Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 1,703,908 | T→G | G170G (GGT→GGG) | rsxD → | electron transport complex subunit RsxD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 1,703,908 | 0 | T | G | 97.2% | 135.7 / ‑3.7 | 36 | G170G (GGT→GGG) | rsxD | electron transport complex subunit RsxD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base G (17/18); total (17/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
TGTGGTCTTACTGATCTCCTTCCCCGTGCAGATGACCAGCTGGTTACCGCCACATGAAATTGCGGTCAACATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTG > NZ_CP009273/1703782‑1704043 | tgtgGTCTTACTGATCTCCTTCCCCGTGCAGATGACCAGCTGGTTACCGCCACATGAAATTGCGGTCAACATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGGGGTGATATGaa < 2:765180/138‑1 (MQ=255) tgtgGTCTTACTGATCTCCTTCCCCGTGCAGATGACCAGCTGG‑TACCGCCACATGAAATTGCGGTCAACATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGGGGTGATATGAaca < 1:305329/139‑1 (MQ=255) gTCTTACTGATCTCCTTCCCCGTGCAGATGACCAGCTGGTTACCGCCACATGAAATTGCGGTCAACATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGGGGTGATATGAacaca < 2:118178/138‑1 (MQ=255) ttACTGATCTCCTTCCCCGTGCAGATGACCAGCTGGTTACCGCCACATGAAATTGCGGTCAACATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGGGGTGATATGAacaca < 1:143201/135‑1 (MQ=255) ttACTGATCTCCTTCCCCGTGCAGATGACCAGCTGGTTACCGCCACATGAAATTGCGGTCAACATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGGGGTGATATGAacaca > 2:143201/1‑135 (MQ=255) ctcCTTCCCCGTGCAGATGACCAGCTGGTTACCGCCACATGAAATTGCGGTCAACATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGGGGTGATATGAACACACTACGCTTAgg > 2:485002/1‑138 (MQ=255) ctcCTTCCCCGTGCAGATGACCAGCTGGTTACCGCCACATGAAATTGCGGTCAACATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGGGGTGATATGAACACACTACGCTTAgg > 1:39035/1‑138 (MQ=255) tCCCCGTGCAGATGACCAGCTGGTTACCGCCACATGAAATTGCGGTCAACATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGGGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGa > 1:564516/1‑139 (MQ=255) ccccGTGCAGATGACCAGCTGGTTACCGCCACATGAAATTGCGGTCAACATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGGGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGAt > 1:397548/1‑139 (MQ=255) ccGTGCAGATGACCAGCTGGTTACCGCCACATGAAATTGCGGTCAACATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGGGGTGATATGaa < 1:15629/115‑1 (MQ=255) ccGTGCAGATGACCAGCTGGTTACCGCCACATGAAATTGCGGTCAACATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGGGGTGATATGaa > 2:15629/1‑115 (MQ=255) ccGTGCAGATGACCAGCTGGTTACCGCCACATGAAATTGCGGTCAACATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGGGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATgg > 1:431180/1‑139 (MQ=255) ccGTGCAGATGACCAGCTGGTTACCGCCACATGAAATTGCGGTCAACATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGGGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATgg > 2:275878/1‑139 (MQ=255) tGCAGATGACCAGCTGGTTACCGCCACATGAAATTGCGGTCAACATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGGGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCAt > 1:670684/1‑139 (MQ=255) tGCAGATGACCAGCTGGTTACCGCCACATGAAATTGCGGTCAACATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGGGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCAt > 1:30030/1‑139 (MQ=255) aGCTGGTTACCGCCACATGAAATTGCGGTCAACATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGGGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGa < 1:355242/139‑1 (MQ=255) cTGGTTACCGCCACATGAAATTGCGGTCAACATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGGGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGaca > 2:504974/1‑139 (MQ=255) ggTTACCGCCACATGAAATTGCGGTCAACATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGGGGTGATATGAACACACTa > 1:257889/1‑104 (MQ=255) ggTTACCGCCACATGAAATTGCGGTCAACATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGGGGTGATATGAACACACTa < 2:257889/104‑1 (MQ=255) ggTTACCGCCACATGAAATTGCGGTCAACATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGGGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACAcc > 1:524656/1‑139 (MQ=255) gTTACCGCCACATGAAATTGCGGTCAACATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGGGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCg < 2:448461/139‑1 (MQ=255) gCCACATGAAATTGCGGTCAACATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGGGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGAt < 1:275878/139‑1 (MQ=255) ccACATGAAATTGCGGTCAACATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGGGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATa > 1:361940/1‑139 (MQ=255) ccACATGAAATTGCGGTCAACATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGGGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATa < 2:296755/139‑1 (MQ=255) aaaTTGCGGTCAACATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTaa < 2:652383/139‑1 (MQ=255) ccTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGGGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGcc < 2:90620/138‑1 (MQ=255) tCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGGGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCgg < 2:455794/138‑1 (MQ=255) cGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGGGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGaa < 1:180061/139‑1 (MQ=255) gTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGGGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGc < 2:560301/139‑1 (MQ=255) aTTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGGGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCaa > 1:59702/1‑138 (MQ=255) aGCGGTCATACCGCCAGTGGGGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCa < 2:490469/58‑1 (MQ=255) aGCGGTCATACCGCCAGTGGGGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCa > 1:490469/1‑58 (MQ=255) tCATACCGCCAGTGGGGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTa > 2:479230/1‑138 (MQ=255) aTACCGCCAGTGGGGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAg < 2:361940/139‑1 (MQ=255) aTACCGCCAGTGGGGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAg < 2:203297/139‑1 (MQ=255) aTACCGCCAGTGGGGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAg < 1:59440/139‑1 (MQ=255) tgggggtgATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTg > 2:345740/1‑139 (MQ=255) | TGTGGTCTTACTGATCTCCTTCCCCGTGCAGATGACCAGCTGGTTACCGCCACATGAAATTGCGGTCAACATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTG > NZ_CP009273/1703782‑1704043 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |