gccagcGTGAGGTCAATACGCGTGGAAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGaa > 1:39172/1‑139 (MQ=255) aGGTCAATACGCGTGGAAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCg > 1:528270/1‑84 (MQ=255) aGGTCAATACGCGTGGAAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCg < 2:528270/84‑1 (MQ=255) aaTACGCGTGGGAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTTCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCAc > 1:110734/1‑139 (MQ=255) aTACGCGTGGGAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACt < 2:429722/139‑1 (MQ=255) cgcgTGGAAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTgcg < 2:440292/139‑1 (MQ=255) gTGGGAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAg > 2:29941/1‑70 (MQ=255) gTGGGAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAg < 1:29941/70‑1 (MQ=255) gTGGGAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCAc < 2:29278/139‑1 (MQ=255) tGGGAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCg > 2:347920/1‑71 (MQ=255) tGGGAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCg < 1:347920/71‑1 (MQ=255) gAAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAAcc > 1:65962/1‑105 (MQ=255) gAAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAAcc < 2:65962/105‑1 (MQ=255) | TATCCACTTCCGTCAGACCAAGAATGGCGTCGGCGTTAGCTGGCTCCCGCGTCAGGACATTCTGATATGCAGCGCGGGCGGCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGAAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCAC > NZ_CP009273/3680592‑3680864 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |