Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 2,984,282 | (C)6→7 | pseudogene (370/490 nt) | BW25113_RS14825 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 2,984,276 | 1 | . | C | 97.6% | 150.9 / NA | 42 | pseudogene (364/490 nt) | BW25113_RS14825 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); major base C (22/19); minor base A (1/0); total (23/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
TATGAGCATATATAAATTTTCGATAACAGATGATTTAATGAGTATGGCTGTAAATGAACTCATAAAACTGACCAAAATAGAGAATAATGTAGACCTGAATAAATTCACTACTATATGCACAGACGTTCTAT‑CCCCCCGCGTCACCAGACATAATAAAGAAAAAAACAAACGACATTCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCAT > NZ_CP009273/2984146‑2984407 | tATGAGCATATATAAATTTTCGATAACAGATGATTTAATGAGTATGGCTGTAAATGAACTCATAAAACTGACCAAAATAGAGAATAATGTAGACCTGAATAAATTCACTACTATATGCACAGACGTTCTAT‑cccccccg > 1:661737/1‑137 (MQ=255) tGAGCATATATAAATTTTCGATAACAGATGATTTAATGAGTATGGCTGTAAATGAACTCATAAAACTGACCAAAATAGAGAATAATGTAGACCTGAATAAATTCACTACTATATGCACAGACGTTCTAT‑cccccccgcg > 1:36796/1‑135 (MQ=255) tGAGCATATATAAATTTTCGATAACAGATGATTTAATGAGTATGGCTGTAAATGAACTCATAAAACTGACCAAAATAGAGAATAATGTAGACCTGAATAAATTCACTACTATATGCACAGACGTTCTAT‑cccccccg < 1:138961/137‑3 (MQ=255) atatatAAATTTTCGATAACAGATGATTTAATGAGTATGGCTGTAAATGAACTCATAAAACTGACCAAAATAGAGAATAATGTAGACCTGAATAAATTCACTACTATATGCACAGACGTTCTATCCCCCCCGCGTCAcc < 2:661737/139‑1 (MQ=255) 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acaGACGTTCTATCCCCCCCGCGTCACCAGACATAATAAAGAAAAAAACAAACGACATTCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATcc > 1:744934/1‑124 (MQ=255) acaGACGTTCTATCCCCCCCGCGTCACCAGACATAATAAAGAAAAAAACAAACGACATTCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATcc < 2:744934/124‑1 (MQ=255) aGACGTTCTATCCCCCCCGCGTCACCAGACATAATAAAGAAAAAAACAAACGACATTCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAAt > 2:265981/1‑120 (MQ=255) aGACGTTCTATCCCCCCCGCGTCACCAGACATAATAAAGAAAAAAACAAACGACATTCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAAt < 1:265981/120‑1 (MQ=255) aGACGTTCTATCCCCCCCGCGTCACCAGACATAATAAAGAAAAAAACAAACGACATTCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAg > 1:504528/1‑139 (MQ=255) aGACGTTCTATCCCCCCCGCGTCACCAGACATAATAAAGAAAAAAACAAACGACATTCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAg > 1:655291/1‑139 (MQ=255) aGACGTTCTATCCCCCCCGCGTCACCAGACATAATAAAGAAAAAAACAAACGACATTCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAg > 1:715965/1‑139 (MQ=255) gTTCTATCCCCCCCGCGTCACCAGACATAATAAAGAAAAAAACAAACGACATTCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCAt < 1:389331/139‑1 (MQ=255) ttCTATCCCCCCCGCGTCACCAGACATAATAAAGAAAAAAACAAACGACATTCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATg > 1:271985/1‑97 (MQ=255) ttCTATCCCCCCCGCGTCACCAGACATAATAAAGAAAAAAACAAACGACATTCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATg < 2:271985/97‑1 (MQ=255) | TATGAGCATATATAAATTTTCGATAACAGATGATTTAATGAGTATGGCTGTAAATGAACTCATAAAACTGACCAAAATAGAGAATAATGTAGACCTGAATAAATTCACTACTATATGCACAGACGTTCTAT‑CCCCCCGCGTCACCAGACATAATAAAGAAAAAAACAAACGACATTCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCAT > NZ_CP009273/2984146‑2984407 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |