| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 1,734,422 | T→C | S85S (AGT→AGC) | punC → | purine nucleoside transporter PunC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,734,422 | 0 | T | C | 96.9% | 107.8 / ‑3.6 | 32 | S85S (AGT→AGC) | punC | purine nucleoside transporter PunC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (15/16); total (15/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.46e-01 | |||||||||||
CGTCTGCTGTCAGTGCCAGCCTTAGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGCGCCGCGGCGGTTATCTGGCAAGCATTAGTGACAGAT > NZ_CP009273/1734286‑1734530 | cGTCTGCTGTCAGTGCCAGCCTTAGTCTGTTCCTTTCCGGTTTTGCCGCCTCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGGCCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAAGCGGCTTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGCCt > 2:326374/1‑139 (MQ=255) ctgTCAGTGCCAGCCTTAGTATGTTCCTTGCCGGTTTCGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAACCCGGGATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGCCTgggg < 1:326374/137‑1 (MQ=255) aGTGCCAGCCTTAGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGCCTGGGGATGCtgt > 2:172886/1‑139 (MQ=255) aGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGaaaa < 2:628183/137‑1 (MQ=255) aGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGCCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAAcg > 1:640212/1‑139 (MQ=255) ccAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGCCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTa < 1:629797/139‑1 (MQ=255) ccAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGCCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTa < 1:469582/139‑1 (MQ=255) aGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGCCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACa < 1:630618/139‑1 (MQ=255) gtgGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGCCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAgg > 1:135316/1‑134 (MQ=255) gtgGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGCCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCtgtg > 1:238832/1‑139 (MQ=255) gtgGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGCCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCtgtg > 2:471803/1‑139 (MQ=255) gtgGGGGCAGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGCCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAgg < 2:135316/134‑1 (MQ=255) gCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGCCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTc > 1:675211/1‑139 (MQ=255) cGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGCCTgggg < 1:185897/74‑1 (MQ=255) cGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGCCTgggg > 2:185897/1‑74 (MQ=255) cGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGCCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAgg > 2:753927/1‑126 (MQ=255) cGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGCCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAgg < 1:753927/126‑1 (MQ=255) tctcCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGCCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCtgtg < 2:183104/128‑1 (MQ=255) tctcCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGCCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCtgtg > 1:183104/1‑128 (MQ=255) ttATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGCCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTAtt < 2:122414/99‑1 (MQ=255) ttATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGCCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTAtt > 1:122414/1‑99 (MQ=255) ggTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGCCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTa > 2:135560/1‑105 (MQ=255) ggTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGCCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTa < 1:135560/105‑1 (MQ=255) gTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGCCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGCGCCGCGGCGGTTATCTGGc < 2:675211/138‑1 (MQ=255) ttattaATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGCCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGCGCCGCGGCGGTTATCTGGCAAGCATTAGTGa < 1:172886/139‑1 (MQ=255) ttaATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGCCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGCGCCGCGGCGGTTATCTGGCAAGCATTAGTGACa < 1:689866/138‑1 (MQ=255) ttaATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGCCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGCGCCGCGGCGGTTATCTGGCAAGCATTAGTGACa < 2:43221/138‑1 (MQ=255) aaTCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGCCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGCGCCGCGGCGGTTATCTGGCAAGCATTAGTGACAGat > 1:642971/1‑139 (MQ=255) cGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGCCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTa < 2:203849/70‑1 (MQ=255) cGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGCCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTa > 1:203849/1‑70 (MQ=255) ccTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGCCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGCGCCGCGGCGGTTATCTg > 1:79848/1‑114 (MQ=255) ccTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGCCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGCGCCGCGGCGGTTATCTg < 2:79848/114‑1 (MQ=255) | CGTCTGCTGTCAGTGCCAGCCTTAGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGCGCCGCGGCGGTTATCTGGCAAGCATTAGTGACAGAT > NZ_CP009273/1734286‑1734530 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |