| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 2,141,824 | T→C | S224P (TCA→CCA) | yegD → | molecular chaperone |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 2,141,824 | 0 | T | C | 94.1% | 54.6 / ‑6.6 | 17 | S224P (TCA→CCA) | yegD | molecular chaperone |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (6/10); minor base A (1/0); total (7/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGC‑‑‑GGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGCCACTGCTGG > NZ_CP009273/2141703‑2141959 | cGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGC‑‑‑GGTGGTACGACTGACTGTCCATTGCTGCTGATgggg < 2:391241/139‑1 (MQ=255) cGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGC‑‑‑GGTGGGACGGACGACTGTACCTTTCTGCTGGTGGGGGGGCCGTGGGGGGCGCGGCTCGGTCGt > 2:22004/1‑139 (MQ=255) ggctgggctgGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGC‑‑‑GGTGGTACGACTGACTGTCCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCctg < 1:71841/139‑1 (MQ=255) ctgggctggATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGC‑‑‑GGTGGTACGACTGACTGTCCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCctgct < 1:299038/139‑1 (MQ=255) ggctggATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTGGTACGACTGACTGTCCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCctgc < 1:126642/138‑1 (MQ=255) cGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGC‑‑‑GGTGGTACGACTGACTGTCCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGt < 1:222005/139‑1 (MQ=255) gaagaaAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGC‑‑‑GGTGGTACGACTGACTGTCCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTa < 1:504833/139‑1 (MQ=255) gactgactGTCCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGCCa < 2:392447/139‑1 (MQ=255) acaggactgTCCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGCCa < 1:29136/135‑1 (MQ=255) gactgTCCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGTCActgc > 1:423349/1‑139 (MQ=255) gactgTCCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGCCActgc > 2:87944/1‑139 (MQ=255) actgTCCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGCCActgct > 1:259270/1‑139 (MQ=255) actgTCCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGCCActg < 2:174213/137‑1 (MQ=255) ctgTCCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGGTCTGGATATCGCGCTGGCGTTTTAAAACCTGATGCCActgctg > 1:465064/1‑139 (MQ=255) tgTCCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTa > 1:464713/1‑91 (MQ=255) tgTCCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTa < 2:464713/91‑1 (MQ=255) tgTCCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGCCACTGCTgg > 1:408407/1‑139 (MQ=255) | CGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGC‑‑‑GGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGCCACTGCTGG > NZ_CP009273/2141703‑2141959 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |