| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 2,664,330 | A→T | T22S (ACC→TCC) | hcaC → | bifunctional 3‑phenylpropionate/cinnamic acid dioxygenase ferredoxin subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 2,664,330 | 0 | A | T | 98.1% | 209.6 / ‑7.1 | 53 | T22S (ACC→TCC) | hcaC | bifunctional 3‑phenylpropionate/cinnamic acid dioxygenase ferredoxin subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base T (26/25); minor base C (1/0); total (27/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGCTTGCTGGAACGGGATATCGTCCTGGATCAAGCGGTAATCACTTCCCATAACCTGAGTGTACTGTTCTGATGAATCGAATTTATGCGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATACCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGATCGTTGCAGCCATGGTAATGCGTCAATGTCAGAAGGGTATCTGGAAGATGACGCCACGGTGGAGTGCCCGCTA > NZ_CP009273/2664195‑2664458 | gcgcTTGCTGGAACGGGATATCGTCCTGGATCAAGCGGTAATCACTTCCCATAACCTGAGTGTACTGTTCTGATGAATCGAATTTATGCGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATTCCt < 1:361199/139‑1 (MQ=255) gCTGGAACGGGATATCGTCCTGGATCAAGCGGTAATCACTTCCCATAACCTGAGTGTACTGTTCTGATGAATCGAATTTATGCGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGcc < 2:424875/137‑1 (MQ=255) gCTGGAACGGGATATCGTCCTGGATCAAGCGGTAATCACTTCCCATAACCTGAGTGTACTGTTCTGATGAATCGAATTTATGCGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGcc < 2:240385/137‑1 (MQ=255) gggATATCGTCCTGGATCAAGCGGTAATCACTTCCCATAACCTGAGTGTACTGTTCTGATGAATCGAATTTATGCGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCGTCATCGcc < 2:626581/139‑1 (MQ=255) aaGCGGTAATCACTTCCCATAACCTGAGTGTACTGTTCTGATGAATCGAATTTATGCGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATACCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCAACGTTggcggc < 1:371265/139‑1 (MQ=255) aGCGGTAATCACTTCCCATAACCTGAGTGTACTGTTCTGATGAATCGAATTTATGCGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCg < 1:729637/112‑1 (MQ=255) aGCGGTAATCACTTCCCATAACCTGAGTGTACTGTTCTGATGAATCGAATTTATGCGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCg > 2:729637/1‑112 (MQ=255) aGCGGTAATCACTTCCCATAACCTGAGTGTACTGTTCTGATGAATCGAATTTATGCGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCGTCATCGcc < 1:234495/120‑1 (MQ=255) aGCGGTAATCACTTCCCATAACCTGAGTGTACTGTTCTGATGAATCGAATTTATGCGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCAACGTTggcggc > 1:754232/1‑138 (MQ=255) aGCGGTAATCACTTACCATAACCTGAGTGTACTGTTCTGATGAATCGAATTTATGCGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCGTCATCGcc > 2:234495/1‑120 (MQ=255) aaCCTGAGTGTACTGTTCTGATGAATCGAATTTATGCGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATg > 2:73650/1‑129 (MQ=255) aaCCTGAGTGTACTGTTCTGATGAATCGAATTTATGCGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATg < 1:73650/129‑1 (MQ=255) aCCTGAGTGTACTGTTCTGATGAATCGAATTTATGCGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCGACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGAt < 1:673383/139‑1 (MQ=255) gAGTGTACTGTTCTGATGAATCGAATTTATGCGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCGTCATCGcc > 2:635181/1‑96 (MQ=255) gAGTGTACTGTTCTGATGAATCGAATTTATGCGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCGTCATCGcc < 1:635181/96‑1 (MQ=255) tGTTCTGATGAATCGAATTTATGCGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGATCGtt < 1:478000/131‑1 (MQ=255) tGTTCTGATGAATCGAATTTATGCGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGATCGtt > 2:478000/1‑131 (MQ=255) ttCTGATGAATCGAATTTATGCGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGAt < 2:144140/125‑1 (MQ=255) ttCTGATGAATCGAATTTATGCGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGAt > 1:144140/1‑125 (MQ=255) tCTGATGAATCGAATTTATGCGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCg > 1:725363/1‑73 (MQ=255) tCTGATGAATCGAATTTATGCGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCg < 2:725363/73‑1 (MQ=255) atgaATCGAATTTATGCGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGATCGTTGCAGCCATGGTAATg > 2:620011/1‑139 (MQ=255) atgaATCGAATTTATGCGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGATCGTTGCAGCCATGGTAATg > 1:480726/1‑139 (MQ=255) tCGAATTTATGCGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGcc < 1:50394/66‑1 (MQ=255) tCGAATTTATGCGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGcc > 2:50394/1‑66 (MQ=255) tCGAATTTATGCGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCGTCa > 2:771029/1‑71 (MQ=255) tCGAATTTATGCGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCGTCa < 1:771029/71‑1 (MQ=255) tCGAATTTATGCGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGATCGTTGCAGCCATGGTAATGCGTc > 1:680530/1‑138 (MQ=255) tCGAATTTATGCGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGATCGTTGCAGCCATGGTAATGCGTc > 1:484820/1‑138 (MQ=255) tCGAATTTATGCGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGATCGTTGCAGCCATGGTAATGCGTc > 2:737516/1‑138 (MQ=255) gAATTTATGCGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGATCGTTGCAGCCATGGTAATGCGTCaa < 2:754232/138‑1 (MQ=255) gCGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGATCGTTGCAGCCATGGTAATGCGTCAATGTCAGAAg > 1:720519/1‑139 (MQ=255) cGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGATCGTTGCAGCCATGGTAATGCGTCAATGTCAGAAgg < 1:341557/139‑1 (MQ=255) tgtCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCGTCATCGCCCTGGTCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGATCGTTGCAGCCATGGTAATGCGTCAATGTCAGAAGGGt < 2:660016/139‑1 (MQ=255) tCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGATCGTTGCAGCCATGGTAATGCGTCAATGTCAGAAGGGTAt > 2:297527/1‑139 (MQ=255) ccGTTGCGGATGTGCCGGAGCGTGAGGCTCTCTGTAATAAATCCACGCCCGTCATCGCCCTGTTCAACGTTGGCGGCGAGTGTTATGCCATTAACGATCGTTGCAGACAGGGTAATGCGTACACAACAGAAGGGTATc < 2:658299/138‑1 (MQ=255) ttGCGGATGTGCCGGAGGGTGGGGGGCTCGGGATCGATCCCTCGCCCGTCATCGGCCTGTGCAACGTAGGCGGGGAGTTGTATGCCATTAACGATCGTTGCGGGGATGGTCTGACGTCAATATGCGAAGGGTATCTgg > 1:658299/1‑138 (MQ=255) ttGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGATCGTTGCAGCCATGGTAATGCGTCAATGTCAGAAGGGTATCTgg > 1:42784/1‑138 (MQ=255) tgCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGATCGTTGCAGCCATGGTAATGCGTCAATGTCAGAAGGGTATCTGGAAGATGACg < 2:282424/138‑1 (MQ=255) ggTGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGATCGTTGCAGCCATGGTAATGCGTCAATGTCAGAAGGGTATCTGGAAGATGACGCCACGGTgg < 1:297527/139‑1 (MQ=255) tGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCAACGTTggcggc < 2:71782/55‑1 (MQ=255) tGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCAACGTTggcggc > 1:71782/1‑55 (MQ=255) tGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGATCGTTGc < 2:29464/82‑1 (MQ=255) tGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGATCGTTGc > 1:29464/1‑82 (MQ=255) tGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGATCGTTGCAGCCATGGTAATGCGTCAATGTCAGAAGGGTATCTGGAAGATGACGCCa > 1:714410/1‑131 (MQ=255) tGAGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGATCGTTGCAGCCATGGTAATGCGTCAATGTCAGAAGGGTATCTGGAAGATGACGCCa < 2:714410/131‑1 (MQ=255) aGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGATCGTTGCAGCCa < 1:368919/85‑1 (MQ=255) aGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGATCGTTGCAGCCa > 2:368919/1‑85 (MQ=255) aGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGATCGTTGCAGCCATGGTAATGCGTCAATGTCAGaa > 1:104733/1‑107 (MQ=255) aGGCTCTCCGGATCGATTCCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGATCGTTGCAGCCATGGTAATGCGTCAATGTCAGaa < 2:104733/107‑1 (MQ=255) tcCGGATCGATTCCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGATCGTTGCAGCCATGGTAATGCGTCAATGTCAGAAGGGTATCTGGAAGATGACGCCACGGTGGAGTGCCCGc > 2:485704/1‑138 (MQ=255) tcCGGATCGATTCCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGATCGTTGCAGCCATGGTAATGCGTCAATGTCAGAAGGGTATCTGGAAGATGACGCCACGGTGGAGTGCCCGc > 1:552163/1‑138 (MQ=255) cGGATCGATTCCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGATCGTTGCAGCCATGGTAATGCGTCAATGTCAGAAGGGTATCTGGAAGATGACGCCACGGTGGAGTGCCCGCTa > 1:413159/1‑138 (MQ=255) | GCGCTTGCTGGAACGGGATATCGTCCTGGATCAAGCGGTAATCACTTCCCATAACCTGAGTGTACTGTTCTGATGAATCGAATTTATGCGTGTCCCGTTGCGGATGTGCCGGAGGGTGAGGCTCTCCGGATCGATACCTCGCCCGTCATCGCCCTGTTCAACGTTGGCGGCGAGTTTTATGCCATTAACGATCGTTGCAGCCATGGTAATGCGTCAATGTCAGAAGGGTATCTGGAAGATGACGCCACGGTGGAGTGCCCGCTA > NZ_CP009273/2664195‑2664458 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |