Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 3,829,452 | T→G | intergenic (‑163/‑130) | yicJ ← / → BW25113_RS18990 | glycoside‑pentoside‑hexuronide family transporter/tRNA‑Sec |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 3,829,452 | 0 | T | G | 100.0% | 91.4 / NA | 26 | intergenic (‑163/‑130) | yicJ/BW25113_RS18990 | glycoside‑pentoside‑hexuronide family transporter/tRNA‑Sec |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base G (14/12); total (14/12) |
CTGAGACCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGTTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGAAAAAACTGATCTGGGGGATGTAGAAACTCAAGGAAGTAGCTATAATGCGCCCCGCCTCCATGTAGCAATCGAGGCGCGG > NZ_CP009273/3829317‑3829583 | cTGAGACCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGgtt > 1:302/1‑138 (MQ=255) cTGAGACCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGgtt > 1:567362/1‑138 (MQ=255) cTGAGACCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGgtt > 1:689384/1‑138 (MQ=255) aCCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGGTTTATATg < 1:436981/139‑1 (MQ=255) aCCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGGTTTATATg < 1:87649/139‑1 (MQ=255) tttGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCtt > 2:311934/1‑139 (MQ=255) tAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCg < 1:125981/138‑1 (MQ=255) tAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCg < 1:628100/138‑1 (MQ=255) tCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGataata > 1:529724/1‑139 (MQ=255) ccTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACg < 1:578002/139‑1 (MQ=255) tgAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCt < 2:689384/137‑1 (MQ=255) cGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTAt > 2:111147/1‑139 (MQ=255) tatCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGaaaa > 2:735274/1‑138 (MQ=255) tATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGAAAAAACTGATCTGGGGGATg > 1:720874/1‑139 (MQ=255) tGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGAAAAAACTGATCTGGGGGATGTa < 2:495790/139‑1 (MQ=255) ttATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGAAAAAACTGATCTGGGGGATGTAGAAACTCAAg > 1:22869/1‑138 (MQ=255) aTGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGAAAAAACTGATCTGGGGGATGTAGAAACTCAAGGa < 1:735274/138‑1 (MQ=255) tgtgATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGAAAAAACTGATCTGGGGGATGTAGAAACTCAAGGAAg > 1:715280/1‑139 (MQ=255) tCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGGTTtat > 1:418153/1‑51 (MQ=255) tCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGGTTtat < 2:418153/51‑1 (MQ=255) tGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACg > 2:311926/1‑77 (MQ=255) tGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACg < 1:311926/77‑1 (MQ=255) gTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGAAGAAACTGATCTGGGGGATGTAGAACCTCAAGGAAGTAGCTATAATGCGCCCCGCCTCCATGTAGCAATCGAgg > 1:373684/1‑139 (MQ=255) gTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGAAAAAACTGATCTggggg > 2:276976/1‑82 (MQ=255) gTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGAAAAAACTGATCTggggg < 1:276976/82‑1 (MQ=255) gTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGAAAAAACTGATCTGGGGGATGTAGAAACTCAAGGAAGTAGCTATAATGCGCCCCGCCTCCATGTAGCAATCGAgg > 2:108003/1‑139 (MQ=255) gTAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGAAAAAACTGATCTGGGGGATGTAGAAACTCAAGGAAGTAGCTATAATGCGCCCCGCCTCCATGTAGCAATCGAgg > 1:608430/1‑139 (MQ=255) tAAAATATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGAAAAAACTGATCTGGGGGATGTAGAAACTCAAGGAAGTAGCTATAATGCGCCCCGCCTCCATGTAGCAATCGAGgc > 1:669642/1‑139 (MQ=255) aaaTATGGGGTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGAAAAAACTGATCTGGGGGATGTAGAAACTCAAGGAAGTAGCTATAATGCGCCCCGCCTCCATGTAGCAATCGAGgcg < 2:567362/138‑1 (MQ=255) ggggTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGAAAAAACTGATCTGGGGGATGTAGAAACTCAAGGAAGTAGCTATAATGCGCCCCGCCTCCATGTAGCAATCGAGGCGCgg > 2:348919/1‑135 (MQ=255) | CTGAGACCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGTTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGAAAAAACTGATCTGGGGGATGTAGAAACTCAAGGAAGTAGCTATAATGCGCCCCGCCTCCATGTAGCAATCGAGGCGCGG > NZ_CP009273/3829317‑3829583 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |