Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 75,122 | G→A | A339T (GCA→ACA) | setA → | sugar efflux transporter SetA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 75,122 | 0 | G | A | 100.0% | 138.4 / NA | 34 | A339T (GCA→ACA) | setA | sugar efflux transporter SetA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (19/15); total (19/15) |
TACACCGGATTGATTTTCTTTAATAGCCGTATGGCGTTGATGACGCTGCAACTTTTTAACGCTGTATTTATCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGGCAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCTGTTGTCGCATTA > NZ_CP009273/74990‑75256 | tACACCGGATTGATTTTCTTTAATAGCCGTATGGCGTTGATGACGCTGCAACTTTTTAACGCTGTATTTATCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTa > 2:87860/1‑139 (MQ=255) ggATTGATTTTCTTTAATAGCCGTATGGCGTTGATGACGCTGCAACTTTTTAACGCTGTATTTATCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCt < 1:450110/139‑1 (MQ=255) gattgattTTCTTTAATAGCCGTATGGCGTTGATGACGCTGCAACTTTTTAACGCTGTATTTATCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCt > 1:173811/1‑138 (MQ=255) gattgattTTCTTTAATAGCCGTATGGCGTTGATGAAGCTGCAACTTTTTAACGCTGTATTTATCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTaccacat > 2:80897/1‑136 (MQ=255) tttCTTTAATAGCCGTATGGCGTTGATGACGCTGCAACTTTTTAACGCTGTATTTATCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTa < 2:573510/133‑1 (MQ=255) tttCTTTAATAGCCGTATGGCGTTGATGACGCTGCAACTTTTTAACGCTGTATTTATCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTa > 1:573510/1‑133 (MQ=255) tAATAGCCGTATGGCGTTGATGACGCTGCAACTTTTTAACGCTGTATTTATCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTATTTACTAAc < 1:769289/136‑1 (MQ=255) gTATGGCGTTGATGACGCTGCAACTTTTTAACGCTGTATTTATCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTAc < 2:418960/139‑1 (MQ=255) gTATGGCGTTGATGACGCTGCAACTTTTTAACGCTGTATTTATCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTAc < 2:46225/139‑1 (MQ=255) gCGTTGATGACGCTGCAACTTTTTAACGCTGTATTTATCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCgggg < 1:96512/139‑1 (MQ=255) ttGATGACGCTGCAACTTTTTAACGCTGTATTTATCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTaa > 1:301099/1‑139 (MQ=255) atgaCGCTGCAACTTTTTAACGCTGTATTTATCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTATTTACTGACAGTATTTCTACCGGGGTAATTc > 2:2876/1‑139 (MQ=255) gCTGCAACTTTTTAACGCTGTATTTATCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTATTTACt > 1:384403/1‑109 (MQ=255) gCTGCAACTTTTTAACGCTGTATTTATCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTATTTACt < 2:384403/109‑1 (MQ=255) cTTTTTAACGCTGTATTTATCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTATTTACTGACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTa < 1:2876/139‑1 (MQ=255) tAACGCTGTATTTATCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCa < 1:627975/138‑1 (MQ=255) tATTTATCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAAt < 2:301099/139‑1 (MQ=255) aTCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGca > 1:589934/1‑138 (MQ=255) cATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGt > 1:112777/1‑139 (MQ=255) cATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGt > 1:721840/1‑139 (MQ=255) cATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGt > 1:656918/1‑139 (MQ=255) cATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGt > 1:150898/1‑139 (MQ=255) ttgCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTgggg < 2:64194/139‑1 (MQ=255) ggTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGGGCACt > 2:691169/1‑139 (MQ=255) ggTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGGGCACt > 1:103745/1‑139 (MQ=255) gggATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGGGCACTTTGCt < 1:87860/138‑1 (MQ=255) ggTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCt < 2:197747/45‑1 (MQ=255) ggTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCt > 1:197747/1‑45 (MQ=255) aGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGGGCa < 1:574758/115‑1 (MQ=255) aGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGGGCa > 2:574758/1‑115 (MQ=255) aGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGc > 2:711854/1‑139 (MQ=255) ggATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCg < 1:718761/139‑1 (MQ=255) tGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCtgtt > 1:424780/1‑139 (MQ=255) cGGGGACAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCTGTTGTCGCat > 1:527823/1‑138 (MQ=255) ggggaCAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCTGTTGTCGCatta > 1:270621/1‑139 (MQ=255) | TACACCGGATTGATTTTCTTTAATAGCCGTATGGCGTTGATGACGCTGCAACTTTTTAACGCTGTATTTATCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGGCAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCTGTTGTCGCATTA > NZ_CP009273/74990‑75256 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |