Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 2,148,082 | 0 | A | G | 41.2% | 19.8 / 38.9 | 34 | S196G (AGC→GGC) | mdtA | multidrug efflux RND transporter subunit MdtA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (12/8); new base G (8/6); total (20/14) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.66e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
TTATCAACAACTGGCAAAAACCAATCTCGTTTCCCGCCAGGAGCTGGATGCCCAACAGGCGCTGGTCAGTGAAACCGAAGGCACCATTAAGGCTGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGATCACCCAGACGCATCCTATCGATTTAGTCTTTACCCT > NZ_CP009273/2147946‑2148215 | ttATCAACAACTGGCAAAAACCAATCTCGTTTCCCGCCAGGAGCTGGATGCCCAACAGGCGCTGGTCAGTGAAACCGAAGGCACCATTAAGGCTGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGc > 2:446922/1‑139 (MQ=255) gCAAAAACCAATCTCGTTTCCCGCCAGGAGCTGGATGCCCAACAGGCGCTGGTCAGTGAAACCGAAGGCACCATTAAGGCTGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGGGCCGGATTACCGCAc > 2:236565/1‑139 (MQ=255) gATGCCCAACAGGCGCTGGTCAGTGAAACCGAAGGCACCATTAAGGCTGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGGGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTg < 1:236565/139‑1 (MQ=255) cccAACAGGCGCTGGTCAGTGAAACCGAAGGCACCATTAAGGCTGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGGGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGt < 1:313584/139‑1 (MQ=255) aaCAGGCGCTGGTCAGTGAAACCGAAGGCACCATTAAGGCTGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTgg > 1:517293/1‑139 (MQ=255) cTGGTCAGTGAAACCGAAGGCACCATTAAGGCTGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCaaa > 1:114467/1‑139 (MQ=255) aGTGAAACCGAAGGCACCATTAAGGCTGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCa < 2:517293/139‑1 (MQ=255) aaCCGAAGGCACCATTAAGGCTGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAgtggt > 1:614422/1‑139 (MQ=255) ggCACCATTAAGGCTGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGGGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATacca > 2:543300/1‑139 (MQ=255) cTGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCgtggt < 1:446922/139‑1 (MQ=255) gatgaAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGGGc > 1:349988/1‑45 (MQ=255) gatgaAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGGGc < 2:349988/45‑1 (MQ=255) gatgaAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGGGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAg < 1:60048/84‑1 (MQ=255) gatgaAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGGGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAg > 2:60048/1‑84 (MQ=255) gatgaAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGGGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGa > 1:356473/1‑139 (MQ=255) gatgaAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTcgcg < 2:161169/73‑1 (MQ=255) gatgaAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTcgcg > 1:161169/1‑73 (MQ=255) gatgaAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGa > 1:550370/1‑139 (MQ=255) gatgaAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGa > 2:444180/1‑139 (MQ=255) atgaAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGGGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGAt < 1:543300/139‑1 (MQ=255) tgaAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGGGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGAt > 2:556231/1‑138 (MQ=255) tgaAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGAt > 1:551758/1‑138 (MQ=255) aagcGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACAGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTTGTGATCCCCCa > 2:140145/1‑138 (MQ=255) gcGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGGGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGATCACCCAGAc < 2:172590/139‑1 (MQ=255) gcGTGGCAAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGATCACCCAGAc < 2:594346/139‑1 (MQ=255) cGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGATCACCCAGACg > 2:293311/1‑139 (MQ=255) cgcgcAGCTGCAACTCGACTGGGGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGATCACCCAGACGCATCCTATc > 1:294033/1‑139 (MQ=255) cAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGATCACCCAGACGCATCCTATCGAtt < 2:614422/139‑1 (MQ=255) aGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGATCACCCAGACGCATCCTATCGAttt < 1:293311/139‑1 (MQ=255) aGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGATCACCCAGACGCATCCTATCGAttt < 2:60659/139‑1 (MQ=255) aCTGGGGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGATCACCCAGACGCATCCTATCGATTTAGTCTTTACCCt > 1:457592/1‑139 (MQ=255) aCTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGATCACCCAGACGCATCCTATCGAttt < 2:574113/127‑1 (MQ=255) aCTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGATCACCCAGACGCATCCTATCGAttt > 1:574113/1‑127 (MQ=255) aCTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGATCACCCAGACGCATCCTATCGATTTAGTCTTTACCCt > 1:180290/1‑139 (MQ=255) | TTATCAACAACTGGCAAAAACCAATCTCGTTTCCCGCCAGGAGCTGGATGCCCAACAGGCGCTGGTCAGTGAAACCGAAGGCACCATTAAGGCTGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCGTGGTGATCACCCAGACGCATCCTATCGATTTAGTCTTTACCCT > NZ_CP009273/2147946‑2148215 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |