Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 2,483,956 | A→G | S492P (TCA→CCA) | oxc ← | oxalyl‑CoA decarboxylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 2,483,956 | 0 | A | G | 96.8% | 102.8 / ‑6.3 | 31 | S492P (TCA→CCA) | oxc | oxalyl‑CoA decarboxylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (17/13); minor base T (1/0); total (18/13) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 |
ATGGTCGGTTTGCGCGACTGAATACCGGTGGTTAAAGCATGACGAAGTTCATCTGTCGTGGTGACGTTATAGCCAACGCCACGAAACGCATCCATTAATTTGTCATACCTTGCATGGTGCAACAGATCCGTTGGTGATGGTGCACCAGCGCCACTGAGATCAACACCGTCTCCTCTGTAGATGCCGCCATTATTAAAAATAACGATCGTCACCGGCAGGTTATATCGACAAATCGTTTCAATTTCCATCCCACTGAAACCAAAAG > NZ_CP009273/2483820‑2484084 | atGGTCGGTTTGCGCGACTGAATACCGGTGGTTAAAGCATGACGAAGTTCATCTGTCGTGGTGACGTTATAGCCAACGCCACGAAACGCATCCATTAATTTGTCATACCTTGCATGGTGCAACAGATCCGTTGgtggtg > 2:641979/1‑139 (MQ=255) gTCGGTTTGCGCGACTGAATACCGGTGGTTAAAGCATGACGAAGTTCATCTGTCGTGGTGACGTTATAGCCAACGCCACGAAACGCATCCATTAATTTGTCATACCTTGCATGGTGCAACAGATCCGTTGgtggtggtg > 1:32941/1‑139 (MQ=255) cgcgACTGAATACCGGTGGTTAAAGCATGACGAAGTTCATCTGTCGTGGTGACGTTATAGCCAACGCCACGAAACGCATCCATTAATTTGTCATACCTTGCATGGTGCAACAGATCCGTTGGTGGTGGTGCACCAgcg < 2:683697/138‑1 (MQ=255) cgACTGAATACCGGTGGTTAAAGCATGACGAAGTTCATCTGTCGTGGTGACGTTATAGCCAACGCCACGAAACGCATCCATTAATTTGTCATACCTTGCATGGTGCAACAGATCCGTTGGTGGTGGTGCACCAGCGCCa < 1:641979/139‑1 (MQ=255) 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gATCCGTTGGTGGTGGTGCACCAGCGCCACTGAGATCAACACCGTCTCCTCTGTAGATGCCGCCATTATTAAAAATAACGATCGTCACCGGCAGGTTATATCGACAAATCGTTTCAATTTCCATCCCACTGAAACCaaa < 2:633141/139‑1 (MQ=255) ccGTTGGTGGTGGTGCACCAGCGCCACTGAGATCAACACCGTCTCCTCTGTAGATGCCGCCATTATTAAAAATAACGATCGTCACCGGCAGGTTATATCGACAAATCGTTTCAATTTCCATCCCACTGAAACCAAAAg > 2:247041/1‑138 (MQ=255) ccGTTGGTGGTGGTGCACCAGCGCCACTGAGATCAACACCGTCTCCTCTGTAGATGCCGCCATTATTAAAAATAACGATCGTCACCGGCAGGTTATATCGACAAATCGTTTCAATTTCCATCCCACTGAAACCAAAAg > 2:691571/1‑138 (MQ=255) ccGTTGGTGGTGGTGCACCAGCGCCACTGAGATCAACACCGTCTCCTCTGTAGATGCCGCCATTATTAAAAATAACGATCGTCACCGGCAGGTTATATCGACAAATCGTTTCAATTTCCATCCCACTGAAACCAAAAg > 1:257361/1‑138 (MQ=255) | ATGGTCGGTTTGCGCGACTGAATACCGGTGGTTAAAGCATGACGAAGTTCATCTGTCGTGGTGACGTTATAGCCAACGCCACGAAACGCATCCATTAATTTGTCATACCTTGCATGGTGCAACAGATCCGTTGGTGATGGTGCACCAGCGCCACTGAGATCAACACCGTCTCCTCTGTAGATGCCGCCATTATTAAAAATAACGATCGTCACCGGCAGGTTATATCGACAAATCGTTTCAATTTCCATCCCACTGAAACCAAAAG > NZ_CP009273/2483820‑2484084 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |