| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 75,122 | G→A | A339T (GCA→ACA) | setA → | sugar efflux transporter SetA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 75,122 | 0 | G | A | 100.0% | 62.2 / NA | 17 | A339T (GCA→ACA) | setA | sugar efflux transporter SetA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (8/9); total (8/9) | |||||||||||
ACACCGGATTGATTTTCTTTAATAGCCGTATGGCGTTGATGACGCTGCAACTTTTTAACGCTGTATTTATCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGGCAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCG > NZ_CP009273/74991‑75235 | acacCGGATTGATTTTCTTTAATAGCCGTATGGCGTTGATGACGCTGCAACTTTTTAACGCTGTATTTATCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTa < 1:482920/138‑1 (MQ=255) gattgattTTCTTTAATAGCCGTATGGCGTTGATGACGCTGCAACTTTTTAACGCTGTATTTATCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCt > 1:342910/1‑138 (MQ=255) ttgattTTCTTTAATAGCCGTATGGCGTTGATGACGCTGCAACTTTTTAACGCTGTATTTATCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTAt > 2:450525/1‑139 (MQ=255) ttCTTTAATAGCCGTATGGCGTTGATGACGCTGCAACTTTTTAACGCTGTATTTATCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTATTTACt < 1:450525/138‑1 (MQ=255) ttCTTTAATAGCCGTATGGCGTTGATGACGCTGCAACTTTTTAACGCTGTATTTATCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTATTTACt < 2:179809/138‑1 (MQ=255) tAATAGCCGTATGGCGTTGATGACGCTGCAACTTTTTAACGCTGTATTTATCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTATTTACTAAc < 2:342910/136‑1 (MQ=255) ttGATGACGCTGCAACTTTTTAACGCTGTATTTATCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTATTTACt < 2:534896/117‑1 (MQ=255) ttGATGACGCTGCAACTTTTTAACGCTGTATTTATCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTATTTACt > 1:534896/1‑117 (MQ=255) ttGATGACGCTGCAACTTTTTAACGCTGTATTTATCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTaa > 1:372533/1‑139 (MQ=255) tCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTTGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGcaca < 2:48905/139‑1 (MQ=255) cGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGGGCa < 1:84194/139‑1 (MQ=255) tGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTa < 2:285720/45‑1 (MQ=255) tGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTa > 1:285720/1‑45 (MQ=255) cTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAACGTTGGGGGCACTTTGCTGTCTACt > 2:264050/1‑139 (MQ=255) cTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGGGCACTTTGCTGTCTACt > 2:18861/1‑139 (MQ=255) cAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAAtt < 1:533053/138‑1 (MQ=255) ggATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGACAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCg > 1:209736/1‑139 (MQ=255) | ACACCGGATTGATTTTCTTTAATAGCCGTATGGCGTTGATGACGCTGCAACTTTTTAACGCTGTATTTATCGGCATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGGCAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCG > NZ_CP009273/74991‑75235 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |