Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 2,778,563 | (A)8→7 | intergenic (‑193/+558) | BW25113_RS25705 ← / ← BW25113_RS13825 | DUF5507 domain‑containing protein/tRNA‑Ile |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 2,778,556 | 0 | A | . | 93.3% | 51.7 / ‑1.2 | 15 | intergenic (‑186/+565) | BW25113_RS25705/BW25113_RS13825 | DUF5507 domain‑containing protein/tRNA‑Ile |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base . (8/6); total (8/7) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.67e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GTTTGTCACTATAAAAAAACGCTCATTTGAGACAATTACTGACATTAACTGCTTCACTTGCTACGCATGGAACTTTTAATTAAATTAGCACAGGAATGTTAAATTTAATAAACAAAAGGTTATTTCGCTGTATGATAAAAAAAACCGTTATAATTTATTAGTGAAAATCGTTTTTCAAGTGTTAGAAATTTATATCTCAATAGCGTTGGTTAATGAGCATAGCCACGCTCCTGTAACGCTCACAAAACTCATCTGCCTGCGGCGGGTG > NZ_CP009273/2778420‑2778687 | gTTTGTCACTATAAAAAAACGCTCATTTGAGACAATTACTGACATTAACTGCTTCACTTGCTACGCATGGAACTTTTAATTAAATTAGCACAGGAATGTTAAATTTAATAAACAAAAGGTTATTTCGCTGTATGATaa > 1:763878/1‑138 (MQ=255) tGTCACTATAAAAAAACGCTCATTTGAGACAATTACTGACATTAACTGCTTCACTTGCTACGCATGGAACTTTTAATTAAATTAGCACAGGAATGTTAAATTTAATAAACAAAAGGTTATTTCGCTGTATGATaaaaa < 2:501042/138‑1 (MQ=255) tGTCACTATAAAAAAACGCTCATTTGAGACAATTACTGACATTAACTGCTTCACTTGCTACGCATGGAACTTTTAATTAAATTAGCACAGGAATGTTAAATTTAATAAACAAAAGGTTATTTCGCTGTATGATaaaaa > 2:194647/1‑138 (MQ=255) ttAACTGCTTCACTTGCTACGCATGGAACTTTTAATTAAATTAGCACAGGAATGTTAAATTTAATAAACAAAAGGTTATTTCGCTGTATGAT‑AAAAAAACCGTTATAATTTATTAGTGAAAATCGTTTTTCAAgtgt > 2:701870/1‑137 (MQ=255) tAACTGCTTCACTTGCTACGCATGGAACTTTTAATTAAATTAGCACAGGAATGTTAAATTTAATAAACAAAAGGTTATTTCGCTGTATGAT‑AAAAAAACCGTTATAATTTATTAGTGAAAATCGTTTTTCAAgtgt > 1:229794/1‑136 (MQ=255) tAACTGCTTCACTTGCTACGCATGGAACTTTTAATTAAATTAGCACAGGAATGTTAAATTTAATAAACAAAAGGTTATTTCGCTGTATGAT‑AAAAAAACCGTTATAATTTATTAGTGAAAATCGTTTTTCAAgtgt > 1:539845/1‑136 (MQ=255) cACTTGCTACGCATGGAACTTTTAATTAAATTAGCACAGGAATGTTAAATTTAATAAACAAAAGGTTATTTCGCTGTATGATAAAAAAAACCGTTATAATTTATTAGTGAAAATCGTTTTTCAAGTGTTAGAAATTta < 2:763878/138‑1 (MQ=255) aCTTGCTACGCATGGAACTTTTAATTAAATTAGCACAGGAATGTTAAATTTAATAAACAAAAGGTTATTTCGCTGTATGAT‑AAAAAAACCGTTATAATTTATTAGTGAAAATCGTTTTTCAAGTGTTAGAAATTTatat < 1:430845/139‑1 (MQ=255) aCTTGCTACGCATGGAACTTTTAATTAAATTAGCACAGGAATGTTAAATTTAATAAACAAAAGGTTATTTCGCTGTATGAT‑AAAAAAACCGTTATAATTTATTAGTGAAAATCGTTTTTCAAGTGTTAGAAATTTatat < 2:229794/139‑1 (MQ=255) aCTTGCTACGCATGGAACTTTTAATTAAATTAGCACAGGAATGTTAAATTTAATAAACAAAAGGTTATTTCGCTGTATGAT‑AAAAAAACCGTTATAATTTATTAGTGAAAATCGTTTTTCAAGTGTTAGAAATTTatat < 1:194647/139‑1 (MQ=255) cTACGCATGGAACTTTTAATTAAATTAGCACAGGAATGTTAAATTTAATAAACAAAAGGTTATTTCGCTGTATGAT‑AAAAAAACCGTTATAATTTATTAGTGAAAATCGTTTTTCAAGTGTTAGAAATTTATATCTCaa < 1:371311/139‑1 (MQ=255) cATGGAACTTTTAATTAAATTAGCACAGGAATGTTAAATTTAATAAACAAAAGGTTATTTCGCTGTATGAT‑AAAAAAACCGTTATAATTTATTAGTGAAAATCGTTTTTCAAGTGTTAGAAATTTATATCTCAATAGCg < 1:60043/139‑1 (MQ=255) aGCACAGGAATGTTAAATTTAATAAACAAAAGGTTATTTCGCTGTATGAT‑AAAAAAACCGTTATAATTTATTAGTGAAAATCGTTTTTCAAGTGTTAGAAATTTATATCTCAATAGCGTTGGTTAATGAGCATAGCCa < 2:336929/138‑1 (MQ=255) tttAATAAACAAAAGGTTATTTCGCTGTATGAT‑AAAAAAACCGTTATAATTTATTAGTGAAAATCGTTTTTCAAGTGTTAGAAATTTATATCTCAATAGCGTTGGTTAATGAGCATAGCCACGCTCCTGTAACGCTca > 1:149412/1‑138 (MQ=255) taaACAAAAGGTTATTTCGCTGTATGAT‑AAAAAAACCGTTATAATTTATTAGTGAAAATCGTTTTTCAAGTGTTAGAAATTTATATCTCAATAGCGTTGGTTAATGAGCATAGCCACGCTCCTGTAACGCTCACAAAAc > 2:762056/1‑139 (MQ=255) aaaaGGTTATTTCGCTGTATGAT‑AAAAAAACCGTTATAATTTATTAGTGAAAATCGTTTTTCAAGTGTTAGAAATTTATATCTCAATAGCGTTGGTTAATGAGCATAGCCACGCTCCTGTAACGCTCACAAAACTCATc > 2:263704/1‑139 (MQ=255) tttCGCTGTATGAT‑AAAAAAACCGTTATAATTTATTAGTGAAAATCGTTTTTCAAGTGTTAGAAATTTATATCTCAATAGCGTTGGTTAATGAGCATAGCCACGCTCCTGTAACGCTCACAAAACTCATCTGCCTgcgg > 1:497283/1‑139 (MQ=255) tGTATGAT‑AAAAAAACCGTTATAATTTATTAGTGAAAATCGTTTTTCAAGTGTTAGAAATTTATATCTCAATAGCGTTGGTTAATGAGCATAGCCACGCTCCTGTAACGCTCACAAAACTCATCTGCCTGCGGCGGgtg > 1:143166/1‑139 (MQ=255) | GTTTGTCACTATAAAAAAACGCTCATTTGAGACAATTACTGACATTAACTGCTTCACTTGCTACGCATGGAACTTTTAATTAAATTAGCACAGGAATGTTAAATTTAATAAACAAAAGGTTATTTCGCTGTATGATAAAAAAAACCGTTATAATTTATTAGTGAAAATCGTTTTTCAAGTGTTAGAAATTTATATCTCAATAGCGTTGGTTAATGAGCATAGCCACGCTCCTGTAACGCTCACAAAACTCATCTGCCTGCGGCGGGTG > NZ_CP009273/2778420‑2778687 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |