| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 1,616,325 | T→C | V246A (GTC→GCC) | ydeE → | efflux MFS transporter YdeE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,616,325 | 0 | T | C | 96.5% | 94.9 / ‑3.2 | 29 | V246A (GTC→GCC) | ydeE | efflux MFS transporter YdeE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (14/14); total (15/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.40e-01 | |||||||||||
CAAGATAAAGCACTGTTGTGGTTTACCTGCTCTGGTTTTCTGGCTTCTTTTGTAAGCGGCGCATTTGCTTCATGCATTTCACAATATGTGATGGTGATTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGTCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCATGGTGGTTACGTTGCAATATTCCGTGGGCCGCCGACTTAACCCGGCTAACATCCGCGCGCTGATGACAGCAGGCACCC > NZ_CP009273/1616198‑1616432 | cAAGATAAAGCACTGTTGTGGTTTACCTGCTCTGGTTTTCTGGCTTCTTTTGTAAGCGGCGCATTTGCTTCATGCATTTCACAATATGTGATGGTGATTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGCCGCGgttgtt < 1:752119/138‑1 (MQ=255) aGATAAAGCACTGTTGTGGTTTACCTGCTCTGGTTTTCTGGCTTCTTTTGTAAGCGGCGCATTTGCTTCATGCATTTCACAATATGTGATGGTGATTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGCCGCGGTTGttctt < 1:204629/139‑1 (MQ=255) aaGCACTGTTGTGGTTTACCTGCTCTGGTTTTCTGGCTTCTTTTGTAAGCGGCGCATTTGCTTCATGCATTTCACAATATGTGATGGTGATTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGCCGCGGTTGTTCTTCCGGt < 1:406103/139‑1 (MQ=255) gttgtGGTTTACCTGCTCTGGTTTTCTGGCTTCTTTTGTAAGCGGCGCATTTGCTTCATGCATTTCACAATATGTGATGGTGATTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGCCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAAtgct > 2:595546/1‑139 (MQ=255) ttgtGGTTTACCTGCTCTGGTTTTCTGGCTTCTTTTGTAAGCGGCGCATTTGCTTCATGCATTTCACAATATGTGATGGTGATTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGCCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAAtgctg > 1:491133/1‑139 (MQ=255) tgGTTTACCTGCTCTGGTTTTCTGGCTTCTTTTGTAAGCGGCGCATTTGCTTCATGCATTTCACAATATGTGATGGTGATTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGCCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGcc < 1:131117/138‑1 (MQ=255) gTTTACCTGCTCTGGTTTTCTGGCTTCTTTTGTAAGCGGCGCATTTGCTTCATGCATTTCACAATATGTGATGGTGATTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGCCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCAtg > 2:327212/1‑139 (MQ=255) tACCTGCTCTGGTTTTCTGGCTTCTTTTGTAAGCGGCGCATTTGCTTCATGCATTTCACAATATGTGATGGTGATTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGCCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCAtggtg > 1:132006/1‑139 (MQ=255) ccTGCTCTGGTTTTCTGGCTTCTTTTGTAAGCGGCGCATTTGCTTCATGCATTTCACAATATGTGATGGTGATTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGCCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCATggtggt > 2:669460/1‑139 (MQ=255) cTGCTCTGGTTTTCTGGCTTCTTTTGTAAGCGGCGCATTTGCTTCATGCATTTCACAATATGTGATGGTGATTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGCCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCATggtggt < 2:351682/138‑1 (MQ=255) ctctGGTTTTCTGGCTTCTTTTGTAAGCGGCGCATTTGCTTCATGCATTTCACAATATGTGATGGTGATTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGCCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCATGGTGGTTa < 1:468885/137‑1 (MQ=255) ctctGGTTTTCTGGCTTCTTTTGTAAGCGGCGCATTTGCTTCATGCATTTCACAATATGTGATGGTGATTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGCCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCATGGTGGTTa < 2:14621/137‑1 (MQ=255) tttCTGGCTTCTTTTGTAAGCGGCGCATTTGCTTCATGCATTTCACAATATGTGATGGTGATTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGCCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCATGGTGGTTACGTTGCaa > 2:554868/1‑138 (MQ=255) cTGGCTTCTTTTGTAAGCGGCGCATTTGCTTCATGCATTTCACAATATGTGATGGTGATTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGCCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCATGGTGGTTACGTTGCAATAtt > 2:395627/1‑139 (MQ=255) ttcttTTGTAAGCGGCGCATTTGCTTCATGCATTTCACAATATGTGATGGTGATTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGCCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCATggtggt > 1:466412/1‑120 (MQ=255) ttcttTTGTAAGCGGCGCATTTGCTTCATGCATTTCACAATATGTGATGGTGATTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGCCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCATggtggt < 2:466412/120‑1 (MQ=255) gcATTTGCTTCATGCATTTCACAATATGTGATGGTGATTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGCCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCATGGTGGTTACGTTGCAATATTCCGTGGGCCGCCGACTTAAcc < 2:467091/139‑1 (MQ=255) tgATGGTGATTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGCCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCATGGTGGTTACGTTGCAATATTCCGTGGGCCGCCGACTTAACCCGGCTAACATCCGCGCGCTGATGAcag < 1:462093/138‑1 (MQ=255) tgATGGTGATTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGCCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCATGGTGGTTACGTTGCAATATTCCGTGGGCCGCCGACTTAACCCGGCTAACATCCGCGCGCTGATGAcag < 1:395627/138‑1 (MQ=255) aTGGTGATTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGTCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCATGGTGGTTACGTTGCAATATTCCGTGGGCCGCCGACTTAACCCGGCTAACATCCGCGCGCTGATGAcagcag > 2:477491/1‑139 (MQ=255) ggTGATTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGCCGCGGTTGTTCTTCCGGTGaa > 1:63479/1‑57 (MQ=255) ggTGATTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGCCGCGGTTGTTCTTCCGGTGaa < 2:63479/57‑1 (MQ=255) ggTGATTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGCCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCATGGTGGTTACGTTGCAATATTCCGTGGGCCGCCGACTTAACCCGGCTAACATCCGCGCGCTGATGACAGCAgg > 1:208829/1‑138 (MQ=255) aTTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGCCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCATGGTGGTTACGTTGCAATATTCCGTGGGCCGCCGACTTAACCCGGCTAACATCCGCGCGCTGATGACAGCAGGc > 2:321341/1‑135 (MQ=255) aTTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGCCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCATGGTGGTTACGTTGCAATATTCCGTGGGCCGCCGACTTAACCCGGCTAACATCCGCGCGCTGATGACAGCAGGc < 1:321341/135‑1 (MQ=255) aTTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGCCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCATGGTGGTTACGTTGCAATATTCCGTGGGCCGCCGACTTAACCCGGCTAACATCCGCGCGCTGATGACAGCAGGCAccc > 1:243890/1‑139 (MQ=255) aTTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGCCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCATCGTGGTTACGTTGCAATATTACGAGGGCCGCCGACTTAACCCGGCTAACATCGGCGGTCTGCTGACATGAGGCAccc > 2:512511/1‑139 (MQ=255) tGCCGAAAAGGTGGCCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCATGGTGGTTACGTTGCAATATTCCGTg > 2:180619/1‑70 (MQ=255) tGCCGAAAAGGTGGCCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCATGGTGGTTACGTTGCAATATTCCGTg < 1:180619/70‑1 (MQ=255) | CAAGATAAAGCACTGTTGTGGTTTACCTGCTCTGGTTTTCTGGCTTCTTTTGTAAGCGGCGCATTTGCTTCATGCATTTCACAATATGTGATGGTGATTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGTCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCATGGTGGTTACGTTGCAATATTCCGTGGGCCGCCGACTTAACCCGGCTAACATCCGCGCGCTGATGACAGCAGGCACCC > NZ_CP009273/1616198‑1616432 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |