Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 3,639,274 | T→C | V177A (GTC→GCC) | rlmJ → | 23S rRNA (adenine(2030)‑N(6))‑methyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 3,639,274 | 0 | T | C | 100.0% | 159.7 / NA | 44 | V177A (GTC→GCC) | rlmJ | 23S rRNA (adenine(2030)‑N(6))‑methyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (20/24); total (20/24) |
AGAAAGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGG‑CCAAA‑CTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCGCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGTCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTACGCACTGTGGTATCCGGTGGTGCTGCGTCAGCAAATTAAGCGCATGATCCACGATCTGGAAGCGACCGGTATTCGCAAAATTCTGCA > NZ_CP009273/3639139‑3639406 | aaaaaaATCGCCGGGCGCGTGCCAAAAAACCCG‑CGGTTTCCAACAAGTTAAGG‑CCAAACCGGCCGCCGTTTCCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCGCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGCCAg < 2:505500/137‑1 (MQ=255) aGATGGCCGGGGGCGTGTAAAAAAACCCGGCGTTTCCCAGCAGTTAAAGC‑CCAAA‑CGGCCGCGGTTTCCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCGCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGCCAGCggg < 2:199539/139‑1 (MQ=255) gATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGTTTAAGG‑CCAAA‑CTGCCGCCGTTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCGCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGCCAGCGGGa < 1:627120/139‑1 (MQ=255) cgggcgcGTGTCAAAAAGCCCGAGGGTTTCCAGCAGCTAAAGG‑CCAAC‑CTGCCGCCGGTTCCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCGCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGCCAGCGGGATAGCAg < 2:725011/136‑1 (MQ=255) cGTGCGCGTGTCAAAAACGCCGACGTTTCCCAGCAGCTAAAGC‑CCAAC‑CTGCCGCCGGTTCCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCGCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGCCAGCGGGATAGCAg < 2:424804/139‑1 (MQ=255) cggcgcGTGTCAAAAAACCCGACGTTTTCCAGCAGCTAAAGC‑CCAAA‑CTGCCGCGGTTTTCCCGCCGTGGTTTAACCCTTACCGCCCCGCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGCCAGCGGGATAGCAGa < 2:743530/137‑1 (MQ=255) tgcggttgtCAAAAACGCCGGCGTTTCCCAGCAGTTAAAGG‑CCAAA‑CCGCCCCGGGTTCCCCCCCGTGGTTTAATCCTGCCCGACCCGCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGCCAGCGGGATAGCAGaa < 2:140517/133‑1 (MQ=255) tGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGG‑CCAAA‑CTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCGCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGCCAGCGGGATAGCAg > 1:75563/1‑137 (MQ=255) gcgTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGG‑CCAAA‑CTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCGCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGCCAGCGGGATAGCAGAAGGt > 1:392018/1‑139 (MQ=255) gtCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGG‑CCAAA‑CTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCGCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGCCAGCGGGATAGCAGAAGGTTAc > 1:452916/1‑138 (MQ=255) gtCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGG‑CCAAA‑CTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCGCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGCCAGCGGGATAGCAGAAGGTTAc > 2:210912/1‑138 (MQ=255) gACGGTTTCCAGCAGCTAAAGC‑CAAAC‑CTGCCGCCGTTTCCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCGCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGCCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCa < 2:369137/139‑1 (MQ=255) cgcTTAAGGCCCAAC‑CTGCCGCCGTTTCCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCGCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGCCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTACg < 2:209368/138‑1 (MQ=255) gcTTAAGT‑CAAAA‑CGCCGGCCGTTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCGCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTTGCCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTACGCa < 1:413340/139‑1 (MQ=255) aaag‑CCAAACCTCCCGCCGTTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCGCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGCCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTACGCACt < 1:731683/135‑1 (MQ=255) aa‑CTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCGCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGCCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTACGCACtgtg > 2:17675/1‑133 (MQ=255) aa‑CTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCGCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGCCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTACGCACtgtg < 1:17675/133‑1 (MQ=255) aa‑CTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCGCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGCCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTACGCACTGTGGTATcc > 2:490806/1‑139 (MQ=255) ccgccgGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCGCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGCCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTACGCACTGTGGTATCCggtgg > 1:522266/1‑139 (MQ=255) ccgccgGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCGCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGCCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTACGCACTGTGGTATCCggtgg > 2:369178/1‑139 (MQ=255) tGGTTTAATCCTTATCGACCCGCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGCCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTACGCACTGTGGTATCCGGTGGTGCTGCGTCAGCAAAtt < 1:225923/139‑1 (MQ=255) tGGTTAACTCTTTATCGACCCGCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGCCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTACGCACTGTGGTATCCGGTGGTGCTGCGTCAGCAAAtt < 2:452916/139‑1 (MQ=255) 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tATCGACCCGCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGCCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTACGCACTGTGGTATCCGGTGGTGCTGCGTCAGCAAATTAAGCGCATGATc > 1:71263/1‑139 (MQ=255) tATCGACCCGCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGCCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTACGCACTGTGGTATCCGGTGGTGCTGCGTCAGCAAATTAAGCGCATGATc > 1:283592/1‑139 (MQ=255) tATCGACCCGCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGCCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTACGCACTGTGGTATCCGGTGGTGCTGCGTCAGCAAATTAAGCGCATGATc > 1:451003/1‑139 (MQ=255) aTCGAGCCGCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGCCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGGTTCGCCACTGGAATTTACGCACTGTGGTATCCGGTGGTGCTGCGTCAGCAAATTAGGCGCATGATc > 2:81867/1‑138 (MQ=255) aTCGACCCGCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGCCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTACGCACTGTGGTATCCGGTGGTGCTGCGTCAGCAAATTAAGCGCATGATc < 1:210912/138‑1 (MQ=255) tCGACCCGCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGCCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTACGCACTGTGGTATCCGGTGGTGCTGCGTCAGCAAATTAAGCGCATGATCCa < 1:642402/139‑1 (MQ=255) ccGACCCGCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGCCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTACGCACTGTGGTATCCGGTGGTGCTGCGTCAGCAAATTAAGCGCATGATCCa < 2:685894/138‑1 (MQ=255) cccGCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGCCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTACGCACTGTGGTATCCGGTGGTGCTGCGTCAGCAAATTAAGCGCATGATCCACGAt > 1:504351/1‑139 (MQ=255) cccGCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGCCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTACGCACTGTGGTATCCGGTGGTGCTGCGTCAGCAAATTAAGCGCATGATCCACGAt > 2:717331/1‑139 (MQ=255) gccgTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGCCAg > 2:708874/1‑39 (MQ=255) gccgTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGCCAg < 1:708874/39‑1 (MQ=255) aaatgaaaACTGACTATCAAGCGGTGGCCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTACGCACTGTGGTATCCGGTGGTGCTGCGTCAGCAAATTAAGCGCATGATCCACGATCTGGAAGCGa < 2:100015/138‑1 (MQ=255) tgaaaACTGACTATCAAGCGGTGGCCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTACGCACTGTGGTATCCGGTGGTGCTGCGTCAGCAAATTAAGCGCATGATCCACGATCTGGAAGCGACCgg > 2:58649/1‑139 (MQ=255) aGCGGTGGCCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTACGCACTGTGGTATCCGGTGGTGCTGCGTCAGCAAATTAAGCGCa > 1:580806/1‑98 (MQ=255) aGCGGTGGCCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTACGCACTGTGGTATCCGGTGGTGCTGCGTCAGCAAATTAAGCGCa < 2:580806/98‑1 (MQ=255) ggtggcCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTACGCACTGTGGTATCCGGTGGTGCTGCGTCAGCAAATTAAGCGCATGATCCACGATCTGGAAGCGACCGGTATTCGCAAAATTCTGCa > 1:629125/1‑138 (MQ=255) ggtggcCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTACGCACTGTGGTATCCGGTGGTGCTGCGTCAGCAAATTAAGCGCATGATCCACGATCTGGAAGCGACCGGTATTCGCAAAATTCTGCa > 1:697114/1‑138 (MQ=255) | AGAAAGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGG‑CCAAA‑CTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCGCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGTCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTACGCACTGTGGTATCCGGTGGTGCTGCGTCAGCAAATTAAGCGCATGATCCACGATCTGGAAGCGACCGGTATTCGCAAAATTCTGCA > NZ_CP009273/3639139‑3639406 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |