| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 2,351,416 | A→G | pseudogene (134/198 nt) | BW25113_RS11725 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 2,351,416 | 0 | A | G | 96.7% | 102.5 / ‑3.2 | 30 | pseudogene (134/198 nt) | BW25113_RS11725 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (11/18); total (12/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01 | |||||||||||
GAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGATCCCCATGGGCCTTTGATATCAATAACTACCTTTTATGCGTGGCC > NZ_CP009273/2351288‑2351546 | gagaTTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGGTCGTGACCAg > 2:316556/1‑139 (MQ=255) ttGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGGTCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCAc > 2:772237/1‑139 (MQ=255) tGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCAcc > 1:557413/1‑139 (MQ=255) ggCTACGGCAGGAAGGACAGCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGGTCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAg < 2:656093/139‑1 (MQ=255) cTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGGTc < 2:451432/106‑1 (MQ=255) cTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGGTc > 1:451432/1‑106 (MQ=255) cATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGGTCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAg < 1:637578/139‑1 (MQ=255) gctggcAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGGTCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCa < 1:772237/139‑1 (MQ=255) gctggcAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGGTCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCa < 2:292908/139‑1 (MQ=255) cAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGGTCGTGAc > 1:271055/1‑81 (MQ=255) cAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGGTCGTGAc < 2:271055/81‑1 (MQ=255) cAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGGTCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAAt > 2:557359/1‑139 (MQ=255) ggTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGGTCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAacac < 1:557359/139‑1 (MQ=255) ggTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGGTCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAacac < 2:669884/139‑1 (MQ=255) ggTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGGTCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAacac < 2:393217/139‑1 (MQ=255) aGAAGGTTTGCATCACCAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGGTCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCca < 1:688257/138‑1 (MQ=255) aGAAGGTGTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGGTCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCca < 2:345266/138‑1 (MQ=255) tttGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGGTCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGa < 1:724888/139‑1 (MQ=255) ttGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGGTCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAacac > 2:327649/1‑124 (MQ=255) ttGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGGTCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAacac < 1:327649/124‑1 (MQ=255) tGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGGTCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGAt < 2:237502/138‑1 (MQ=255) tGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGGTCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGATc > 1:377728/1‑139 (MQ=255) tAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGGTCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCa > 1:724216/1‑96 (MQ=255) tAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGGTCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCa < 2:724216/96‑1 (MQ=255) tGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGGTCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGATCCCCATGGGCCTTTGATATCAATAAc < 1:582718/137‑1 (MQ=255) tGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGGTCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGATCCCCATGGGCCTTTGATATCAATAACt < 1:715459/138‑1 (MQ=255) tGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGGTCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGATCCCCATGGGCCTTTGATATCAATAACTa > 1:609309/1‑139 (MQ=255) ggCTTTGGTCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGATCCCCATg < 1:223471/101‑1 (MQ=255) ggCTTTGGTCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGATCCCCATg > 2:223471/1‑101 (MQ=255) ggCTTTGGTCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGATCCCCATGGGCCTTTGATATCAATAACTACCTTTTATGCGTGGcc > 1:454877/1‑138 (MQ=255) | GAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGATCCCCATGGGCCTTTGATATCAATAACTACCTTTTATGCGTGGCC > NZ_CP009273/2351288‑2351546 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |