| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 3,829,452 | T→G | intergenic (‑163/‑130) | yicJ ← / → BW25113_RS18990 | glycoside‑pentoside‑hexuronide family transporter/tRNA‑Sec |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 3,829,452 | 0 | T | G | 100.0% | 77.0 / NA | 22 | intergenic (‑163/‑130) | yicJ/BW25113_RS18990 | glycoside‑pentoside‑hexuronide family transporter/tRNA‑Sec |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base G (14/8); total (14/8) | |||||||||||
CTGAGACCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGTTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGAAAAAACTGATCTGGGGGATGTAGAAACTCAAGGAAGTAGCTATAATGCGCCCCGCCTCCATGTAGCAATCGAGGCGCGG > NZ_CP009273/3829317‑3829583 | cTGAGACCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGgtt > 1:110195/1‑138 (MQ=255) gagaCCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGGTTta > 1:246564/1‑138 (MQ=255) aCCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGGTTTATATg < 2:143951/139‑1 (MQ=255) cccTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCg > 2:40146/1‑130 (MQ=255) cccTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCg < 1:40146/130‑1 (MQ=255) cccTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATAc > 1:440491/1‑139 (MQ=255) ccTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACg < 2:198879/139‑1 (MQ=255) cGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGa > 1:512595/1‑138 (MQ=255) gATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGaa > 2:380740/1‑138 (MQ=255) tCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGaaaaaa < 2:67321/138‑1 (MQ=255) gTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTTCGTGTATTAGGCGGAAAAAACt < 1:193816/136‑1 (MQ=255) tgtgATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGAAAAAACTGATCTGGGGGATGTAGAAACTCAAGGAAg < 2:97495/139‑1 (MQ=255) aTTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGa < 2:255754/84‑1 (MQ=255) aTTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGa > 1:255754/1‑84 (MQ=255) aTTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGAAAAAACTGATCTGGGGGATGTAGAAACTCAAGGAAGTAGCTATAATGCGCCCCGc > 2:367575/1‑139 (MQ=255) ttCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGAAAAAACTGATCTGGGGGATGTAGAAACTCAAGGAAGTAGCTATAATGCGCCCCGcc > 1:162987/1‑139 (MQ=255) cTCATATATCATTGTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGAAAAAACTGATCTGGGGGATGTAGAAACTCAAGGAAGTAGCTATAATGCGCCCCGCCTCCAt > 2:131539/1‑139 (MQ=255) cTCATATATCATTGTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGAAAAAACTGATCTGGGGGATGTAGAAACTCAAGGAAGTAGCTATAATGCGCCCCGCCTCCAt > 2:539435/1‑139 (MQ=255) ttGTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGAAAAAACTGATCTGGGGGATGTAGAAACTCAAGGAAGTAGCTATAATGCGCCCCGCCTCCATGTAGCAATc > 2:553305/1‑137 (MQ=255) gTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGaaaaaa > 1:83464/1‑70 (MQ=255) gTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGaaaaaa < 2:83464/70‑1 (MQ=255) gTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGAAAAAACTGATCTGGGGGATGTAGAAACTCAAGGAAGTAGCTATAATGCGCCCCGCCTCCATGTAGCAATCGAgg > 2:18466/1‑139 (MQ=255) gTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGAAAAAACTGATCTGGGGGATGTAGAAACTCAAGGAAGTAGCTATAATGCGCCCCGCCTCCATGTAGCAATCGAgg > 2:280325/1‑139 (MQ=255) ggggTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGAAAAAACTGATCTGGGGGATGTAGAAACTCAAGGAAGTAGCTATAATGCGCCCCGCCTCCATGTAGCAATCGAGGCGCgg > 1:102405/1‑135 (MQ=255) | CTGAGACCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGTTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGAAAAAACTGATCTGGGGGATGTAGAAACTCAAGGAAGTAGCTATAATGCGCCCCGCCTCCATGTAGCAATCGAGGCGCGG > NZ_CP009273/3829317‑3829583 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |