Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 4,320,763 | T→C | S149P (TCG→CCG) | proP → | glycine betaine/L‑proline transporter ProP |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 4,320,763 | 0 | T | C | 100.0% | 186.0 / NA | 51 | S149P (TCG→CCG) | proP | glycine betaine/L‑proline transporter ProP |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (29/22); total (29/22) |
TGTCGATCAGTACGTTCTGTATTGGCTTAATACCGTCCTACGACACGATTGGTATTTGGGCACCGATTCTGCTGTTGATCTGTAAGATGGCACAAGGTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGTCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGA‑CCGTAAACGTGGCTTTATGGGCAGCTGGCTGGACTTCGGTTCTATTGCCGGGTTTGTGCTGGGTGCGGGCGTGGTGGTGTTAATTTCGACCATTGTCGGCGAAGC > NZ_CP009273/4320635‑4320896 | tGTCGATCAGTACGTTCTGTATTGGCTTAATACCGTCCTACGACACGATTGGTATTTGGGCACCGATTCTGCTGTTGATCTGTAAGATGGCACAAGGTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGATATttg < 2:137672/138‑1 (MQ=255) gTCGATCAGTACGTTCTGTATTGGCTTAATACCGTCCTACGACACGATTGGTATTTGGGCACCGATTCTGCTGTTGATCTGTAAGATGGCACAAGGTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGATATttgtt > 2:121084/1‑139 (MQ=255) tCGATCAGTACGTTCTGTATTGGCTTAATACCGTCCTACGACACGATTGGTATTTGGGCACCGATTCTGCTGTTGATCTGTAAGATGGCACAAGGTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGATATttgttg < 1:614628/139‑1 (MQ=255) ttCTGTATTGGCTTAATACCGTCCTACGACACGATTGGTATTTGGGCACCGATTCTGCTGTTGATCTGTAAGATGGCACAAGGTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTccc < 1:708792/139‑1 (MQ=255) aTTGGCTTAATACCGTCCTACGACACGATTGGTATTTGGGCACCGATTCTGCTGTTGATCTGTAAGATGGCACAAGGTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGA‑cc > 2:326239/1‑139 (MQ=255) gCTTAATACCGTCCTACGACACGATTGGTATTTGGGCACCGATTCTGCTGTTGATCTGTAAGATGGCACAAGGTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGA‑CCGTa > 2:475502/1‑138 (MQ=255) aTACCGTCCTACGACACGATTGGTATTTGGGCACCGATTCTGCTGTTGATCTGTAAGATGGCACAAGGTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGATATttgttg < 2:666427/112‑1 (MQ=255) aTACCGTCCTACGACACGATTGGTATTTGGGCACCGATTCTGCTGTTGATCTGTAAGATGGCACAAGGTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGATATttgttg > 1:666427/1‑112 (MQ=255) aTACCGTCCTACGACACGATTGGTATTTGGGCACCGATTCTGCTGTTGATCTGTAAGATGGCACAAGGTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGA‑CCGTAAACGTg > 2:604392/1‑139 (MQ=255) gTCCTACGACACGATTGGTATTTGGGCATCGATTCTGCTGTTGATCTGTAAGATGGCACAAGGTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTcccc < 2:243125/120‑1 (MQ=255) gTCCTACGACACGATTGGTATTTGGGCATCGATTCTGCTGTTGATCTGTAAGATGGCACAAGGTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTcccc > 1:243125/1‑120 (MQ=255) aTTGGTATTTGGGCACCGATTCTGCTGTTGATCTGTAAGATGTCACAAGGTTTGTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGA‑CCTTAAACGTGGCTTTATGGGCAgctggc < 2:547602/139‑1 (MQ=255) aTTGGTATTTGGGCACCGATTCTGCTGTTGATCTGTAAGATGGCACAAGGTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGA‑CCGTAAACGTGGCTTTATGGGCAgctggc > 1:584575/1‑139 (MQ=255) tATTTGGGCACCGATTCTGCTGTTGATCTGTAAGATGGCACAAGGTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGA‑CCGTAAACGTGGCTTTATGGGCAGCTGGCTGGAc < 1:604392/139‑1 (MQ=255) aCCGATTCTGCTGTTGATCTGTAAGATGGCACAAGGTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGA‑CCGTAAACGTGGCTTTATGGGCAGCTGGCTGGACTTCGGTTc > 1:38179/1‑138 (MQ=255) ccGATTCTGCTGTTGATCTGTAAGATGGCACAAGGTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGA‑CCGTAAACGTGGCTTTATGGGCAGCTGGCTGGACTTCGGTTCTa > 2:7623/1‑139 (MQ=255) ccGATTCTGCTGTTGATCTGTAAGATGGCACAAGGTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGA‑CCGTAAACGTGGCTTTATGGGCAGCTGGCTGGACTTCGGTTCTa > 1:580278/1‑139 (MQ=255) ccGATTCTGCTGTTGATCTGTAAGATGGCACAAGGTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGA‑CCGTAAACGTGGCTTTATGGGCAGCTGGCTGGACTTCGGTTCTa > 2:407494/1‑139 (MQ=255) gATCTGTAAGATGGCACAAGGTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGATATTTGTTGCGGAAt < 1:748161/71‑1 (MQ=255) gATCTGTAAGATGGCACAAGGTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGATATTTGTTGCGGAAt > 2:748161/1‑71 (MQ=255) gATCTGTAAGATGGCACAAGGTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGACCCGTAAACGTGGCTTTATGGGCAGCTGGCTGGACtt > 1:243704/1‑118 (MQ=255) gATCTGTAAGATGGCACAAGGTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGACCCGTAAACGTGGCTTTATGGGCAGCTGGCTGGACtt < 2:243704/118‑1 (MQ=255) aTCTGTAAGATGGCACAAGGTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGA‑CCGTAAACGTGGCTTTATGGGCAGCTGGCTGGACTTCGGTTCTATTGCCGGGTTtgtg < 1:519402/138‑1 (MQ=255) gTAAGATGGCACAAGGTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGA‑CCGTAAACGTGGCTTTATGGGCAGCTGGCTGGACTTCGGTTCTATTGCCGGGTTTGTGCTggg > 1:151599/1‑139 (MQ=255) tAAGATGGCACAAGGTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGA‑CCGTAAACGTGGCTTTATGGGCAGCTGGCTGGACTTCGGTTCTATTGCCGGGTTTGTGCt < 2:363452/135‑1 (MQ=255) tAAGATGGCACAAGGTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGA‑CCGTAAACGTGGCTTTATGGGCAGCTGGCTGGACTTCGGTTCTATTGCCGGGTTTGTGCt < 2:186876/135‑1 (MQ=255) aGATGGCACAAGGTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGat < 1:401039/49‑1 (MQ=255) aGATGGCACAAGGTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGat > 2:401039/1‑49 (MQ=255) gCACAAGGTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTccc > 1:618159/1‑64 (MQ=255) gCACAAGGTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTccc < 2:618159/64‑1 (MQ=255) cacaAGGTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGA‑CCGTAAACGTGGCTTTATGGGCAGCTGGCTGGACTTCGGTTCTATTGCCGGGt > 2:768673/1‑120 (MQ=255) cacaAGGTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGA‑CCGTAAACGTGGCTTTATGGGCAGCTGGCTGGACTTCGGTTCTATTGCCGGGt < 1:768673/120‑1 (MQ=255) cacaAGGTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGA‑CCGTAAACGTGGCTTTATGGGCAGCTGGCTGGACTTCGGTTCTATTGCCGGGTTTGTGCTGGGTg > 2:750663/1‑132 (MQ=255) cacaAGGTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGA‑CCGTAAACGTGGCTTTATGGGCAGCTGGCTGGACTTCGGTTCTATTGCCGGGTTTGTGCTGGGTg < 1:750663/132‑1 (MQ=255) cacaAGGTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGA‑CCGTAAACGTGGCTTTATGGGCAGCTGGCTGGACTTCGGTTCTATTGCCGGGTTTGTGCTGGGTGCGGGCgt > 1:584382/1‑139 (MQ=255) cacaAGGTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGA‑CCGTAAACGTGGCTTTATGGGCAGCTGGCTGGACTTCGGTTCTATTGCCGGGTTTGTGCTGGGTGCGGGCgt > 1:761435/1‑139 (MQ=255) caAGGTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGA‑CCGTAAACGTGGCTTTATGGGCAGCTGGCTGGACTTCGGTTCTATTGCCGGGTTTGTGCTGGGTGCGGGCgtgg > 1:100792/1‑139 (MQ=255) caAGGTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGA‑CCGTAAACGTGGCTTTATGGGCAGCTGGCTGGACTTCGGTTCTATTGCCGGGTTTGTGCTGGGTGCGGGCgtgg < 2:633175/139‑1 (MQ=255) gTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCt > 1:188592/1‑59 (MQ=255) gTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCt < 2:188592/59‑1 (MQ=255) ctcGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGA‑CCGTAAACGTGGCTTTATGGGCAGCTGGCTGGACTTCGGTTCTATTGCCGGGTTTGTGCTGGGTGCGGGCGTGGTGGTGtt > 1:174744/1‑138 (MQ=255) aCCGGGGCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGA‑CCGTAAACGTGGCTTTATGGGCAGCTGGCTGGACTTCGGTTCTATTGCCGGGTTTGTGCTGGGTGCgg > 1:759798/1‑106 (MQ=255) aCCGGGGCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGA‑CCGTAAACGTGGCTTTATGGGCAGCTGGCTGGACTTCGGTTCTATTGCCGGGTTTGTGCTGGGTGCgg < 2:759798/106‑1 (MQ=255) ccGGGGCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGA‑CCGTAAACGTGGCTTTATGGGCAGCTGGCTGGACTTCGGTTCTATTGCCGGGTTTGTGCTGGGTGCGGGCGTGGTGGTGTTAATTTCGACCATTGTCGgcg < 2:266082/138‑1 (MQ=255) ggggCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGA‑CCGTAAACGTGGCTTTATGGGCAGCTGGCTGGACTTCGGTTCTATTGCCGGGTTTGTGCTGGGTGCGGGCGTGGTGGTGTTAATTTCGACCATTGTCGgcgaag > 2:508946/1‑139 (MQ=255) ggCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGA‑CCGTAAACGTGGCTTTATGGGCa < 2:13734/56‑1 (MQ=255) ggCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGA‑CCGTAAACGTGGCTTTATGGGCa > 1:13734/1‑56 (MQ=255) ggCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGA‑CCGTAAACGTGGCTTTATGGGCAGCTGGCTGGACTTCGGTTCTATTGCCGGGTTTGTGCt < 1:604845/93‑1 (MQ=255) ggCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGA‑CCGTAAACGTGGCTTTATGGGCAGCTGGCTGGACTTCGGTTCTATTGCCGGGTTTGTGCt > 2:604845/1‑93 (MQ=255) ggCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGA‑CCGTAAACGTGGCTTTATGGGCAGCTGGCTGGACTTCGGTTCTATTGCCGGGTTTGTGCTGGGTGCGGGCGTGGTGGTGTTAATTTCGACCATTGTCGgcgaagc > 1:19231/1‑138 (MQ=255) ggCGCCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGA‑CCGTAAACGTGGCTTTATGGGCAGCTGGCTGGACTTCGGTTCTATTGCCGGGTTTGTGCTGGGTGCGGGCGTGGTGGTGTTAATTTCGACCATTGTCGgcgaagc > 2:318122/1‑138 (MQ=255) | TGTCGATCAGTACGTTCTGTATTGGCTTAATACCGTCCTACGACACGATTGGTATTTGGGCACCGATTCTGCTGTTGATCTGTAAGATGGCACAAGGTTTCTCGGTCGGCGGTGAATATACCGGGGCGTCGATATTTGTTGCGGAATACTCCCCTGA‑CCGTAAACGTGGCTTTATGGGCAGCTGGCTGGACTTCGGTTCTATTGCCGGGTTTGTGCTGGGTGCGGGCGTGGTGGTGTTAATTTCGACCATTGTCGGCGAAGC > NZ_CP009273/4320635‑4320896 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |