Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 1,806,054 | T→C | S288S (AGT→AGC) | tcyP → | cystine/sulfocysteine:cation symporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 1,806,054 | 0 | T | C | 100.0% | 143.8 / NA | 40 | S288S (AGT→AGC) | tcyP | cystine/sulfocysteine:cation symporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (16/24); total (16/24) |
CCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGACATCATCAAACTGGGAAGTTTCGTTGTCGCGTCCTACCTCGGTCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGTCCGCTGAAGTACTTCCGTAAGGTATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAATGTGGAAGCACAAACGCGTCGTCTGGGCGTTCCTGAATCCATCGCCAG > NZ_CP009273/1805927‑1806185 | ccAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGACATCATCAAACTGGGAAGTTTCGTTGTCGCGTCCTACCTCGGTCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGCCCGCTGAAGTa < 1:566652/139‑1 (MQ=255) cAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGACATCATCAAACTGGGAAGTTTCGTTGTCGCGTCCTACCTCGGTCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGCCCGCTGAAGTAc < 1:24858/139‑1 (MQ=255) aGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGACATCATCAAACTGGGAAGTTTCGTTGTCGCGTCCTACCTCGGTCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGCCCGCTGAAGTACTTc > 2:76031/1‑139 (MQ=255) gTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGACATCATCAAACTGGGAAGTTTCGTTGTCGCGTCCTACCTCGGTCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGCCCGCTGAAGTACTTCCGt < 2:369455/138‑1 (MQ=255) gTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGACATCATCAAACTGGGAAGTTTCGTTGTCGCGTCCTACCTCGGTCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGCCCGCTGAAGTACTTCCGt < 2:342665/138‑1 (MQ=255) gTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGACATCATCAAACTGGGAAGTTTCGTTGTCGCGTCCTACCTCGGTCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGCCCGCTGAAGTACTTCCGt < 2:236257/138‑1 (MQ=255) gTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGACATCATCAAACTGGGAAGTTTCGTTGTCGCGTCCTACCTCGGTCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGCCCGCTGAAGTACTTCCGt > 1:503973/1‑138 (MQ=255) cAGGTTCTAACTTGCAAGACATCATCAAACTGGGAAGTTTCGTTGTCGCGTCCTACCTCGGTCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGCCCGCTGAAGTACTTCCGTAAGGt < 2:577142/139‑1 (MQ=255) tAACTTGCAAGACATCATCAAACTGGGAAGTTTCGTTGTCGCGTCCTACCTCGGTCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGCCCGCTGAAGTACTTCCGTAAGGTATGGCCt > 1:321256/1‑139 (MQ=255) aCTGGGAAGTTTCGTTGTCGCGTCCTACCTCGGTCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGCCCGCTGAAGTACTTCCGTAAGGTATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTAcc < 1:76031/139‑1 (MQ=255) ggAAGTTTCGTTGTCGCGTCCTACCTCGGTCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGCCCGCTGAAGTACTTCCGTAAGGTATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGcc > 2:145285/1‑139 (MQ=255) ggAAGTTTCGTTGTCGCGTCCTACCTCGGTCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGCCCGCTGAAGTACTTCCGTAAGGTATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGc < 2:325521/138‑1 (MQ=255) ggAAGTTTCGTTGTCGCGTCCTACCTCGGTCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGCCCGCTGAAGTACTTCCGTAAGGTATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGc < 1:449794/138‑1 (MQ=255) tttCGTTGTCGCGTCCTACCTCGGTCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGCCCGCTGAAGTACTTCCGTAAGGTATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTc > 1:491139/1‑138 (MQ=255) ttGTCGCGTCCTACCTCGGTCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGCCCGCTGAAGTACTTCCGTAAGGTATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGtgc < 2:16508/139‑1 (MQ=255) gTCGCGTCCTACCTCGGTCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGCCCGCTGAAGTACTTCCGTAAGGTATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGtgct < 2:394104/138‑1 (MQ=255) gcgTCCTCCCTCGGTCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGCCCGCTGAAGTACTTCCGTAAGGTATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGt < 2:403125/139‑1 (MQ=255) gcgTCCTACCTCGGTCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGCCCGCTGAAGTACTTCCGTAAGGTATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGt < 1:145285/139‑1 (MQ=255) gTCCTACCCCGGTCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGCCCGCTGAAGTCCTTCCGTAAGGTATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCt < 2:526601/139‑1 (MQ=255) gTCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGCCCGCTGAAGTACTTCCGTAAGGTATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTc < 2:545834/115‑1 (MQ=255) gTCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGCCCGCTGAAGTACTTCCGTAAGGTATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTc > 1:545834/1‑115 (MQ=255) gTCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGCCCGCTGAAGTACTTCCGTAAGGTATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGaa > 2:34422/1‑139 (MQ=255) tCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGCCCGCTGAAGTACTTCCGTAAGGTATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGtgct < 1:16377/121‑1 (MQ=255) tCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGCCCGCTGAAGTACTTCCGTAAGGTATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGtgct > 2:16377/1‑121 (MQ=255) tgctgATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGCCCGCTGAAGTACTTCCGt < 1:290075/71‑1 (MQ=255) tgctgATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGCCCGCTGAAGTACTTCCGt > 2:290075/1‑71 (MQ=255) ctgATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGCCCGc > 2:306893/1‑55 (MQ=255) ctgATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGCCCGc < 1:306893/55‑1 (MQ=255) ctgATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGCCCGCTGAAGTACTTCCGTAAGGTATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGc < 2:480987/105‑1 (MQ=255) ctgATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGCCCGCTGAAGTACTTCCGTAAGGTATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGc > 1:480987/1‑105 (MQ=255) cAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGCCCGCTGAAGTACTTCCGTAAGGTATGGc < 2:398662/66‑1 (MQ=255) cAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGCCCGCTGAAGTACTTCCGTAAGGTATGGc > 1:398662/1‑66 (MQ=255) cAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGCCCGCTGAAGTACTTCCGTAAGGTATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAATGTGGAAGCACAAAcgcg > 2:212847/1‑139 (MQ=255) cAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGCCCGCTGAAGTACTTCCGTAAGGTATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAATGTGGAAGCACAAAcgcg < 2:503973/139‑1 (MQ=255) gCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGCCCGCTGAAGTACTTCCGTAAGGTATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAATGTGGAAGCACAAACGCGTCGTCTggg < 1:34422/139‑1 (MQ=255) ggCATTAATGGCGTGAGCCCGCTGAAGTACTTCCGTAAGGTATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTa > 2:443530/1‑91 (MQ=255) ggCATTAATGGCGTGAGCCCGCTGAAGTACTTCCGTAAGGTATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTa < 1:443530/91‑1 (MQ=255) aTGGCGTGAGCCCGCTGAAGTACTTCCGTAAGGTATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAATGTGGAAGCACAAACGCGTCGTCTGGGCg > 2:212087/1‑123 (MQ=255) aTGGCGTGAGCCCGCTGAAGTACTTCCGTAAGGTATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAATGTGGAAGCACAAACGCGTCGTCTGGGCg < 1:212087/123‑1 (MQ=255) gCGTGAGCCCGCTGAAGTACTTCCGTAAGGTATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAATGTGGAAGCACAAACGCGTCGTCTGGGCGTTCCTGAATCCATCGCCAg > 1:269871/1‑139 (MQ=255) | CCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGACATCATCAAACTGGGAAGTTTCGTTGTCGCGTCCTACCTCGGTCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGTCCGCTGAAGTACTTCCGTAAGGTATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAATGTGGAAGCACAAACGCGTCGTCTGGGCGTTCCTGAATCCATCGCCAG > NZ_CP009273/1805927‑1806185 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |