| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 351,491 | T→G | S287A (TCG→GCG) | codB → | cytosine permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 351,491 | 0 | T | G | 100.0% | 87.4 / NA | 25 | S287A (TCG→GCG) | codB | cytosine permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base G (15/10); total (15/10) | |||||||||||
CGCTGCGGCACTGGGCATGGCGGATATCTCTGATGTGATGATTGCTCAGGGCCTGCTGCTGCCTGCGATTGTGGTGCTGGGGCTGAATATCTGGACCACCAACGATAACGCACTCTATGCGTCGGGTTTAGGTTTCGCCAACATTACCGGGATGTCGAGCAAAACCCTTTCGGTAATCAACGGTATTATCGGTACGGTCTGCGCATTATGGCTGTATAACAATTTTGTCGGCTGGTTGACCTTCCTTTCGGCAGC > NZ_CP009273/351370‑351624 | cgcTGCGGCACTGGGCATGGCGGATATCTCTGATGTGATGATTGCTCAGGGCCTGCTGCTGCCTGCGATTGTGGTGCTGGGGCTGAATATCTGGACCACCAACGATAACGCACTCTATGCGGCGGGTTTAGGTTTCGcc < 2:204493/139‑1 (MQ=255) ggCATGGCGGATATCTCTGATGTGATGATTGCTCAGGGCCTGCTGCTGCCTGCGATTGTGGTGCTGGGGCTGAATATCTGGACCACCAACGATAACGCACTCTATGCGGCGGGTTTAGGTTTCGCCAACATTACCGGGa > 2:103640/1‑139 (MQ=255) ggCATGGCGGATATCTCTGATGTGATGATTGCTCAGGGCCTGCTGCTGCCTGCGATTGTGGTGCTGGGGCTGAATATCTGGACCACCAACGATAACGCACTCTATGCGGCGGGTTTAGGTTTCGCCAACATTACCGGGa > 2:115090/1‑139 (MQ=255) atatCTCTGATGTGATGATTGCTCAGGGCCTGCTGCTGCCTGCGATTGTGGTGCTGGGGCTGAATATCTGGACCACCAACGATAACGCACTCTATGCGGCGGGTTTAGGTTTCGCCaa > 2:482994/1‑118 (MQ=255) atatCTCTGATGTGATGATTGCTCAGGGCCTGCTGCTGCCTGCGATTGTGGTGCTGGGGCTGAATATCTGGACCACCAACGATAACGCACTCTATGCGGCGGGTTTAGGTTTCGCCaa < 1:482994/118‑1 (MQ=255) atatCTCTGATGTGATGATTGCTCAGGGCCTGCTGCTGCCTGCGATTGTGGTGCTGGGGCTGAATATCTGGACCACCAACGATAACGCACTCTATGCGGCGGGTTTAGGTTTCGCCAAAATTACCGGGATGTCGAGCa > 1:38696/1‑138 (MQ=255) tctGATGTGATGATTGCTCAGGGCCTGCTGCTGCCTGCGATTGTGGTGCTGGGGCTGAATATCTGGACCACCAACGATAACGCACTCTATGCGGCGGGGTTTGGGTTTGCCCACAATAACGGGGTGGCGGGCAAAAccc > 2:284183/1‑139 (MQ=255) ttGCTCAGGGCCTGCTGCTGCCTGCGATTGTGGTGCTGGGGCTGAATATCTGGACCACCAACGATAACGCACTCTATGCGGCGGGTTTAGGTTTCGCCAACATTACCGGGATGTCGAGCAAAACCCTTTCGGTAATCaa < 2:450103/139‑1 (MQ=255) tGCTCAGGGCCTGCTGCTGCCTGCGATTGTGGTGCTGGGGCTGAATATCTGGACCACCAACGATAACGCACTCTATGCGGCGGGTTTAGGTTTCGCCAACATTACCGGGATGTCGAGCAAAACCCTTTCGGTAATCAAc > 1:265502/1‑139 (MQ=255) tGCTCAGGGCCTGCTGCTGCCTGCGATTGTGGTGCTGGGGCTGAATATCTGGACCACCAACGATAACGCACTCTATGCGGCGGGTTTAGGTTTCGCCAACATTACCGGGATGTCGAGCAAAACCCTTTCGGTAATCAAc > 1:338762/1‑139 (MQ=255) gctgctgcCTGCGATTGTGGTGCTGGGGCTGAATATCTGGACCACCAACGATAACGCACTCTATGCGGCGGGTTTAGGTTTCGCCAACATTACCGGGATGTCGAGCAAAACCCTTTCGGTAATTAACGGTATTATCgg > 1:424275/1‑138 (MQ=255) ctgctgcCTGCGATTGTGGTGCTGGGGCTGAATATCTGGACCACCAACGATAACGCACTCTATGCGGCGGGTTTAGGTTTCGCCAACATTACCGGGATGTCGAGCAAAACCCTTTCGGTAATCAACGGTATTATCGGt < 1:284183/138‑1 (MQ=255) tgcctgcGATTGTGGTGCTGGGGCTGAATATCTGGACCACCAACGATAACGCACTCTATGCGGCGGGTTTAGGTTTCGCCAACATTACCGGGATGTCGAGCAAAACCCTTTCGGGAATTAACGGTTTTTTCGGTACggg > 2:207359/1‑138 (MQ=255) cctgcGATTGTGGTGCTGGGGCTGAATATCTGGACCACCAACGATAACGCACTCTATGCGGCGGGTTTAGGTTTCGCCAACATTACCGGGATGTCGAGCAAAAACCTTTCGGTAATCAACGGTATTATCGGTACGGTCt > 2:525253/1‑139 (MQ=255) ctgcGATTGTGGTGCTGGGGCTGAATATCTGGACCACCAACGATAACGCACTCTATGCGGCGGGTTTAGGTTTCGCCAACATTACCGGGATGTCGAGCAAAACCCTTTCGGTAATCAACGGTATTATCGGTACGGTCTg < 2:424275/139‑1 (MQ=255) gACCACCAACGATAACGCACTCTATGCGGCGGGTTTAGGTTTCGCCAACATTACCGGGATGTCGAGCAAAACCCTTTCGGTAATCAACGGTATTATCGGTACGGTCTGCGCATTATGGCTGTATAACAATTTTGTCgg < 2:402343/138‑1 (MQ=255) gACCACCAACGATAACGCACTCTATGCGGCGGGTTTAGGTTTCGCCAACATTACCGGGATGTCGAGCAAAACCCTTTCGGTAATCAACGGTATTATCGGTACGGTCTGCGCATTATGGCTGTATAACAATTTTGTCGGc < 2:253812/139‑1 (MQ=255) ccaACGATAACGCACTCTATGCGGCGGGTTTAGGTTTCGCCAACATTACCg < 1:175825/51‑1 (MQ=255) ccaACGATAACGCACTCTATGCGGCGGGTTTAAGTTTCGCCAACATTACCg > 2:175825/1‑51 (MQ=255) aCGCACTCTATGCGGCGGGTTTAGGTTTCGCCAACATTACCGGGATGTCGAGCAAAACCCTTTCGGTAATCAACGGTATTATCGGTACGGTCTg < 2:34429/94‑1 (MQ=255) aCGCACTCTATGCGGCGGGTTTAGGTTTCGCCAACATTACCGGGATGTCGAGCAAAACCCTTTCGGTAATCAACGGTATTATCGGTACGGTCTg > 1:34429/1‑94 (MQ=255) cGCACTCTATGCGGCGGGTTTAGGTTTCGCCAACATTACCGGGATGTCGAGCAAAACCCTTTCTGTAATCAACGGTATTATCGGTACGGTCTGCGCATTATGGCTGTATAACAATTTTGTCGGCTGGTTGAccttcctt > 1:15947/1‑139 (MQ=255) tctATGCGGCGGGTTTAGGTTTCGCCAACATTACCGGGATGTCGAGCAAAACCCTTTCGGTAATCAACGGTATTATCGGTACGGTCTGCGCATTATGGCTGTATAACAATTTTGTCGGCTGGTTGACCTTCCTTTTgg > 2:480044/1‑138 (MQ=255) tGCGGCGGGTTTAGGTTTCGCCAACATTACCGGGATGTCGAGCAAAACCCTTTCGGTAATCAACGGTATTATCGGTACGGTCTGCGCATTATGGCTGTATAACAATTTTGTCGGCTGGTTGACCTTCCTTTCGGCAGc < 2:265502/138‑1 (MQ=255) tGCGGCGGGTTTAGGTTTCGCCAACATTACCGGGATGTCGAGCAAAACCCTTTCGGTAATCAACGGTATTATCGGTACGGGCTGCGCATTATGGCTGTATAACAATTTTGTCGGCTGGTTTACCTTCCTTTTCGCAGc > 2:354466/1‑138 (MQ=255) | CGCTGCGGCACTGGGCATGGCGGATATCTCTGATGTGATGATTGCTCAGGGCCTGCTGCTGCCTGCGATTGTGGTGCTGGGGCTGAATATCTGGACCACCAACGATAACGCACTCTATGCGTCGGGTTTAGGTTTCGCCAACATTACCGGGATGTCGAGCAAAACCCTTTCGGTAATCAACGGTATTATCGGTACGGTCTGCGCATTATGGCTGTATAACAATTTTGTCGGCTGGTTGACCTTCCTTTCGGCAGC > NZ_CP009273/351370‑351624 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |