Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 1,503,720 | T→C | intergenic (+1/‑45) | hicA → / → hicB | type II toxin‑antitoxin system mRNA interferase toxin HicA/type II toxin‑antitoxin system antitoxin HicB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 1,503,720 | 0 | T | C | 100.0% | 127.4 / NA | 36 | intergenic (+1/‑45) | hicA/hicB | type II toxin‑antitoxin system mRNA interferase toxin HicA/type II toxin‑antitoxin system antitoxin HicB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (15/21); total (15/21) |
GTCGATGTAGCGAATGGCAGCAACCATTTGAAACTCAGGTTTCATGGGAGGCGCAGTGTCATGCCGCGTCACCCCTGCGATGAGATTAAAGAACCATTGCGTAAAGCAATCCTGAAACAACTCGGTTTGAGTTAATCGCCAATTAAAAAGGTTAATGACATGCGAGAGACAGTCGAAATTATGCGTTATCCCGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTTTTGTGGATATCCCTGAAGCGTTGA > NZ_CP009273/1503585‑1503843 | gTCGATGTAGCGAATGGCAGCAACCATTTGAAACTCAGGTTTCATGGGAGGCGCAGTGTCATGCCGCGTCACCCCTGCGATGAGATTAAAGAACCATTGCGTAAAGCAATCCTGAAACAACTCGGTTTGAGTTAACCGc < 2:333919/139‑1 (MQ=255) gCGAATGGCAGCAACCATTTGAAACTCAGGTTTCATGGGAGGCGCAGTGTCATGCCGCGTCACCCCTGCGATGAGATTAAAGAACCATTGCGTAAAGCAATCCTGAAACAACTCGGTTTGAGTTAACCGCCAATTaaaa < 2:43413/139‑1 (MQ=255) gCGAATGGCAGCAACCATTTGAAACTCAGGTTTCATGGGAGGCGCAGTGTCATGCCGCGTCACCCCTGCGATGAGATTAAAGAACCATTGCGTAAAGCAATCCTGAAACAACTCGGTTTGAGTTAACCGCCAATTaaa > 1:25603/1‑138 (MQ=255) gcaACCATTTGAAACTCAGGTTTCATGGGAGGCGCAGTGTCATGCCGCGTCACCCCTGCGATGAGATTAAAGAACCATTGCGTAAAGCAATCCTGAAACAACTCGGTTTGAGTTAACCGCCAATTAAAAAGGTTAATGa < 2:25603/139‑1 (MQ=255) caACCATTTGAAACTCAGGTTTCATGGGAGGCGCAGTGTCATGCCGCGTCACCCCTGCGATGAGATTAAAGAACCATTGCGTAAAGCAATCCTGAAACAACTCGGTTTGAGTTAACCGCCAATTAAAAAGGTTAATGAc < 2:36539/139‑1 (MQ=255) gAAACTCAGGTTTCATGGGAGGCGCAGTGTCATGCCGCGTCACCCCTGCGATGAGATTAAAGAACCATTGCGTAAAGCAATCCTGAAACAACTCGGTTTGAGTTAACCGCCAATTAAAAAGGTTAATGACATGCgaga < 1:525869/138‑1 (MQ=255) aTGGGAGGCGCAGTGTCATGCCGCGTCACCCCTGCGATGAGATTAAAGAACCATTGCGTAAAGCAATCCTGAAACAACTCGGTTTGAGTTAACCGCCAATTAAAAAGGTTAATGACATGCGAGAGACAGTCGAAATTAt < 1:286930/139‑1 (MQ=255) tgtCATGCCGCGTCACCCCTGCGATGAGATTAAAGAACCATTGCGTAAAGCAATCCTGAAACAACTCGGTTTGAGTTAACCGCCAATTAAAAAGGTTAATGACATGCGAGAGACAGTCGAAATTATGCGTTATCCCGTc < 1:488663/139‑1 (MQ=255) tgtCATGCCGCGTCACCCCTGCGATGAGATTAAAGAACCATTGCGTAAAGCAATCCTGAAACAACTCGGTTTGAGTTAACCGCCAATTAAAAAGGTTAATGACATGCGAGAGACAGTCGAAATTATGCGTTATCCCGTc < 1:549609/139‑1 (MQ=255) tGCCGCGTCACCCCTGCGATGAGATTAAAGAACCATTGCGTAAAGCAATCCTGAAACAACTCGGTTTGATTTAACCGCCAATTAAAAAGGTTAATGACATGCGAGAGACAGTCGAAATTATGCGTTATCCCGTCActct < 1:389895/139‑1 (MQ=255) tGCCGCGTCACCCCTGCGATGAGATTAAAGAACCATTGCGTAAAGCAATCCTGAAACAACTCGGTTTGAGTTAACCGCCAATTAAAAAGGTTAATGACATGCGAGAGACAGTCGAAATTATGCGTTATCCCGTCActct > 2:572647/1‑139 (MQ=255) tGCCGCGTCACCCCTGCGATGAGATTAAAGAACCATTGCGTAAAGCAATCCTGAAACAACTCGGTTTGAGTTAACCGCCAATTAAAAAGGTTAATGACATGCGAGAGACAGTCGAAATTATGCGTTATCCCGTCActct > 2:563898/1‑139 (MQ=255) cgTCACCCCTGCGATGAGATTAAAGAACCATTGCGTAAAGCAATCCTGAAACAACTCGGTTTGAGTTAACCGCCAATTAAAAAGGTTAATGACATGCGAGAGACAGTCGAAATTATGCGTTATCCCGTCACTCTTacac > 1:191161/1‑139 (MQ=255) tCACCCCTGCGATGAGATTAAAGAACCATTGCGTAAAGCAATCCTGAAACAACTCGGTTTGAGTTAACCGCCAATTAAAAAGGTTAATGACATGCGAGAGACAGTCGAAATTATGCGTTATCCCGTCACTCTTACAccc > 1:311765/1‑139 (MQ=255) aTGAGATTAAAGAACCATTGCGTAAAGCAATCCTGAAACAACTCGGTTTGAGTTAACCGCCAATTAAAAAGGTTAATGACATGCGAGAGACAGTCGAAATTATGCGTTATCCCGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAgg < 1:124790/139‑1 (MQ=255) agaTTAAAGAACCATTGCGTAAAGCAATCCTGAAACAACTCGGTTTGAGTTAACCGCCAATTAAAAAGGTTAATGACATGCGAGAGACAGTCGAAATTATGCGTTATCCCGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCgg > 1:38528/1‑139 (MQ=255) aCCATTGCGTAAAGCAATCCTGAAACAACTCGGTTTGAGTTAACCGCCAATTAAAAAGGTTAATGACATGCGAGAGACAGTCGAAATTATGCGTTATCCCGTc > 1:189510/1‑103 (MQ=255) aCCATTGCGTAAAGCAATCCTGAAACAACTCGGTTTGAGTTAACCGCCAATTAAAAAGGTTAATGACATGCGAGAGACAGTCGAAATTATGCGTTATCCCGTc < 2:189510/103‑1 (MQ=255) cATTGCGTAAAGCAATCCTGAAACAACTCGGTTTGAGTTAACCGCCAATTAAAAAGGTTAATGACATGCGAGAGACAGTCGAAATTATGCGTTATCCCGt > 1:553446/1‑100 (MQ=255) cATTGCGTAAAGCAATCCTGAAACAACTCGGTTTGAGTTAACCGCCAATTAAAAAGGTTAATGACATGCGAGAGACAGTCGAAATTATGCGTTATCCCGt < 2:553446/100‑1 (MQ=255) cGTAAAGCAATCCAGAAACAACTCGGTTTGAGTTAACCGCCAATTAAAAAGGTTAATGACATGCGAGAGACAGTCGAAATTATGCGTTATCCCGTCACTCTTACGCCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCtttt < 2:22030/138‑1 (MQ=255) tAAAGCAATCCTGAAACAACTCGGTTTGAGTTAACCGCCAATTAAAAAGGTTAATGACATGCGAGAGACAGTCGAAATTATGCGTTATCCCGTc < 2:28591/94‑1 (MQ=255) tAAAGCAATCCTGAAACAACTCGGTTTGAGTTAACCGCCAATTAAAAAGGTTAATGACATGCGAGAGACAGTCGAAATTATGCGTTATCCCGTc > 1:28591/1‑94 (MQ=255) aaGCAATCCTGAAACAACTCGGTTTGAGTTAACCGCCAATTAAAAAGGTTAATGACATGCGAGAGACAGTCGAAATTATGCGTTATCCCGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTTTTGTGGa < 1:512682/139‑1 (MQ=255) aaGCAATCCTGAAACAACGCGGTTTGAGTTAACCGCCAATTAAAAAGGTTAATGACATGCGAGAGACAGTCGAAATTATGCGTTATCCCGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTTTTGTGGa < 2:200872/139‑1 (MQ=255) cAATCCTGAAACAACTCGGTTTGAGTTAACCGCCAATTAAAAAGGTTAATGACATGCGAGAGACAGTCGAAATTATGCGTTATCCCGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTTTTGTGGatat > 2:523398/1‑139 (MQ=255) tCCTGAAACAACTCGGTTTGAGTTAACCGCCAATTAAAAAGGTTAATGACATGCGAGAGACAGTCGAAATTATGCGTTATCCCGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTTTTGTGGa > 1:550431/1‑133 (MQ=255) tCCTGAAACAACTCGGTTTGAGTTAACCGCCAATTAAAAAGGTTAATGACATGCGAGAGACAGTCGAAATTATGCGTTATCCCGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTTTTGTGGa < 2:550431/133‑1 (MQ=255) aaaCAACTCGGTTTGAGTTAACCGCCAATTAAAAAGGTTAATGACATGCGAGAGACAGTCGAAATTATGCGTTATCCCGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTTTTGTGGATATCCCTGa < 1:101535/137‑1 (MQ=255) caacTCGGTTTGAGTTAACCGCCAATTAAAAAGGTTAATGACATGCGAGAGACAGTCGAAATTATGCGTTATCCCGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTTTTGTGGATATCCCTGAAGCGt < 1:572647/139‑1 (MQ=255) cTCGGTTTGAGTTAACCGCCAATTAAAAAGGTTAATGACATGCGAGAGACAGTCGAAATTATGCGTTATCCCGTc > 2:562629/1‑75 (MQ=255) cTCGGTTTGAGTTAACCGCCAATTAAAAAGGTTAATGACATGCGAGAGACAGTCGAAATTATGCGTTATCCCGTc < 1:562629/75‑1 (MQ=255) cTCGGTTTGAGTTAACCGCCAATTAAAAAGGTTAATGACATGCGAGAGACAGTCGAAATTATGCGTTATCCCGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGtt > 2:498939/1‑111 (MQ=255) cTCGGTTTGAGTTAACCGCCAATTAAAAAGGTTAATGACATGCGAGAGACAGTCGAAATTATGCGTTATCCCGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGtt < 1:498939/111‑1 (MQ=255) cTCGGTTTGAGTTAACCGCCAATTAAAAAGGTTAATGACATGCGAGAGACAGTCGAAATTATGCGTTATCCCGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTTTTGTGGATATCCCTGAAGCGTTGa > 2:228373/1‑139 (MQ=255) cTCGGTTTGAGTTAACCGCCAATTAAAAAGGTTAATGACATGCGAGAGACAGTCGAAATTATGCGTTATCCCGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTTTTGTGGATATCCCTGAAGCGTTGa > 2:566329/1‑139 (MQ=255) | GTCGATGTAGCGAATGGCAGCAACCATTTGAAACTCAGGTTTCATGGGAGGCGCAGTGTCATGCCGCGTCACCCCTGCGATGAGATTAAAGAACCATTGCGTAAAGCAATCCTGAAACAACTCGGTTTGAGTTAATCGCCAATTAAAAAGGTTAATGACATGCGAGAGACAGTCGAAATTATGCGTTATCCCGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTTTTGTGGATATCCCTGAAGCGTTGA > NZ_CP009273/1503585‑1503843 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |