Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 303,602 | T→G | N481T (AAC→ACC) | ecpC ← | fimbrial usher EcpC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 303,602 | 0 | T | G | 100.0% | 53.2 / NA | 17 | N481T (AAC→ACC) | ecpC | fimbrial usher EcpC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base G (10/7); total (10/7) |
CTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGAC‑‑CACAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCGATTGCACGGTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGC > NZ_CP009273/303470‑303729 | cTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGAC‑‑CACAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCGATTGCACGGGTGTCgg < 1:335942/139‑1 (MQ=255) ttGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTTTAGCTGGTGCTGGAAGTGCCCAGCTTCGGC‑‑CCCAGTGAGGTTAGGGTGGGGGTGGCGCCGATTGCACCGGGGTCGGCCACGCtcagg > 2:335942/1‑135 (MQ=255) ttGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCCGCTTCGAC‑‑CACAGTGAGTTCAGGGTGAGTGGGCCGCCGGTTGCACGGGGGTCGGCATCGCTACGt > 1:451698/1‑139 (MQ=255) taataaTGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCCTCGAC‑‑CACAATGGGTTTCGGTTGAGTGTGGCGCCGATTGCACGGGTGTCGGGCTCGCTACCTCGCAATTGATTGCCCATGc > 1:393901/1‑139 (MQ=255) atGGCTGTTGTAACGGCGGTTTTCCTTGTTGCTGGTGCTGAATTTGGCCAGCTTTTGC‑‑CACAGTGGGTTTCGGTTGGGTGTGCCGCCTGTTTCACCGGGGGCGGCATCGCCCCGTTGTAATTTTTTTGCAATACggggt > 2:479091/1‑137 (MQ=255) cagttgtAACGGCGGTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGAC‑‑CACAGTGAGTTCAGGTGGAGTGTGCCGCCGATTGCACGGGTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGtttttt < 2:533570/137‑1 (MQ=255) ttgtAACGGCGGTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGAC‑‑CACAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCGATTGCACGGGTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCt < 1:479091/139‑1 (MQ=255) catcatTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCCGCTTCGAC‑‑CACAGGGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCGCTTGCACGGGGGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGGTTTTTTCTGATTAACCCCCAg > 1:26000/1‑139 (MQ=255) atcatTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGACCACACAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCGATTGCACGGGTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCcaca < 1:291802/139‑1 (MQ=255) aGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGAC‑‑CACAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCGATTGCACGGGTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTa > 1:543206/1‑137 (MQ=255) aTGCTGAATGTGCCCAGCTTCGAC‑‑CACAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCGATTGCACGGGTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTc > 1:541944/1‑139 (MQ=255) gTTCAGGTTGAGTGTGCCGACGATTGCACGGGTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGAtgctg < 1:228909/139‑1 (MQ=255) ttCAGGTTGAGTGTGCCGCCGATTGCACGGGTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAg < 1:440845/92‑1 (MQ=255) ttCAGGTTGAGTGTGCCGCCGATTGCACGGGTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAg > 2:440845/1‑92 (MQ=255) ggTTGAGTGTGCCGCCGATTGCACGGGTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCa > 1:280980/1‑139 (MQ=255) ccgccgATTGCACGGGTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCa < 1:442475/138‑1 (MQ=255) aTTGCACGGGTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGc > 1:304021/1‑137 (MQ=255) | CTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGAC‑‑CACAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCGATTGCACGGTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGC > NZ_CP009273/303470‑303729 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |