| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 176,910 | T→C | V396A (GTC→GCC) | dgt → | dGTPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 176,910 | 0 | T | C | 95.3% | 138.4 / ‑0.8 | 43 | V396A (GTC→GCC) | dgt | dGTPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (21/20); total (22/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01 | |||||||||||
TATTGATAATCTGCCTGCGATTTTCGCCGGAACGTTTAATCATGCATTATTGGAAGATGCCAGCGAATGCAGCGATCTTCTTAAGCTATATAAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGTCGAGCGGCTTGAATTGCAGGGCTATCGGGTCATTAGCGGATTATTAGAGATTTATCGTCCTTTATTAAGCCTGTCGTTATCAGACTTTACTGAACTGGTAGAAAAAGAACGGGTGAAACGTTTCCCTATTGAATC > NZ_CP009273/176779‑177045 | tATTGATAATCTGCCTGCGATTTTCGCCGGAACGTTTAATCATGCATTATTGGAAGATGCCAGCGAATGCAGCGATCTTCTTAAGCTATATAAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGCCGAGCgg > 2:666187/1‑139 (MQ=255) aTAATCTGCCTGCGATTTTCGCCGGAACGTTTAATCATGCATTATTGGAAGATGCCAGCGAATGCAGCGATCTTCTTAAGCTATATAAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGCCGAGCGGCTTg < 2:171515/138‑1 (MQ=255) aaTCTGCCTGCGATTTTCGCCGGAACGTTTAATCATGCATTATTGGAAGATGCCAGCGAATGCAGCGATCTTCTTAAGCTATATAAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGCCGAGCGGCTTGAAt > 1:744066/1‑139 (MQ=255) aTTTTCGCCGGAACGTTTAATCATGCATTATTGGAAGATGCCAGCGAATGCAGCGATCTTCTTAAGCTATATAAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGCCGAGCGGCTTGAATTGCAGGGCTATc < 1:567784/139‑1 (MQ=255) tCGCCGGAACGTTTAATCATGCATTATTGGAAGATGCCAGCGAATGCAGCGATCTTCTTAAGCTATATAAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGCCGAGCGGCTTGAATTGCAGGGCTATCggg < 2:28575/138‑1 (MQ=255) gAACGTTTAATCATGCATTATTGGAAGATGCCAGCGAATGCAGCGATCTTCTTAAGCTATATAAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGCCGAGCGGCTTGAATTGCAGGGCTATCGGGTCATTAg < 2:236747/139‑1 (MQ=255) aaCGTTTAATCATGCATTATTGGAAGATGCCAGCGAATGCAGCGATCTTCTTAAGCTATATAAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGCCGAGCGGCTTGAATTGCAGGGCTATCGGGTCATTAGc > 2:234261/1‑139 (MQ=255) gTTTAATCATGCATTATTGGAAGATGCCAGCGAATGCAGCGATCTTCTTAAGCTATATAAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGCCGAGCGGCTTGAATTGCAGGGCTATCGGGTCATTAGCGGa < 1:234261/139‑1 (MQ=255) cATTATTGGAAGATGCCAGCGAATGCAGCGATCTTCTTAAGCTATATAAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGCCGAGCGGCTTGAAtt > 1:748202/1‑103 (MQ=255) cATTATTGGAAGATGCCAGCGAATGCAGCGATCTTCTTAAGCTATATAAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGCCGAGCGGCTTGAAtt < 2:748202/103‑1 (MQ=255) ttGGAAGATGCCAGCGAATGCAGCGATCTTCTTAAGCTATATAAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGCCGAGCGGCTTGAATTGCAGGGCTATCGGGTCATTAGCGGATTATTAGAGATTTAt < 1:666645/138‑1 (MQ=255) ttGGAAGATGCCAGCGAATGCAGCGATCTTCTTAAGCTATATAAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGCCGAGCGGCTTGAATTGCAGGGCTATCGGGTCATTAGCGGATTATTAGAGATTTATc > 1:463851/1‑139 (MQ=255) aaGATGCCAGCGAATGCAGCGATCTTCTTAAGCTATATAAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGCCGAGCGGCTTGAATTGCAGGGCTATCGTGTCATTAGCGGATTATTAGAGATTTATCGTcc < 1:666187/139‑1 (MQ=255) aaGATGCCAGCGAATGCAGCGATCTTCTTAAGCTATATAAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGCCGAGCGGCTTGAATTGCAGGGCTATCGGGTCATTAGCGGATTATTAGAGATTTATCGTcc < 2:744066/139‑1 (MQ=255) tGCCAGCGAATGCAGCGATCTTCTTAAGCTATATAAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGCCGAGCGGCTTGAATTGCAGGGCTAt < 1:326767/100‑1 (MQ=255) tGCCAGCGAATGCAGCGATCTTCTTAAGCTATATAAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGCCGAGCGGCTTGAATTGCAGGGCTAt > 2:326767/1‑100 (MQ=255) ccAGCGAATGCAGCGATCTTCTTAAGCTATATAAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGCCGAGCGGCTTGAATTGCAGGGCTATCGGGTCATTAGCGGATTATTAGAGATTTATCGTCCTttatt < 1:243322/139‑1 (MQ=255) cttAAGCTATATAAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGCCGAGCGGCTTGAATTGCAGGGCTATCGGGTCATTAGCGGATTATTAGAGATTTATCGTCCTTTATTAAGCCTGTCGTTATCAGa < 1:447307/137‑1 (MQ=255) aaGCTATATAAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGCCGAGCGGCTTGAATTGCAGGGCTATCGGGTCATTAGCGGATTATTAGAGATTTATCGTCCTTTATTAAGCCTGTCGTTATCAGACTTTa > 2:218109/1‑139 (MQ=255) tataAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGTCGAGCGGCTTGAATTGCAGGGCTATCGGGTCATTAGCGGATTATTAGAGATTTATCGTCCTTTATTAAGCCTGTCGTTATCAGa > 1:284978/1‑128 (MQ=255) tataAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGTCGAGCGGCTTGAATTGCAGGGCTATCGGGTCATTAGCGGATTATTAGAGATTTATCGTCCTTTATTAAGCCTGTCGTTATCAGa < 2:284978/128‑1 (MQ=255) tataAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGCCGAGCGGCTTGAATTGCAGGGCTATCGGGTCATTAGCGGATTATTAGAGATTTATCGTc > 1:686113/1‑103 (MQ=255) tataAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGCCGAGCGGCTTGAATTGCAGGGCTATCGGGTCATTAGCGGATTATTAGAGATTTATCGTc < 2:686113/103‑1 (MQ=255) tataAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGCCGAGCGGCTTGAATTGAAGGGCTATCGGGTCATTAGCGGATTCTTAGAGATTTATCGTCCTTTATTAAGCCTGTCGTTATCAGACTTTACTGAAc > 2:246209/1‑139 (MQ=255) ataAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGCCGAGCGGCTTGAATTGCAGGGCTATCGGGTCATTAGCGGa > 1:163012/1‑83 (MQ=255) ataAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGCCGAGCGGCTTGAATTGCAGGGCTATCGGGTCATTAGCGGa < 2:163012/83‑1 (MQ=255) ataAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGCCGAGCGGCTTGAATTGCAGGGCTATCGGGTCATTAGCGGATTATTAGAGATTTATCGTCCTTTATTAAGCCTGTCGTTATCAGACTTTACTGAACt > 2:538777/1‑139 (MQ=255) tCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGCCGAGCGGCTTGAATTGCAGGGCTATCGGGTCATTAGCGGATTATTAGAGATTTATCGTcc < 2:217020/94‑1 (MQ=255) tCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGCCGAGCGGCTTGAATTGCAGGGCTATCGGGTCATTAGCGGATTATTAGAGATTTATCGTcc > 1:217020/1‑94 (MQ=255) tCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGCCGAGCGGCTTGAATTGCAGGGCTATCGGGTCATTAGCGGATTATTAGAGATTTATCGTCCTTTATTAAGCCTGTCGTTATCAGACTTTACTGaa < 1:430391/128‑1 (MQ=255) tCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGCCGAGCGGCTTGAATTGCAGGGCTATCGGGTCATTAGCGGATTATTAGAGATTTATCGTCCTTTATTAAGCCTGTCGTTATCAGACTTTACTGaa > 2:430391/1‑128 (MQ=255) tCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGCCGAGCGGCTTGAATTGCAGGGCTATCGGGTCATTAGCGGATTATTAGAGATTTATCGTCCTTTATTAAGCCTGTCGTTATCAGACTTTACTGAACTGGTAGaaa > 2:750826/1‑138 (MQ=255) gtgtTTAGCCATCCAGATGCCGAGCGGCTTGAATTGCAGGGCTAt < 2:271358/45‑1 (MQ=255) gtgtTTAGCCATCCAGATGCCGAGCGGCTTGAATTGCAGGGCTAt > 1:271358/1‑45 (MQ=255) gCCATCCAGATGCCGAGCGGCTTGAATTGCAGGGCTATCGGGTCATTAGCGGATTATTAGAGATTTATCGTCCTTTATTAAGCCTGTCGTTATCAGACTTTACTGAACTGGTAGAAAAAGAACGGGTGAAACGTTTccc > 1:47733/1‑139 (MQ=255) aTCCAGATGCCGAGCGGCTTGAATTGCAGGGCTATCGGGTCATTAGCGGATTATTAGAGATTTATCGTCCTTTATTAAGCCTGTCGTTATCAGa < 2:161748/94‑1 (MQ=255) aTCCAGATGCCGAGCGGCTTGAATTGCAGGGCTATCGGGTCATTAGCGGATTATTAGAGATTTATCGTCCTTTATTAAGCCTGTCGTTATCAGa > 1:161748/1‑94 (MQ=255) tCCAGATGCCGAGCGGCTTGAATTGCAGGGCTATCGGGTCATTAGCGGATTATTAGAGATTTATCGTCCTTTATTAAGCCTGTCGTTATCAGACTTTACTGAACTGGTAGAAAAAGaa < 2:541106/118‑1 (MQ=255) tCCAGATGCCGAGCGGCTTGAATTGCAGGGCTATCGGGTCATTAGCGGATTATTAGAGATTTATCGTCCTTTATTAAGCCTGTCGTTATCAGACTTTACTGAACTGGTAGAAAAAGaa > 1:541106/1‑118 (MQ=255) tCCAGATGCCGAGCGGCTTGAATTGCAGGGCTATCGGGTCATTAGCGGATTATTAGAGATTTATCGTCCTTTATTAAGCCTGTCGTTATCAGACTTTACTGAACTGGTAGAAAAAGAACGGGTg > 2:368591/1‑124 (MQ=255) tCCAGATGCCGAGCGGCTTGAATTGCAGGGCTATCGGGTCATTAGCGGATTATTAGAGATTTATCGTCCTTTATTAAGCCTGTCGTTATCAGACTTTACTGAACTGGTAGAAAAAGAACGGGTg < 1:368591/124‑1 (MQ=255) aTGCCGAGCGGCTTGAATTGCAGGGCTATCGGGTCATTAGCGGATTATTAGAGATTTATCGTCCTTTATTAAGCCTGTCGTTATCAGACTTTACTGAACTGGTAGAAAAAGAACGGGTGAAACGTTTCCCTATTGAATc > 1:488411/1‑139 (MQ=255) aTGCCGAGCGGCTTGAATTGCAGGGCTATCGGGTCATTAGCGGATTATTAGAGATTTATCGTCCTTTATTAAGCCTGTCGTTATCAGACTTTACTGAACTGGTAGAAAAAGAACGGGTGAAACGTTTCCCTATTGAATc > 2:92596/1‑139 (MQ=255) | TATTGATAATCTGCCTGCGATTTTCGCCGGAACGTTTAATCATGCATTATTGGAAGATGCCAGCGAATGCAGCGATCTTCTTAAGCTATATAAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGTCGAGCGGCTTGAATTGCAGGGCTATCGGGTCATTAGCGGATTATTAGAGATTTATCGTCCTTTATTAAGCCTGTCGTTATCAGACTTTACTGAACTGGTAGAAAAAGAACGGGTGAAACGTTTCCCTATTGAATC > NZ_CP009273/176779‑177045 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |