| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 2,000,655 | A→G | E340G (GAA→GGA) | amyA → | alpha‑amylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 2,000,655 | 0 | A | G | 100.0% | 102.0 / NA | 29 | E340G (GAA→GGA) | amyA | alpha‑amylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (13/16); total (13/16) | |||||||||||
CATCGCGCATGGGGCGCGACTACGACATGACGCAGATTTTCACGGGTACATTAGTGGAAGCCGATCCTTTCCACGCCGTGACGCTCGTTGCCAATCACGACACCCAACCGTTGCAAGCCCTCGAAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAAC > NZ_CP009273/2000532‑2000787 | cATCGCGCATGGGGCGCGACTACGACATGACGCAGATTTTCACGGGTACATTAGTGGAAGCCGATCCTTTCCACGCCGTGACGCTCGTTGCCAATCACGACACCCAACCGTTGCAAGCCCTCGGAGCGCCGGTCGAAcc < 2:630796/139‑1 (MQ=255)cATCGCGCATGGGGCGCGACTACGACATGACGCAGATTTTCACGGGTACATTAGTGGAAGCCGATCCTTTCCACGCCGTGACGCTCGTTGCCAATCACGACACCCAACCGTTGCAAGCCCTCGGAGCGCCGGTCGAAcc < 1:522788/139‑1 (MQ=255) gggCGCGACTACGACATGACGCAGATTTTCACGGGTACATTAGTGGAAGCCGATCCTTTCCACGCCGTGACGCTCGTTGCCAATCACGACACCCAACCGTTGCAAGCCCTCGGAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTaaa < 2:23711/138‑1 (MQ=255) gggCGCGACTACGACATGACGCAGATTTTCACGGGTACATTAGTGGAAGCCGATCCTTTCCACGCCGTGACGCTCGTTGCCAATCACGACACCCAACCGTTGCAAGCCCTCGGAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTaaa < 1:46202/138‑1 (MQ=255) cGACATGACGCAGATTTTCACGGGTACATTAGTGGAAGCCGATCCTTTCCACGCCGTGACGCTCGTTGCCAATCACGACACCCAACCGTTGCAAGCCCTCGGAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTAt > 2:425643/1‑139 (MQ=255) aTGACGCAGATTTTCACGGGTACATTAGTGGAAGCCGATCCTTTCCACGCCGTGACGCTCGTTGCCAATCACGACACCCAACCGTTGCAAGCCCTCGGAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCt < 2:533690/139‑1 (MQ=255) tGACGCAGATTTTCACGGGTACATTAGTGGAAGCCGATCCTTTCCACGCCGTGACGCTCGTTGCCAATCACGACACCCAACCGTTGCAAGCCCTCGGAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCt > 1:790/1‑138 (MQ=255) aagCAGATTTTCACGGGTACATTAGTGGAAGCCGTTCCTTTCCACGCCGTGACGCTCGTTGCCAATCACGACACCCAACCGTTGCAAGCCCTCGGAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTaa > 1:202292/3‑139 (MQ=255) aCGCAGATTTTCACGGGTACATTAGTGGAAGCCGATCCTTTCCACGCCGTGACGCTCGTTGCCAATCACGACACCCAACCGTTGCAAGCCCTCGGAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCg > 2:528485/1‑123 (MQ=255) aCGCAGATTTTCACGGGTACATTAGTGGAAGCCGATCCTTTCCACGCCGTGACGCTCGTTGCCAATCACGACACCCAACCGTTGCAAGCCCTCGGAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCg < 1:528485/123‑1 (MQ=255) ggAAGCCGATCCTTTCCACGCCGTGACGCTCGTTGCCAATCACGACACCCAACCGTTGCAAGCCCTCGGAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCt > 1:201278/1‑139 (MQ=255) gAAGCCGATCCTTTCCACGCCGTGACGCTCGTTGCCAATCACGACACCCAACCGTTGCAAGCCCTCGGAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCtt < 1:623695/139‑1 (MQ=255) gCCGATCCTTTCCACGCCGTGACGCTCGTTGCCAATCACGACACCCAACCGTTGCAAGCCCTCGGAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCgg > 2:246030/1‑139 (MQ=255) gCCGATCCTTTCCACGCCGTGACGCTCGTTGCCAATCACGACACCCAACCGTTGCAAGCCCTCGGAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCgg > 2:471680/1‑139 (MQ=255) cACGCCGTGACGCTCGTTGCCAATCACGACACCCAACCGTTGCAAGCCCTCGGAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCg < 1:182688/138‑1 (MQ=255) cACGCCGTGACGCTCGTTGCCAATCACGACACCCAACCGTTGCAAGCCCTCGGAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCGTCGGTATTCTATCCg < 2:202292/138‑1 (MQ=255) gCCGTGACGCTCGTTGCCAATCACGACACCCAACCGTTGCAAGCCCTCGGAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATc < 1:478013/133‑1 (MQ=255) gCCGTGACGCTCGTTGCCAATCACGACACCCAACCGTTGCAAGCCCTCGGAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATc > 2:478013/1‑133 (MQ=255) tGACGCTCGTTGCCAATCACGACACCCAACCGTTGCAAGCCCTCGGAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTa > 1:459686/1‑139 (MQ=255) cGACACCCAACCGTTGCAAGCCCTCGGAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGAt < 1:425643/139‑1 (MQ=255) cacCCAACCGTTGCAAGCCCTCGGAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTg > 2:289632/1‑55 (MQ=255) cacCCAACCGTTGCAAGCCCTCGGAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTg < 1:289632/55‑1 (MQ=255) cccAACCGTTGCAAGCCCTCGGAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCgg < 1:246030/139‑1 (MQ=255) aCCGTTGCAAGCCCTCGGAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGt > 1:415858/1‑84 (MQ=255) aCCGTTGCAAGCCCTCGGAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGt < 2:415858/84‑1 (MQ=255) gCAAGCCCTCGGAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCtt > 2:30409/1‑83 (MQ=255) gCAAGCCCTCGGAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCtt < 1:30409/83‑1 (MQ=255) cccTCGGAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAAc > 2:60822/1‑139 (MQ=255) cccTCGGAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAAc < 1:471680/139‑1 (MQ=255) | CATCGCGCATGGGGCGCGACTACGACATGACGCAGATTTTCACGGGTACATTAGTGGAAGCCGATCCTTTCCACGCCGTGACGCTCGTTGCCAATCACGACACCCAACCGTTGCAAGCCCTCGAAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAAC > NZ_CP009273/2000532‑2000787 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |